# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02570.fasta.huge -Q ../query/KIAA0229.ptfa ./tmplib.23147 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0229, 1180 aa
 vs ./tmplib.23147 library

1986325 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8895+/-0.00872; mu= 0.4323+/- 0.591
 mean_var=325.1388+/-80.025, 0's: 0 Z-trim: 20  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.071128

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
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KIAA0379  ( 1059 res)   hh00505s1                  (1059)  393 55.0   7e-08
KIAA1223  ( 1089 res)   pg00513                    (1089)  355 51.1 1.1e-06
KIAA0957  ( 693 res)   hj05670                     ( 693)  348 50.2 1.3e-06
KIAA0697  ( 2486 res)   hk04486s1                  (2486)  352 51.3 2.2e-06
KIAA1334  ( 989 res)   fh15842                     ( 989)  333 48.8 4.8e-06
KIAA1250  ( 1777 res)   pf01137                    (1777)  328 48.6 9.9e-06
KIAA0396  ( 627 res)   hg00180s1                   ( 627)  318 47.0   1e-05
KIAA1728  ( 1644 res)   pg00239                    (1644)  302 45.9   6e-05
KIAA1785  ( 617 res)   fh12727                     ( 617)  276 42.7  0.0002
KIAA1876  ( 803 res)   pf01162s1                   ( 803)  278 43.1 0.00021
KIAA1255  ( 1232 res)   hh14633s1                  (1232)  256 41.0  0.0013
KIAA1758  ( 1662 res)   fh20539(revised)           (1662)  255 41.1  0.0017


>>KIAA1139  ( 1124 res)   hk00330                         (1124 aa)
 initn: 539 init1: 292 opt: 566  Z-score: 329.0  bits: 72.8 E(): 3.3e-13
Smith-Waterman score: 607;  29.018% identity (52.679% similar) in 672 aa overlap (156-809:1-545)

         130       140       150       160       170       180     
KIAA02 GYTPLHHAALNGHKDVVEVLLRNDALTNVADSKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPSH
                                     ::.:  ::: :::.:  . ::::.. . . 
KIAA11                               DSNGMRPLHYAAWQGRLEPVRLLLRASAA-
                                             10        20          

         190       200       210       220       230       240     
KIAA02 TRVNEQNNDNETALHCAAQYGHTEVVKVLLEELTDPTMRNNKFETPLDLAALYGRLEVVK
         ::  . :..  :: :::::: :: ..::.. ..: . :.  .::::::  .:::.:..
KIAA11 --VNAASLDGQIPLHLAAQYGHYEVSEMLLQHQSNPCLVNKAKKTPLDLACEFGRLKVAQ
        30        40        50        60        70        80       

         250               260       270       280       290       
KIAA02 MLLNAH--PNLLS------CNTKKHTPLHLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMGSAL
       .:::.:    ::       :. .  :::::::.:::. :.. :: ::.. : ::. :.::
KIAA11 LLLNSHLCVALLEGEAKDPCDPNYTTPLHLAAKNGHREVIRQLLRAGIEINRQTKTGTAL
        90       100       110       120       130       140       

       300       310       320       330        340       350      
KIAA02 HEAALFGKTDVVQILLAAGTDVNIKDNHGLTALDTVRELP-SQKSQQIAALIEDH--MTG
       :::::.:::.::..:: .:.::::..... :::: : ..  :: :..:  :...   .  
KIAA11 HEAALYGKTEVVRLLLEGGVDVNIRNTYNQTALDIVNQFTTSQASREIKQLLREASGILK
       150       160       170       180       190       200       

          360       370          380       390       400       410 
KIAA02 KRSTKEVDKTPPPQPPLISSMDSIS---QKSQGDVEKAVTELIIDFDANAEEEGPYEALY
        :. :.  .   :    . . : :.   :. .:  .  . :          ..:  .  :
KIAA11 VRALKDFWNLHDPTALNVRAGDVITVLEQHPDGRWKGHIHE---------SQRGTDRIGY
       210       220       230       240                250        

             420       430       440         450       460         
KIAA02 NAISCHSLDSMASGRSSDQDSTNKEAEAAGVKPAGVRP--RERPPPPAKPPPDEEEEDHI
             ..  ..: :      ..  :      :. .::   . : :::. ::      : 
KIAA11 FP---PGIVEVVSKR------VGIPAARLPSAPTPLRPGFSRTPQPPAEEPP------H-
      260          270             280       290       300         

