# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha06313.fasta.huge -Q ../query/KIAA0239.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0239, 849 aa vs ./tmplib.23147 library 1986656 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2669+/-0.0113; mu= -18.4178+/- 0.762 mean_var=493.7558+/-120.340, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 4 in 1/39 Lambda= 0.057719 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0215 ( 857 res) ha02776 ( 857) 1820 166.5 1.1e-41 KIAA1807 ( 702 res) fk00712 ( 702) 1359 128.0 3.5e-30 KIAA1286 ( 1214 res) hh11961(revised) (1214) 623 67.0 1.5e-11 KIAA0876 ( 1119 res) hh03683 (1119) 397 48.1 6.4e-06 KIAA0783 ( 899 res) hk05408 ( 899) 372 45.9 2.3e-05 KIAA0780 ( 1100 res) hk05362 (1100) 373 46.1 2.5e-05 KIAA0677 ( 1073 res) hk02635 (1073) 366 45.5 3.7e-05 >>KIAA0215 ( 857 res) ha02776 (857 aa) initn: 2148 init1: 1273 opt: 1820 Z-score: 840.1 bits: 166.5 E(): 1.1e-41 Smith-Waterman score: 2088; 42.654% identity (66.114% similar) in 844 aa overlap (22-831:1-820) 10 20 30 40 50 60 KIAA02 LLLARSLSLLLAACSRKPARRGGGCTAQGREIAHVGQSCFKEYSAGRLRGAHATTTFGRM ::: .. . :: : . .: :: . : KIAA02 GGGYHSDRTHPAH----C--RAAAWSRAGAASQLREGCS 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA02 EEKRRKYSISSDNSDTTDSHATSTSASRCSKLPSSTKSGWPRQNEKKPSEVFRTDLITAM . ::.. :::.:: .: .:: ... .. :: : .. :::.:::: :::.:: KIAA02 RMKRHRPVSSSDSSD--ESPSTSFTSGSMYRI----KSKIPNEH-KKPAEVFRKDLISAM 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 KIAA02 KIPDSYQLSPDDYYILADPWRQEWEKGVQVPAGAEAIPEPVVRILPP-----LEGPPAQ- :.:::....::.::..:: :..::::::::::. ...:.: .::. : : . KIAA02 KLPDSHHINPDSYYLFADTWKEEWEKGVQVPASPDTVPQPSLRIIAEKVKDVLFIRPRKY 90 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 KIAA02 ---ASPSSTMLGEGSQPDWPGG-SRYDLDEIDAYWLELINSELKEMERPELDELTLERVL .::..: : . . .. :::::..: .::. .: .: :: .:: .:... KIAA02 IHCSSPDTTEPGYINIMELAASVCRYDLDDMDIFWLQELNEDLAEMGCGPVDENLMEKTV 150 160 170 180 190 200 240 250 260 270 280 290 KIAA02 EELETLCHQNMARAIETQEGLGIEYDEDVVCDVCRSPEGEDGNEMVFCDKCNVCVHQACY : :: ::.:: .::::.:::::::::::.:::::::..:.::.:::::::::::::::: KIAA02 EVLERHCHENMNHAIETEEGLGIEYDEDVICDVCRSPDSEEGNDMVFCDKCNVCVHQACY 210 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 KIAA02 GILKVPTGSWLCRTCALGVQPKCLLCPKRGGALKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVSIGCPE :::::: ::::::.:.::. :.:.::::.::::: :..::::.:::::::::::::.::: KIAA02 GILKVPEGSWLCRSCVLGIYPQCVLCPKKGGALKTTKTGTKWAHVSCALWIPEVSIACPE 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 KIAA02 KMEPITKISHIPASRWALSCSLCKECTGTCIQCSMPSCVIAFHVTCAFDHGLEMRTILAD .::::::::::: ::::: :.::: ::.:::::. ::. ::::::::.:::::.::: . KIAA02 