# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha06139s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0283.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0283, 1471 aa vs ./tmplib.23147 library 1986034 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9852+/-0.00561; mu= 19.6312+/- 0.383 mean_var=110.8613+/-26.023, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.121810 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0387 ( 1042 res) hj00020s1 (1042) 645 125.2 6.4e-29 KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421) 303 65.3 9.6e-11 KIAA1496 ( 920 res) fj09513 ( 920) 293 63.3 2.5e-10 KIAA0970 ( 1151 res) hh13674 (1151) 248 55.5 6.9e-08 KIAA1132 ( 2092 res) hh01132s1 (2092) 249 56.0 8.7e-08 KIAA0343 ( 1187 res) hg01457 (1187) 234 53.0 3.8e-07 KIAA1514 ( 1598 res) fh00815(revised) (1598) 202 47.6 2.3e-05 KIAA1628 ( 980 res) fh14247(revised) ( 980) 186 44.5 0.00012 >>KIAA0387 ( 1042 res) hj00020s1 (1042 aa) initn: 683 init1: 202 opt: 645 Z-score: 611.0 bits: 125.2 E(): 6.4e-29 Smith-Waterman score: 653; 32.360% identity (59.775% similar) in 445 aa overlap (752-1182:617-1041) 730 740 750 760 770 780 KIAA02 NPPLSPLKSYSIYFQALSKANGETKINCVRLATKGASTQNSNTVEPEKQVDNTVKMAGVI : : .: .. . . :. . ....:. : KIAA03 ANVQNVTTEDVEKATVDNKDKLEETSGLKILQTGVGSKSKLKFLPPQAEQEDSTKF---I 590 600 610 620 630 640 790 800 810 820 830 KIAA02 AGLLMFIIILLGVMLTIKRRRNAYSYSYYLKLAKKQKETQSGAQREMGPVASA--DKPTT : :. . .:::.:. .. : . .. :: :: . : :.: .. 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KIAA14 EKVRTEEAVPEVPPSEVNGGGGSRSELVITWDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQ 590 600 610 620 630 640 470 480 490 500 510 520 KIAA02 AEEVIQTSSHYTLRG--LRPFMTIRLRLLLSNPEGRME-SEELVVQTEEDVPGAVPLESI . . . .:..:. . :. .... . : .:. : .: . :. : ..: . KIAA14 TVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGVYNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVS 650 660 670 680 690 700 530 540 550 560 570 580 KIAA02 QGGPFEEKIYIQWK--PPNETNGVITLYEINYKAVGSLDPSADLSSQRGKVFKLRNETHH .. .: ..:. : . .:: . ::. : :. . ::.. :: ::: KIAA14 ANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEVRYWNGGG----KEESSSKMKVAG--NETSA 710 720 730 740 750 590 600 610 620 630 640 KIAA02 LFVGLYPGTTYSFTIKASTAKGFGP-PVTTRIATKISAPSMPEYDTDTPLNETDTTITVM . :: . .: ...: .. : :: .:. ..:: . ::.: .. : ::: . 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KIAA09 P-ASPVLTKAGITWLSLQWSKPSGTPS-DEGISYILEMEEETSGYGFKPKYDGEDLAYTV 430 440 450 460 470 480 380 390 400 410 420 430 KIAA02 WHLDPDVEYEIRVLLTRPGEGGTGPPGPPLTTRTKCADPVHGPQNVEIVD-IRARQLTLQ .: ...:...:. . .:: ..: .. : : : : . . :..... . KIAA09 KNLRRSTKYKFKVI-AYNSEGKSNPS--EVVEFTTCPDKPGIPVKPSVKGKIHSHSFKIT 490 500 510 520 530 440 450 460 470 480 490 KIAA02 WEPF----GYAVTRCHSYNLTVQYQYVFNQQQYEAEEVIQTSSHYTLRGLRPFMTIRLRL :.: : .... .:.. : ...: : : : : : :::. KIAA09 WDPPKDNGGATINK-----YVVEMAEGSNGNKWEMIYSGATREHLCDR-LNPGCFYRLRV 540 550 560 570 580 590 500 510 520 530 540 550 KIAA02 LLSNPEGRME-SEELVVQTEEDVPGAVPLESIQGGPFEEKIYIQWKPPNETNGV-ITLYE . :. :: :.::: :: .:: : ..: ..: :: .: :. : KIAA09 YCISDGGQSAVSESLLVQTPAVPPGPCLPPRLQGRPKAKEIQLRWGPPLVDGGSPISCYS 600 610 620 630 640 650 560 570 580 590 600 610 KIAA02 INYKAVGSLDPSADLSSQRGKVFKLRNETHHLFVGLYPGTTYSFTIKASTAKGFGPPVTT .... . . .: .:.. .:.. .: :: :::: ..:.. :::: . 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KIAA11 LPCNSVGDPAPAVKWTKDSEDSAIPVSMDGHRLIHTNGTLLLRAVKAEDSGYYTCTATNT 1350 1360 1370 1380 1390 1400 >>KIAA0343 ( 1187 res) hg01457 (1187 aa) initn: 148 init1: 78 opt: 234 Z-score: 220.1 bits: 53.0 E(): 3.8e-07 Smith-Waterman score: 265; 22.269% identity (48.319% similar) in 714 aa overlap (233-897:545-1179) 210 220 230 240 250 KIAA02 HPGYIAVDEVRVLAHPCRKAPHFLRLQNVEVNVGQNATFQCIAGGKWSQHDK------LW :. :. ..:.: . .::. :: KIAA03 ARNKLGMAKNEVHLEIKDATWIVKQPEYAVVQRGSMVSFECKV-----KHDHTLSLTVLW 520 530 540 550 560 260 270 280 290 300 310 KIAA02 LQQWNGRDTALMVTRVVNHRRFSAT---VSVADTAQRSVSKYRCVIRSDGGSGVSNYAEL :. ..:. . .::.. . :::... . . : :: . : :: : : KIAA03 LK--DNRELP-------SDERFTVDKDHLVVADVSDDDSGTYTCVANTTLDS-VSASAVL 570 580 590 600 610 320 330 340 350 360 KIAA02 IVKEP-PTPIA------PP---EL---LAVGATYLWIKPNANSIIGDGPIILKEVEYRTT : : ::: :: :: : .. : . : ..:: .::. . 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