     470       480       490       500       510       520         
KIAA02 DKKYFPLTASEVLSMRPRIHGSAAREEDEHPYELLLTAETKKVVLVDGKTKDHRRSSSSR
            ::: :..    ::.  :      . :      :  .. :  .:.. . :   :. 
KIAA11 -----PLTYSQL----PRVGLSP-----DSP------AGDRNSVGSEGSVGSIR---SAG
                     310                  320       330            

     530       540        550       560       570       580        
KIAA02 SQDSAEGQDGQVPEQFSGLL-HGSSPVCEVGQDPFQLLCTAGQSHPDGSPQQGACHKASM
       : .:.:: .:. :    ::: ....:.  .:.:  :.:                      
KIAA11 SGQSSEGTNGHGP----GLLIENAQPLPSAGED--QVL----------------------
     340       350           360         370                       

      590       600       610       620       630       640        
KIAA02 QLEETGVHAPGASQPSALDQSKRVGYLTGLPTTNSRSHPETLTHTASPHPGGAEEGDRSG
                ::   ::  :.      :.  : .: ::  . .:. . :.     ::  . 
KIAA11 ---------PGLHPPSLADN------LSHRPLANCRSGEQIFTQDVRPEQ--LLEG--KD
                      380             390       400         410    

      650       660       670        680       690       700       
KIAA02 ARSRAPPTSKPKAELKLSRSLSKS-DSDLLTCSPTEDATMGSRSESLSNCSIGKKRLEKS
       :..     :. . :   .. :. . :   ..    :: :           .::  .  . 
KIAA11 AQAIHNWLSEFQLEGYTAHFLQAGYDVPTISRMTPEDLT-----------AIGVTKPGHR
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KIAA02 PSFASEWDEIEKIMSSIGEGIDFSQERQKISGSRTLEQSVGEWLESIGLQQYESKLLLNG
        ..:::  ..     ::.: .              .  .. ::: ..:: ::...:. .:
KIAA11 KKIASEIAQL-----SIAEWLP-----------SYIPTDLLEWLCALGLPQYHKQLVSSG
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KIAA02 FDDVHFLGSNVMEEQDLRDIGISDPQHRRKLLQAARSLPKVKALGYDGNSPPSVPSWLDS
       .:.. .... . ::  :..::..   :..::. ... : ...                  
KIAA11 YDSMGLVADLTWEE--LQEIGVNKLGHQKKLMLGVKRLAELRRGLLQGEALSEGGRRLAK
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       830       840       850       860       870       880       
KIAA02 LGLQDYVHSFLSSGYSSIDTVKNLWELELVNVLKVQLLGHRKRIIASLADRPYEEPPQKP
                                                                   
KIAA11 GPELMAIEGLENGEGPATAGPRLLTFQGSELSPELQAAMAGGGPEPLPLPPARSPSQESI
           570       580       590       600       610       620   

>>KIAA0379  ( 1059 res)   hh00505s1                       (1059 aa)
 initn: 443 init1: 233 opt: 393  Z-score: 233.4  bits: 55.0 E(): 7e-08
Smith-Waterman score: 393;  37.387% identity (65.766% similar) in 222 aa overlap (111-330:65-282)

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KIAA02 GGGGGSGGGGGGSGGGGGGLGSSSHPLSSLLSMWRGPNVNCVDSTGYTPLHHAALNGHKD
                                     : .  :  ::  ::   ::::.:. .  ..
KIAA03 FKKEDVNFQDNEKRTPLHAAAYLGDAEIIELLILSGARVNAKDSKWLTPLHRAVASCSEE
           40        50        60        70        80        90    

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KIAA02 VVEVLLRNDALTNVADSKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPSHTRVNEQNNDNETALH
       .:.:::...: .:. :..   :::.:: .  .. .. :.   :  . :: ..  ..::::
KIAA03 AVQVLLKHSADVNARDKNWQTPLHIAAANKAVKCAEALV---PLLSNVNVSDRAGRTALH
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KIAA02 CAAQYGHTEVVKVLLEELTDPTMRNNKFETPLDLAALYGRLEVVKMLLNAHPNLLSCNTK
        ::  :: :.::.:: . .. .  ..: .  .  :: .:..::::.:.. :   ..:. :
KIAA03 HAAFSGHGEMVKLLLSRGANINAFDKKDRRAIHWAAYMGHIEVVKLLVS-HGAEVTCKDK
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KIAA02 K-HTPLHLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMGSA-LHEAALFGKTDVVQILLAAGTD
       : .:::: :: .:  .::. ::: :.: :  . .:.. :: :   :.  ::. :.  :. 
KIAA03 KSYTPLHAAASSGMISVVKYLLDLGVDMNEPNAYGNTPLHVACYNGQDVVVNELIDCGAI
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KIAA02 VNIKDNHGLTALDTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKEVDKTPPPQPPLISSMDSI
       :: :...:.: :                                                
KIAA03 VNQKNEKGFTPLHFAAASTHGALCLELLVGNGADVNMKSKDGKTPLHMTALHGRFSRSQT
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>>KIAA1223  ( 1089 res)   pg00513                         (1089 aa)
 initn: 715 init1: 195 opt: 355  Z-score: 212.2  bits: 51.1 E(): 1.1e-06
Smith-Waterman score: 402;  24.034% identity (51.502% similar) in 699 aa overlap (35-675:427-1078)