RMEPITKISHIPPSRWALVCNLCKLKTGACIQCSIKSCITAFHVTCAFEHGLEMKTILDE 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 KIAA02 NDEVKFKSFCQEHSDG----GPRNEPTSEPTEPSQAGEDLEKVTLRKQRLQQLEEDFYEL .:::::::.: .::.. : . : . : ::: ::..:: :.:..:::.:: : KIAA02 GDEVKFKSYCLKHSQNRQKLGEAEYPHHRAKEQSQAKS--EKTSLRAQKLRELEEEFYSL 390 400 410 420 430 440 470 480 490 500 510 520 KIAA02 VEPAEVAERLDLAEALVDFIYQYWKLKRKANANQPLLTPKTDEVDNLAQQEQDVLYRRLK :. .:: .: . :::::.:::::::.: :.::. :: :: ..:.: ... .. :.. KIAA02 VRVEDVAAELGMPTLAVDFIYNYWKLKRKSNFNKPLFPPKEDEENGLVQPKEESIHTRMR 450 460 470 480 490 500 530 540 550 560 570 580 KIAA02 LFTHLRQDLERVRNLCYMVTRRERTKHAICKLQEQIFHLQMKLIEQDLCRGLSTSFPIDG .: :::::::::::::::..:::. : . :.::::: ::..:..:.. :: . ... KIAA02 MFMHLRQDLERVRNLCYMISRREKLKLSHNKIQEQIFGLQVQLLNQEIDAGLPLTNALEN 510 520 530 540 550 560 590 600 610 620 630 KIAA02 TFFNSWLAQSVQI-----TAENMAMSEWPLNNG-HREDPAPGLLSEELLQ-DEETLL--- ..: .... : :. : .. : : . .. : . .: .:.: KIAA02 SLFYPPPRITLKLKMPKSTPEDHRNSSTETDQQPHSPDSSSSVHSIRNMQVPQESLEMRT 570 580 590 600 610 620 640 650 660 670 680 690 KIAA02 -SFMRDPSLRPGDPARKARGRTRLPAKKKPPPPPPQDGPGSRTTPDKA-PKKTWGQDAGS :. : : .. . ...: ::.. : :.:. .. : : : KIAA02 KSYPRYPLESKNNRLLASLSHSRSEAKESS---PAWRTPSSECYHGQSLGKPLVLQAALH 630 640 650 660 670 680 700 710 720 730 740 750 KIAA02 GKGGQGPPTRKPPRR--TSSHLPSSPAAGDCPILATPESPPPLAPETPDEAASVAADSDV :... : .: . :. : .: .:. . : . . : . ...... KIAA02 GQSSIGNGKSQPNSKFAKSNGLEGS-WSGN--VTQKDSSSEMFCDQEPVFSPHLVSQGSF 690 700 710 720 730 760 770 780 790 800 KIAA02 QVPGPAASPKPLGRLRPPRESKVTRRLPG-ARPDAGMGPPSA-----VAERPKVSLHFDT . . . . : : :. : ..: .:.: : .: .. KIAA02 RKSTVEHFSRSF-KETTNRWVKNTEDLQCYVKPTKNMSPKEQFWGRQVLRRSAGRAPYQ- 740 750 760 770 780 790 810 820 830 840 KIAA02 ETDGYFSDGEMSDSDVEAEDGGVQRGPREAGAEEVVRMGVLAS :.::: : :.:::..:. ::. .. KIAA02 ENDGYCPDLELSDSEAES-DGNKEKVRVRKDSSDRENPPHDSRRDCHGKSKTHPLSHSSM 800 810 820 830 840 850 >>KIAA1807 ( 702 res) fk00712 (702 aa) initn: 2032 init1: 1359 opt: 1359 Z-score: 633.7 bits: 128.0 E(): 3.5e-30 Smith-Waterman score: 2061; 49.440% identity (68.347% similar) in 714 aa overlap (196-849:1-702) 170 180 190 200 210 220 KIAA02 PPLEGPPAQASPSSTMLGEGSQPDWPGGSRYDLDEIDAYWLELINSELKEMERPELDELT :::...:: :::: : :.::: ::::: : KIAA18 YDLNDMDAAWLELTNEEFKEMGMPELDEYT 10 20 30 230 240 250 260 270 280 KIAA02 LERVLEELETLCHQNMARAIETQEGLGIEYDEDVVCDVCRSPEGEDGNEMVFCDKCNVCV .::::::.: :..:: .::::.::::::::::::::::.::.::::::::::::::.:: KIAA18 MERVLEEFEQRCYDNMNHAIETEEGLGIEYDEDVVCDVCQSPDGEDGNEMVFCDKCNICV 40 50 60 70 80 90 290 300 310 320 330 340 KIAA02 HQACYGILKVPTGSWLCRTCALGVQPKCLLCPKRGGALKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVS ::::::::::: :::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::: KIAA18 HQACYGILKVPEGSWLCRTCALGVQPKCLLCPKKGGAMKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVS 100 110 120 130 140 150 350 360 370 380 390 400 KIAA02 IGCPEKMEPITKISHIPASRWALSCSLCKECTGTCIQCSMPSCVIAFHVTCAFDHGLEMR :: :::::::::.::::.::::: ::::.: :. ::::. .: :::::::::.::::. 