# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha06244.fasta.huge -Q ../query/KIAA0289.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0289, 1302 aa vs ./tmplib.23147 library 1986203 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7423+/-0.00513; mu= 12.3610+/- 0.349 mean_var=93.0416+/-22.089, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 13 in 1/39 Lambda= 0.132964 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0634 ( 1321 res) hj03064 (1321) 3619 705.5 1.5e-203 >>KIAA0634 ( 1321 res) hj03064 (1321 aa) initn: 3878 init1: 1666 opt: 3619 Z-score: 3746.3 bits: 705.5 E(): 1.5e-203 Smith-Waterman score: 4298; 48.933% identity (74.085% similar) in 1312 aa overlap (24-1300:79-1319) 10 20 30 40 50 KIAA02 HASGPGLKMALAGLCALLACCWGPAAVLATAAGDVDPSKELECKLKSITVSAL : . ::::.. .:.. :.::..:::.: KIAA06 LRGRPRLCFHPGPPPLLPLLLLFLLLLPPPPLLAGATAAASREPDSP--CRLKTVTVSTL 50 60 70 80 90 100 60 70 80 KIAA02 PFLRENDL------------------SIMHSP-------SASEPKLLFSVRNDFPGEMVV : :::.:. . :: .:.: .::. :::..::...: KIAA06 PALRESDIGWSGARAGAGAGTGAGAAAAAASPGSPGSAGTAAESRLLLFVRNELPGRIAV 110 120 130 140 150 160 90 100 110 120 130 140 KIAA02 VDDLENTELPYFVLEISGNTEDIPLVRWRQQWLENGTLLFHIHHQDGAPSLPGQDPTEEP :::.:::::.:.::.::.. :: ::.::::::::::: ::. .... . :: . 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KIAA06 QHVNQGQVFQMTFRENNFIKDFPQ-LADGLLVIPLPVEEQCRGVLSEPLPDLQLLTGDIR 770 780 790 800 810 820 810 820 830 840 850 860 KIAA02 FSEVSGYPVLQHWKVRSVMYHIKLNQVAISQALSNALHSLDGATSRADFVALLDQFGNHY ..:. :::..:.:.::: .:..::. .... ...:.:. : .:: .........:.:: KIAA06 YDEAMGYPMVQQWRVRSNLYRVKLSTITLAAGFTNVLKILTKESSREELLSFIQHYGSHY 830 840 850 860 870 880 870 880 890 900 910 920 KIAA02 IQEAIYGFEESCSIWYPNKQVQRRLWLEYEDISKGNSPSDESEERERDPKVLTFPEYITS : ::.:: : .: : .:.:.::..:::.:. : .. ..: . : . . .:. KIAA06 IAEALYGSELTCIIHFPSKKVQQQLWLQYQ---KETTELGSKKELKSMPFITYLSGLLTA 890 900 910 920 930 940 930 940 950 960 970 980 KIAA02 --LSDSGTKRMAAGVRMECQSKGRCPSSCPLCHVTSSPDTPAEPVLLEVTKAAPIYELVT :::. .. .::...:. ::::::.: ::. .. . :::::.....:.: :. KIAA06 QMLSDD---QLISGVEIRCEEKGRCPSTCHLCRRPGKEQLSPTPVLLEINRVVPLYTLIQ 950 960 970 980 990 1000 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA02 NNQTQRLLQEATMSSLWCSGTGDVIEDWCRCDSTAFGADGLPTCAPLPQPVLRLSTVHEP .: :.. .. : ::: :::: ::::.:::::: .:: :.:::.:.:: ::::::: . :: KIAA06 DNGTKEAFKSALMSSYWCSGKGDVIDDWCRCDLSAFDANGLPNCSPLLQPVLRLSPTVEP 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA02 SSTLVVLEWEHSEPPIGVQIVDYLLRQEKVTDRMDHSKVETETVLSFVDDIISGAKSPCA :::.: ::: .: ::... ::.:...:: . : . . : :::.::..:: . :. KIAA06 SSTVVSLEWVDVQPAIGTKVSDYILQHKKVDEYTD-TDLYTGEFLSFADDLLSGLGTSCV 1070 1080 1090 1100 1110 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA02 MPS----QVPDKQLTTISLIIRCLEPDTIYMFTLWGVDNTGRRSRPSDVIVKTPCPVVDD . .:: ... :.:..::::: .: :::..::. ::.:. : : ..: ::.::: KIAA06 AAGRSHGEVP--EVSIYSVIFKCLEPDGLYKFTLYAVDTRGRHSELSTVTLRTACPLVDD 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA02 VKAQEIADKIYNLFNGYTSGKEQQTAYNTLLDLGSPTLHRVLYHYNQHYESFGEFTWRCE ::.:::::::::.:::::::::: :::::..... : :: .:::.:::.::.:.:: : KIAA06 NKAEEIADKIYNLYNGYTSGKEQQMAYNTLMEVSASMLFRVQHHYNSHYEKFGDFVWRSE 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA02 DELGPRKAGLILSQLGDLSSWCNGLLQEPKISLRRSSLKYLGCRYSEIKPYGLDWAELSR :::::::: ::: .: .:: :..::. :. : .. :: :: :..: :. : . . 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