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KIAA02 GREGVVSPAGLGGALPGDGKFGSPSRLGCSLGEGVQRVAALGMGKEQELLEAARTGHLPA
                                     : ::   :     . .  :: ::  ::  .
KIAA12 RGAEVDHCDKDGMTPLLVAAYEGHVDVVDLLLEGGADVDHTDNNGRTPLLAAASMGHASV
        400       410       420       430       440       450      

           70        80        90       100       110       120    
KIAA02 VEKLLSGKRLSSGFGGGGGGGSGGGGGGSGGGGGGLGSSSHPLSSLLSMWRGPNVNCVDS
       :. ::        : :..  .  . :    . ... :.  . . .::.  :: . :  :.
KIAA12 VNTLL--------FWGAAVDSIDSEGRTVLSIASAQGNV-EVVRTLLD--RGLDENHRDD
        460               470       480        490         500     

          130       140       150       160       170       180    
KIAA02 TGYTPLHHAALNGHKDVVEVLLRNDALTNVADSKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPS
       .:.:::: ::..::. . :.:... : ::  :. :  :. ::. .:  . :..:..   .
KIAA12 AGWTPLHMAAFEGHRLICEALIEQGARTNEIDNDGRIPFILASQEGHYDCVQILLE---N
         510       520       530       540       550       560     

          190       200       210       220                230     
KIAA02 HTRVNEQNNDNETALHCAAQYGHTEVVKVLLEELTD---------PTMRNNKFETPLDLA
       .. ..... :...::. ::  :: ..:..:. . .:         ::.    .:. : .:
KIAA12 KSNIDQRGYDGRNALRVAALEGHRDIVELLFSHGADVNCKDADGRPTLYILALENQLTMA
            570       580       590       600       610       620  

                                 240       250       260       270 
KIAA02 ALY------------------------GRLEVVKMLLNAHPNLLSCNTKKHTPLHLAARN
         .                        :..:.:..:.  : .. . ...:.. :. :: .
KIAA12 EYFLENGANVEASDAEGRTALHVSCWQGHMEMVQVLIAYHADVNAADNEKRSALQSAAWQ
            630       640       650       660       670       680  

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KIAA02 GHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMG-SALHEAALFGKTDVVQILLAAGTDVNIKDNHGLTAL
       ::  :::.:.. :   ..  ..: .::  ::  :. ::::.::  :.: :  :. : ::.
KIAA12 GHVKVVQLLIEHGAVVDHTCNQGATALCIAAQEGHIDVVQVLLEHGADPNHADQFGRTAM
            690       700       710       720       730       740  

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KIAA02 DTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKEVDKTP------PPQPPLISSMDSISQKSQ-
          :   ..  .::  :.: .  :  : .  . .:       :   : :...:.. ::. 
KIAA12 ---RVAAKNGHSQIIKLLEKY--GASSLNGCSPSPVHTMEQKPLQSLSSKVQSLTIKSNS
               750       760         770       780       790       

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KIAA02 ------GDVEKAVTELIID--FDANAEEEGPYEALYNAISCHSLDSMASGRSSDQDSTNK
             ::.. ..  :        ..  :.:  ..    :  : .:. :...:.  .:..
KIAA12 SGSTGGGDMQPSLRGLPNGPTHAFSSPSESPDSTVDRQKSSLSNNSLKSSKNSSLRTTSS
       800       810       820       830       840       850       