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KIAA18 TILAENDEVKFKSYCPKHSSHRKPEESLGKGAAQENGAPECSPRN-PLEPFASLEQNREE 220 230 240 250 260 450 460 470 480 490 500 KIAA02 LEKVTLRKQRLQQLEEDFYELVEPAEVAERLDLAEALVDFIYQYWKLKRKANANQPLLTP ..:..:::.:::::..:: .:. .::. : : : .:::.:::::::::.: :.::.:: KIAA18 AHRVSVRKQKLQQLEDEFYTFVNLLDVARALRLPEEVVDFLYQYWKLKRKVNFNKPLITP 270 280 290 300 310 320 510 520 530 540 550 560 KIAA02 KTDEVDNLAQQEQDVLYRRLKLFTHLRQDLERVRNLCYMVTRRERTKHAICKLQEQIFHL : :: ::::..:::::.:::.::::::::::::::: :::::::. :...::.:::::.: KIAA18 KKDEEDNLAKREQDVLFRRLQLFTHLRQDLERVRNLTYMVTRREKIKRSVCKVQEQIFNL 330 340 350 360 370 380 570 580 590 600 KIAA02 QMKLIEQDLCRGLSTSFPIDGTFFNSWL--AQSVQITAENMAMSEW-------------- ::.::. :. .: .... : : . :: : .. .: KIAA18 YTKLLEQERVSGVPSSCS-SSSLENMLLFNSPSVGPDAPKIEDLKWHSAFFRKQMGTSLV 390 400 410 420 430 440 610 620 630 640 650 660 KIAA02 -PLNNGHREDP---APGLLSEELLQDEETLLSFMRDPSLRPGDPARKARGRTRLPAKKKP :.. :..:: .:: .. ::.. . : :. . : .. : . :. . KIAA18 HSLKKPHKRDPLQNSPGSEGKTLLKQPD--LCGRREGMVVP----ESFLGLEKTFAEARL 450 460 470 480 490 500 670 680 690 700 710 KIAA02 PPPPPQDGPGSRTTPDKAPKKT--WGQD--AGSGKGGQGPPTRKPPRRTS---SHLPSSP ..: . ::.. .. . : :. : . ..:: : :. :: .. KIAA18 ISAQQKNGV---VMPDHGKRRDNRFHCDLIKGDLKDKSFKQSHKPLRSTDVSQRHLDNTR 510 520 530 540 550 720 730 740 750 760 770 KIAA02 AAGDCPI-LATPESPPPLAPETPDEAASVAAD-SDVQVPGPAASP-KPLGRLRPPRESKV :: . . ..: . ..:. .: . . :.:: ::: : : .: :.... KIAA18 AATSPGVGQSAPGTRKEIVPKCNGSLIKVNYNQTAVKVPTTPASPVKNWGGFRIPKKGER 560 570 580 590 600 610 780 790 800 810 820 KIAA02 TRR---LPGA------RPDAGMGPPSAVAERPKVSLHFDTETDGYFSDGEMSDSDVEA-E .. :: : :.: : :: : .:. :.:.::: : :::::. :: : KIAA18 QQQGEAHDGACHQHSDYPYLGLGRVPA-KERAKSKLKSDNENDGYVPDVEMSDSESEASE 620 630 640 650 660 670 830 840 KIAA02 DGGVQRGPREAGAEEVVRMGVLAS .. . . ...: ..::: KIAA18 KKCIHTSSTISRRTDIIRRSILAS 680 690 700 >>KIAA1286 ( 1214 res) hh11961(revised) (1214 aa) initn: 717 init1: 223 opt: 623 Z-score: 299.5 bits: 67.0 E(): 1.5e-11 Smith-Waterman score: 703; 31.056% identity (55.072% similar) in 483 aa overlap (157-567:123-600) 130 140 150 160 170 180 KIAA02 QLSPDDYYILADPWRQEWEKGVQVPAGAEAIPEPVVRILPPLEGPPAQASPSSTMLGEGS .:.: :.. : : :.. . . KIAA12 PQFPGKSKKPSSKGKKKESCSKHASGTSFHLPQPSFRMVDSGIQPEAPPLPAAYYRYIEK 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 KIAA02 QP-DWPGGSRYDLDEIDAYWLELINSELKEMERPELDELTLERVLEELETLCHQNMARAI : : . .::.:: : ::...: . . . .. :.: ....:: . . .:. KIAA12 PPEDLDAEVEYDMDEEDLAWLDMVNEKRRVDGHSLVSADTFELLVDRLEKESYLE-SRSS 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 KIAA02 ETQEGLGIEYDEDVVCDVCRSPEGEDGNEMVFCDKCNVCVHQACYGILKVPTGSWLCRTC .:..: :::. : :: . : ...: ..::: ::. ::: :::. .: :.:::: : KIAA12 GAQQSL---IDEDAFCCVCLDDECHNSNVILFCDICNLAVHQECYGVPYIPEGQWLCRCC 220 230 240 250 260 310 320 330 340 350 360 KIAA02 ALG-VQP-KCLLCPKRGGALKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVSIGCPEKMEPITKISHIPA . .: :.:::..:::.: : .: .:.:: ::.::::: .. .::: :..:: KIAA12 LQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDG-HWAHVVCAIWIPEVCFANTVFLEPIEGIDNIPP 270 280 290 300 310 320 370 380 390 400 410 KIAA02 SRWALSCSLCKEC-TGTCIQCSMPSCVIAFHVTCAFDHGLEMR------TILADND-EVK .:: :.: .::. :. ::: .: ::::::: :: :. : : . :. KIAA12 ARWKLTCYICKQKGLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGLFMKIEPMRETSLNGTIFTVR 330 340 350 360 370 380 420 430 440 KIAA02 FKSFCQEHSDGG----------PRN--------------------EPTSEPTEPSQAGED ..:. :: : ::. : . : . .:.: . KIAA12 KTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDGEEEEEEEVEEEEQEAQGGVS 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 KIAA02 --LEKVTLR-----KQRLQQLEEDFYE--------LVEPAEVAERLDLAEALVDF----- :. : . ::.... :. . :. : . ::. . ..: KIAA12 GSLKGVPKKSKMSLKQKIKKEPEEAGQDTPSTLPMLAVPQIPSYRLNKICSGLSFQRKNQ 450 460 470 480 490 500 490 500 510 520 530 KIAA02 ----IYQYWKLKRKANANQPL---LTPKTDEVDNLAQQEQD----VLYRRLKLFTHLRQD ...:: :::.: . :: : . . : :.::: .. ..:: . .::.: KIAA12 FMQRLHNYWLLKRQARNGVPLIRRLHSHLQSQRNAEQREQDEKTSAVKEELKYWQKLRHD 510 520 530 540 550 560 540 550 560 570 580 590 KIAA02 LERVRNLCYMVTRRERTKHAICKLQEQIFHLQMKLIEQDLCRGLSTSFPIDGTFFNSWLA :::.: : .. .::. :. :.:. ..:.. KIAA12 LERARLLIELIRKREKLKREQVKVQQAAMELELMPFNVLLRTTLDLLQEKDPAHIFAEPV 570 580 590 600 610 620 600 610 620 630 640 650 KIAA02 QSVQITAENMAMSEWPLNNGHREDPAPGLLSEELLQDEETLLSFMRDPSLRPGDPARKAR KIAA12 NLSEVPDYLEFISKPMDFSTMRRKLESHLYRTLEEFEEDFNLIVTNCMKYNAKDTIFHRA 630 640 650 660 670 680 >>KIAA0876 ( 1119 res) hh03683 (1119 aa) initn: 271 init1: 114 opt: 397 Z-score: 198.2 bits: 48.1 E(): 6.4e-06 Smith-Waterman score: 397; 37.952% identity (60.241% similar) in 166 aa overlap (269-427:773-933) 240 250 260 270 280 290 KIAA02 QNMARAIETQEGLGIEYDEDVVCDVCRSPEGEDG-NEMVFCDKCNVCVHQACYGIL-KVP :.:: . .. : :: . :: .:::: .. KIAA08 SRQKTRPLIPEMCFTSGGENTEPLPANSYIGDDGTSPLIACGKCCLQVHASCYGIRPELV 750 760 770 780 790 800 300 310 320 330 340 350 KIAA02 TGSWLCRTCALGVQP-KCLLCPKRGGALKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVSIGCPEKMEPI . .: : :: . .: :: :::::. : . .:.:: ::. .::. . . .:. KIAA08 NEGWTCSRCAAHAWTAECCLCNLRGGALQMT-TDRRWIHVICAIAVPEARFLNVIERHPV 