# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03111mrp1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0242.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0242, 529 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7815897 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9247+/-0.000196; mu= 9.0654+/- 0.011 mean_var=113.9017+/-21.466, 0's: 32 Z-trim: 76 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.120174 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|30913402|sp|Q92575.2|UBXN4_HUMAN RecName: Full= ( 508) 3263 576.6 5.5e-162 gi|75040967|sp|Q5R4I3.1|UBXN4_PONAB RecName: Full= ( 508) 3259 575.9 9e-162 gi|114581134|ref|XP_515808.2| PREDICTED: UBX domai ( 544) 3091 546.8 5.5e-153 gi|194222192|ref|XP_001489608.2| PREDICTED: simila ( 509) 3029 536.0 9.1e-150 gi|167011766|sp|Q3ZBU9.2|UBXN4_BOVIN RecName: Full ( 508) 3015 533.6 4.9e-149 gi|81882961|sp|Q5HZY0.1|UBXN4_RAT RecName: Full=UB ( 506) 2941 520.8 3.5e-145 gi|74190686|dbj|BAE28143.1| unnamed protein produc ( 506) 2935 519.7 7.3e-145 gi|30913398|sp|Q8VCH8.1|UBXN4_MOUSE RecName: Full= ( 506) 2929 518.7 1.5e-144 gi|26344511|dbj|BAC35906.1| unnamed protein produc ( 506) 2918 516.8 5.6e-144 gi|73984259|ref|XP_533337.2| PREDICTED: similar to ( 472) 2763 489.9 6.6e-136 gi|73984261|ref|XP_856681.1| PREDICTED: similar to ( 460) 2616 464.4 3e-128 gi|119632029|gb|EAX11624.1| UBX domain containing ( 396) 2505 445.1 1.7e-122 gi|149058721|gb|EDM09878.1| rCG46129, isoform CRA_ ( 462) 2504 445.0 2.1e-122 gi|148707807|gb|EDL39754.1| UBX domain containing ( 462) 2497 443.8 4.9e-122 gi|194385250|dbj|BAG65002.1| unnamed protein produ ( 490) 2422 430.8 4.2e-118 gi|74211544|dbj|BAE26503.1| unnamed protein produc ( 411) 2334 415.5 1.5e-113 gi|73586636|gb|AAI03097.1| UBX domain protein 4 [B ( 397) 2314 412.0 1.6e-112 gi|50417676|gb|AAH77804.1| UBXD2 protein [Xenopus ( 531) 1887 338.1 3.7e-90 gi|193787844|dbj|BAG53047.1| unnamed protein produ ( 274) 1762 316.1 7.8e-84 gi|161728826|dbj|BAF94232.1| UBX domain containing ( 288) 1723 309.4 8.8e-82 gi|26325390|dbj|BAC26449.1| unnamed protein produc ( 244) 1380 249.8 6.2e-64 gi|40555755|gb|AAH64707.1| UBX domain protein 4 [D ( 500) 1383 250.7 7.2e-64 gi|12847220|dbj|BAB27482.1| unnamed protein produc ( 238) 1332 241.5 2e-61 gi|12859540|dbj|BAB31684.1| unnamed protein produc ( 227) 1270 230.7 3.2e-58 gi|74201759|dbj|BAE28488.1| unnamed protein produc ( 206) 1130 206.4 6.1e-51 gi|116283775|gb|AAH30190.1| Ubxn4 protein [Mus mus ( 207) 1130 206.4 6.2e-51 gi|119632030|gb|EAX11625.1| UBX domain containing ( 144) 956 176.1 5.7e-42 gi|66910813|gb|AAH97782.1| Unknown (protein for IM ( 282) 902 167.0 6.1e-39 gi|47213188|emb|CAF95979.1| unnamed protein produc ( 533) 758 142.3 3.1e-31 gi|161728825|dbj|BAF94231.1| UBX domain containing ( 127) 672 126.8 3.5e-27 gi|48097928|ref|XP_391980.1| PREDICTED: similar to ( 521) 625 119.3 2.7e-24 gi|159164297|pdb|2DZK|A Chain A, Structure Of The ( 109) 608 115.7 6.8e-24 gi|72041424|ref|XP_795314.1| PREDICTED: hypothetic ( 496) 610 116.6 1.6e-23 gi|215505040|gb|EEC14534.1| UBX domain-containing ( 318) 576 110.6 6.9e-22 gi|149629420|ref|XP_001517218.1| PREDICTED: simila ( 141) 503 97.6 2.5e-18 gi|156546566|ref|XP_001601396.1| PREDICTED: simila ( 386) 499 97.3 8.2e-18 gi|45708456|gb|AAH20806.1| UBXN4 protein [Homo sap ( 95) 457 89.4 4.7e-16 gi|221125615|ref|XP_002162754.1| PREDICTED: simila ( 460) 456 89.9 1.6e-15 gi|210120379|gb|EEA68098.1| hypothetical protein B ( 448) 454 89.6 2e-15 gi|210102111|gb|EEA50166.1| hypothetical protein B ( 355) 450 88.8 2.8e-15 gi|210090151|gb|EEA38436.1| hypothetical protein B ( 355) 450 88.8 2.8e-15 gi|193919407|gb|EDW18274.1| GI12185 [Drosophila mo ( 744) 445 88.2 8.6e-15 gi|210120371|gb|EEA68090.1| hypothetical protein B ( 418) 423 84.2 8e-14 gi|82185847|sp|Q6NXA9.1|UBXN1_DANRE RecName: Full= ( 294) 419 83.3 1e-13 gi|187025180|emb|CAP35647.1| C. briggsae CBR-UBXN- ( 456) 420 83.7 1.2e-13 gi|72083722|ref|XP_784876.1| PREDICTED: similar to ( 332) 417 83.0 1.4e-13 gi|198430051|ref|XP_002121999.1| PREDICTED: simila ( 292) 416 82.8 1.4e-13 gi|23093966|gb|AAN12033.1| CG8042, isoform B [Dros ( 509) 419 83.5 1.5e-13 gi|108883488|gb|EAT47713.1| conserved hypothetical ( 324) 415 82.7 1.8e-13 gi|5052606|gb|AAD38633.1|AF145658_1 BcDNA.GH10229 ( 656) 419 83.6 1.8e-13 >>gi|30913402|sp|Q92575.2|UBXN4_HUMAN RecName: Full=UBX (508 aa) initn: 3263 init1: 3263 opt: 3263 Z-score: 3064.3 bits: 576.6 E(): 5.5e-162 Smith-Waterman score: 3263; 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