# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg03205.fasta.nr -Q ../query/KIAA0293.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0293, 1505 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7814819 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0430+/-0.000213; mu= 8.1649+/- 0.012 mean_var=162.3042+/-30.973, 0's: 34 Z-trim: 62 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.100672 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|153217467|gb|AAI51246.1| Cut-like homeobox 2 [H (1486) 9834 1441.6 0 gi|147898013|gb|AAI40441.1| Cut-like homeobox 2 [s (1486) 9830 1441.0 0 gi|67476941|sp|O14529.3|CUX2_HUMAN RecName: Full=H (1424) 9431 1383.0 0 gi|40675455|gb|AAH65113.1| Cut-like homeobox 2 [Mu (1426) 7470 1098.2 0 gi|13626177|sp|P70298.1|CUX2_MOUSE RecName: Full=H (1426) 7460 1096.7 0 gi|73995204|ref|XP_543393.2| PREDICTED: similar to (1527) 5870 865.8 0 gi|119618354|gb|EAW97948.1| hCG1812168 [Homo sapie ( 783) 5284 780.4 0 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