# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf09542.fasta.huge -Q ../query/KIAA0284.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0284, 1573 aa vs ./tmplib.23147 library 1985932 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5669+/-0.0111; mu= -24.0213+/- 0.748 mean_var=525.1865+/-127.615, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 47 in 1/39 Lambda= 0.055965 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0470 ( 1472 res) hg01996 (1472) 645 68.0 1.6e-11 >>KIAA0470 ( 1472 res) hg01996 (1472 aa) initn: 1938 init1: 645 opt: 645 Z-score: 298.8 bits: 68.0 E(): 1.6e-11 Smith-Waterman score: 2020; 32.288% identity (56.519% similar) in 1626 aa overlap (16-1569:9-1464) 10 20 30 40 50 60 KIAA02 GEPETEPEQQGQTGPASTKMSATSWFLVSSSGARHRLPRELIFVGREECELMLQSRSVDK :. ::: ::::::::.:.:::::::.:::::..:::::::::::: KIAA04 RSFAKDLEAKQKMSLTSWFLVSSGGTRHRLPREMIFVGRDDCELMLQSRSVDK 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA02 QHAVINYDQDRDEHWVKDLGSLNGTFVNDMRIPDQKYVTLKLNDVIRFGYDSNMYVLERV :::::::: . ::: ::::::::::::::.:::.: :.::::.: .:::::.:.... . 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KIAA04 TQKRKSFTSLYKDRCSTGSP--SKDVTKSSSSGAREKMEKKTKS--RSTDVGSRADGRKF 870 880 890 900 910 920 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA02 AIRRGHRPRGSLDWPSEERGPVLAHLPSSDVMASNHETPEATGAGRLGSRRKPAAPPPSP . :. . :.: .... . : ::.:.:..:: :: : . KIAA04 VQSSGRIRQPSVDLTDDDQTSSVPHSAISDIMSSDQETYSCKPHGRT-----PLTSADEH 930 940 950 960 970 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA02 AAREEQSRSSASSQKGP---QALTRSNSLSTPRPTRASRLRRARLGDASDTEAADGERGS . . .. . ..:. .: . ..:..: :::::.: :::::::.:::.: ::....: KIAA04 VHSKLEGSKVTKSKTSPVVSGSSSKSTTLPRPRPTRTSLLRRARLGEASDSELADADKAS 980 990 1000 1010 1020 1030 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA02 LGNP----EPVGRPAAEQAKKLSRLDILAMPRK-RAGSFTGTSDPEAAPARTSFSGRSVE ... ...: . . ...::.:.::.::. : ::... :: ::. .:.: :.:..: KIAA04 VASEVSTTSSTSKPPTGR-RNISRIDLLAQPRRTRLGSLSARSDSEATISRSSASSRTAE 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA02 LCCASRKPTMAEARAVSRKAANTATTTGPRQPFSRARS-GSARYTSTTQTPRAGSSSRAR : . . : ::. . . . : . . ::: .::. :::. 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