810 820 830 840 850 860 360 370 380 390 400 410 KIAA02 TKISHIPASRWALSCSLC----KECTGTCIQCSMPSCVIAFHVTCAFDHGLEMRTILADN :: :: .:: :.: : :. .:.:::::. : .:::::: :. :. :. KIAA08 D-ISAIPEQRWKLKCVYCRKRMKKVSGACIQCSYEHCSTSFHVTCAHAAGVLMEP---DD 870 880 890 900 910 420 430 440 450 460 470 KIAA02 DEVKFKSFCQEHSDGGPRNEPTSEPTEPSQAGEDLEKVTLRKQRLQQLEEDFYELVEPAE . : .:..:: KIAA08 WPYVVSITCLKHKSGGHAVQLLRAVSLGQVVITKNRNGLYYRCRVIGAASQTCYEVNFDD 920 930 940 950 960 970 >>KIAA0783 ( 899 res) hk05408 (899 aa) initn: 425 init1: 130 opt: 372 Z-score: 188.2 bits: 45.9 E(): 2.3e-05 Smith-Waterman score: 470; 24.870% identity (52.870% similar) in 575 aa overlap (61-586:143-684) 40 50 60 70 80 KIAA02 EIAHVGQSCFKEYSAGRLRGAHATTTFGRMEEKRRKYSISSD--NSDTTDSHATSTSASR :....: ..: . : .. . ::: : KIAA07 KEEEENGERPRKKREKEKEKEKEKEKEKEREKEKEKATVSENVAASAAATTPATSPPAVN 120 130 140 150 160 170 90 100 110 120 130 140 KIAA02 CS-KLPSSTKSGWPRQNEKKPSEVFRT----DLITAMKIPDSYQLSPDDYYILAD-PWRQ : ..:..: . . .: : .. :. :... .. : ::: : :: KIAA07 TSPSVPTTTTATEEQVSEPKKWNLRRNRPLLDFVSMEELNDM-----DDYDSEDDNDWRP 180 190 200 210 220 150 160 170 180 190 KIAA02 EW--EKGVQVPA--GAEAIPEPVVRILPPLEGPPAQASPSSTMLGEG-SQPDWPGGSRYD .:: .. :... : :: .. . .. : :.: :: . KIAA07 TVVKRKGRSASQKEGSDGDNED-----DEDEGSGSDEDENDEGNDEDHSSPASEGGCKKK 230 240 250 260 270 280 200 210 220 230 240 250 KIAA02 LDEIDAYWLELINSELKEMERPELDELTLERVLEELETLCHQNMARAIETQEGLGIEYDE ... : ... .:. : ::: . . ..: . ..:. . ..:. KIAA07 KSKV----LSRNSADDEELTN---DSLTLSQSKSNEDSLILE------KSQNWSSQKMDH 290 300 310 320 260 270 280 290 300 KIAA02 DVVCDVCRSPEGEDGNEMVFCDKCNVCVHQACYGI-----------LKVPTGSWLCRTCA ..: :: . ..::..:.. ::.:.. ::..:::. . : :.: .: KIAA07 ILICCVCLGDNSEDADEIIQCDNCGITVHEGCYGVDGESDSIMSSASENSTEPWFCDACK 330 340 350 360 370 380 310 320 330 340 350 360 KIAA02 LGVQPKCLLCPKRGGALKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVSIGCPEKMEPITKISHIPASRW ::.:.: :::.. : .: : .: .:::. :::..: :..: .:..:.: .... :.. KIAA07 CGVSPSCELCPNQDGIFKETDAG-RWVHIVCALYVPGVAFGDIDKLRPVT-LTEMNYSKY 390 400 410 420 430 440 370 380 390 400 410 420 KIAA02 -ALSCSLCKEC----TGTCIQCSMPSCVIAFHVTCAFDHGLEMRTILADNDEVKFKSFCQ : ::.:.. ::.::.:. : :::::: .:: .. .. : ..:. KIAA07 GAKECSFCEDPRFARTGVCISCDAGMCRAYFHVTCAQKEGLLSEAAAEEDIADPFFAYCK 450 460 470 480 490 500 430 440 450 460 KIAA02 EHSDGGPRN-------------EPTSEPTEPSQAGEDLEKVTLRKQRLQQLEEDFYELVE .:.: :. . . . : . . : ... : :. . . .. . .. KIAA07 QHADRLDRKWKRKNYLALQSYCKMSLQEREKQLSPEAQARINARLQQYRA-KAELARSTR 510 520 530 540 550 560 470 480 490 500 510 520 KIAA02 PAEVAERLDLAEALVDFIYQYWKLKRKANANQPLLTPKTD--EVDNLAQQEQDVLYRRLK : . : : . :.. :: :::. :. .:: ::: .. ..: :: . 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