# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha04644s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0244.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0244, 2044 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7808500 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2584+/-0.000202; mu= 12.0477+/- 0.011 mean_var=141.0818+/-26.878, 0's: 35 Z-trim: 79 B-trim: 94 in 1/65 Lambda= 0.107979 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|34098662|sp|Q92576.3|PHF3_HUMAN RecName: Full=P (2039) 13591 2130.7 0 gi|60219226|emb|CAI56715.1| hypothetical protein [ (1951) 12986 2036.5 0 gi|73973196|ref|XP_538985.2| PREDICTED: similar to (2043) 11988 1881.0 0 gi|149732314|ref|XP_001503413.1| PREDICTED: simila (2042) 11815 1854.1 0 gi|73973200|ref|XP_867023.1| PREDICTED: similar to (1955) 11397 1788.9 0 gi|149732316|ref|XP_001503414.1| PREDICTED: simila (1954) 11240 1764.5 0 gi|194681401|ref|XP_601217.4| PREDICTED: PHD finge (2025) 11237 1764.0 0 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produc ( 371) 1943 315.4 6.7e-83 gi|26352211|dbj|BAC39742.1| unnamed protein produc ( 327) 1850 300.9 1.4e-78 gi|220675860|emb|CAX12571.1| novel protein similar (1691) 1823 297.4 8e-77 gi|154757665|gb|AAI51783.1| PHF3 protein [Bos taur ( 570) 1221 203.1 6.5e-49 gi|18043993|gb|AAH19710.1| Phf3 protein [Mus muscu ( 218) 993 167.2 1.7e-38 gi|47228920|emb|CAG09435.1| unnamed protein produc (1023) 825 141.7 3.6e-30 gi|149034011|gb|EDL88794.1| death associated trans (2099) 809 139.6 3.3e-29 gi|148675399|gb|EDL07346.1| death inducer-oblitera (2056) 777 134.6 1e-27 gi|152031593|sp|Q8C9B9.4|DIDO1_MOUSE RecName: Full (2256) 777 134.6 1.1e-27 gi|40287880|gb|AAR84050.1| death inducer-obliterat (2256) 773 134.0 1.7e-27 gi|149414039|ref|XP_001506090.1| PREDICTED: simila (2472) 754 131.1 1.4e-26 gi|52354786|gb|AAH82851.1| LOC494751 protein [Xeno (2234) 753 130.9 1.4e-26 gi|109091362|ref|XP_001086709.1| PREDICTED: simila (2238) 745 129.6 3.4e-26 gi|118100701|ref|XP_001234737.1| PREDICTED: death (2157) 744 129.4 3.7e-26 gi|71044479|ref|NP_149072.1| death inducer-obliter (2240) 743 129.3 4.3e-26 gi|116241332|sp|Q9BTC0.5|DIDO1_HUMAN RecName: Full (2240) 743 129.3 4.3e-26 gi|44971714|gb|AAS49899.1| death inducer-obliterat (2240) 743 129.3 4.3e-26 gi|119595730|gb|EAW75324.1| death inducer-oblitera (2276) 743 129.3 4.3e-26 gi|47227297|emb|CAF96846.1| unnamed protein produc (2196) 740 128.8 5.8e-26 gi|126303048|ref|XP_001376502.1| PREDICTED: simila (2478) 736 128.3 9.7e-26 gi|149734279|ref|XP_001491643.1| PREDICTED: simila (2272) 730 127.3 1.7e-25 gi|73992715|ref|XP_543090.2| PREDICTED: similar to (2212) 727 126.8 2.4e-25 gi|159164218|pdb|2DME|A Chain A, Solution Structur ( 120) 691 119.8 1.6e-24 gi|134024202|gb|AAI36110.1| LOC100125038 protein [ ( 419) 684 119.3 8e-24 gi|166796454|gb|AAI59331.1| Unknown (protein for I (1162) 657 115.6 2.9e-22 gi|28204843|gb|AAH44755.1| Dido1 protein [Mus musc ( 643) 652 114.5 3.4e-22 gi|123228078|emb|CAM27686.1| death inducer-obliter (1183) 652 114.8 5.1e-22 gi|40287878|gb|AAR84049.1| death inducer-obliterat (1183) 652 114.8 5.1e-22 gi|44971658|gb|AAS49898.1| death inducer-obliterat (1189) 644 113.6 1.2e-21 gi|123231982|emb|CAI95770.2| death inducer-obliter (1189) 644 113.6 1.2e-21 >>gi|34098662|sp|Q92576.3|PHF3_HUMAN RecName: Full=PHD f (2039 aa) initn: 13591 init1: 13591 opt: 13591 Z-score: 11442.1 bits: 2130.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 13591; 100.000% identity (100.000% similar) in 2039 aa overlap (6-2044:1-2039) 10 20 30 40 50 60 KIAA02 HTEVFMDIVDTFNHLIPTEHLDDALFLGSNLENEVCEDFSASQNVLEDSLKNMLSDKDPM ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|340 MDIVDTFNHLIPTEHLDDALFLGSNLENEVCEDFSASQNVLEDSLKNMLSDKDPM 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA02 LGSASNQFCLPVLDSNDPNFQMPCSTVVGLDDIMDEGVVKESGNDTIDEEELILPNRNLR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|340 LGSASNQFCLPVLDSNDPNFQMPCSTVVGLDDIMDEGVVKESGNDTIDEEELILPNRNLR 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA02 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1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA02 LGATDKIPHPLVPFDGPGLELHRPNLLLGLIIRQKLKRQHSACASTSHIAETPESAPPIA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|340 LGATDKIPHPLVPFDGPGLELHRPNLLLGLIIRQKLKRQHSACASTSHIAETPESAPPIA 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1390 1400 1410 1420 1430 1440 KIAA02 LPPDKKSKIEVSTEEAPEEENDFFNSFTTVLHKQRNKPQQNLQEDLPTAVEPLMEVTKQE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|340 LPPDKKSKIEVSTEEAPEEENDFFNSFTTVLHKQRNKPQQNLQEDLPTAVEPLMEVTKQE 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1450 1460 1470 1480 1490 1500 KIAA02 PPKPLRFLPGVLIGWENQPTTLELANKPLPVDDILQSLLGTTGQVYDQAQSVMEQNTVKE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|340 PPKPLRFLPGVLIGWENQPTTLELANKPLPVDDILQSLLGTTGQVYDQAQSVMEQNTVKE 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1510 1520 1530 1540 1550 1560 KIAA02 IPFLNEQTNSKIEKTDNVEVTDGENKEIKVKVDNISESTDKSAEIETSVVGSSSISAGSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|340 IPFLNEQTNSKIEKTDNVEVTDGENKEIKVKVDNISESTDKSAEIETSVVGSSSISAGSL 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