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KIAA02 EAEAAGVKPAGVRPRERPPPPAKPPPDEEEEDHIDKKYFPLTASEVLSMRPRIHGSAARE
        : :  :             :     .    ..:... .: . :.   . :    ..  .
KIAA12 TATAQTV-------------PIDSFHNLSFTEQIQQHSLPRSRSRQSIVSPSSTTQSLGQ
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KIAA02 EDEHPYELLLTAETKKVVLVDGKTKDHRRSSSSRSQDSAE-GQDGQVPEQFSGLLHGSSP
         . :   .  ...:  .      :. . :....:..::. :. :.  .: .    .:.:
KIAA12 SHNSPSSEFEWSQVKPSL------KSTKASKGGKSENSAKSGSAGKKAKQSN----SSQP
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KIAA02 -VCEVGQDPFQLLCTAGQSHPDGSPQQGACHKASMQLEETGVHAPGASQPSAL------D
        : :  .  :.     ..:   . :.:   ..    .  .. .  : :: . :      .
KIAA12 KVLEYEMTQFDRRGPIAKSGTAAPPKQMPAESQCKIMIPSAQQEIGRSQQQFLIHQQSGE
          960       970       980       990      1000      1010    

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KIAA02 QSKRVGYLTGLPTTNSRSHPETLTHTASPHPGGAEEGDRSGARS-RAPPTSKPKAELKLS
       :.:: : .:. :. . .:.   : ... :.       ::.  .  .. :.:. .  :: .
KIAA12 QKKRNGIMTN-PNYHLQSNQVFLGRVSVPRT----MQDRGHQEVLEGYPSSETELSLKQA
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KIAA02 RSLSKSDSDLLTCSPTEDATMGSRSESLSNCSIGKKRLEKSPSFASEWDEIEKIMSSIGE
        .:.   ::                                                   
KIAA12 LKLQIEGSDPSFNYKKETPL                                        
    1070      1080                                                 

>>KIAA0957  ( 693 res)   hj05670                          (693 aa)
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KIAA02 GSGGGGGGSGGGGGGLGSSSHPLSSLLSMWRGPNVNCVDSTGYTPLHHAALNGHKDVVEV
                                     .:  :  : . : :::: :: .::  ::..
KIAA09 SQQDAVAALSERLLVAAYKGQTENVVQLINKGARVA-VTKHGRTPLHLAANKGHLPVVQI
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KIAA02 LLRNDALTNVADSKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPSHTRVNEQNNDNETALHCAAQ
       ::.     .: :.     :: :.  :...:.  :::.: .  :   :..:..:::: :. 
KIAA09 LLKAGCDLDVQDDGDQTALHRATVVGNTEIIAALIHEGCALDR---QDKDGNTALHEASW
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KIAA02 YGHTEVVKVLLEELTDPTMRNNKFETPLDLAALYGRLEVVKMLLNAHPNLLSCNTKKHTP
       .: .. .:.:..  ..   .:.  .: : ::   .. . ...:: :       :.   : 
KIAA09 HGFSQSAKLLVKAGANVLAKNKAGNTALHLACQNSHSQSTRVLLLAGSRADLKNNAGDTC
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KIAA02 LHLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMG-SALHEAALFGKTDVVQILLAAGTDVNIKD
       ::.::: .: .....:: :  . . ... : .::: :: ...  :..::: ::.:..: .
KIAA09 LHVAARYNHLSIIRLLLTAFCSVHEKNQAGDTALHVAAALNHKKVAKILLEAGADTTIVN
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KIAA02 NHGLTALDTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKEVDKTPPPQPPLISSMDSISQKSQ
       : : : :.:.:    ... ..: :.     :. :. .   ::       :: .....:  
KIAA09 NAGQTPLETARY---HNNPEVALLLTKAPQGSVSAGD---TP-------SSEQAVARK--
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KIAA02 GDVEKAVTELIIDFDANAEEEGPYEALYNAISCHSLDSMASGRSSDQDSTNKEAEAAGVK
          :.:  :..        ..   .     .:  : :       .::.  ...   :  .
KIAA09 ---EEAREEFLSASPEPRAKDDRRRKSRPKVSAFS-DPTPP---ADQQPGHQKNLHAHNH
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KIAA02 PAGVRPRERPPPPAKPPPDEEEEDHIDKKYFPLTASEVLSMRPRIHGSAAREEDEHPYEL
       :   : :.:   :  ::: : .  ..   :    ...   :.  :.:    :   .  : 
KIAA09 PKK-RNRHRCSSP--PPPHEFRAYQLYTLY---RGKDGKVMQAPINGCRC-EPLINKLEN
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KIAA02 LLTAETKKVVLVDGKTKDHRRSSSSRSQDSAEGQDGQVPEQFSGLLHGSSPVCEVGQDPF
        : : ....    :...:.  .. .. ..... :   . . .   : .    :      .
KIAA09 QLEATVEEIKAELGSVQDKMNTKLGQMENKTQHQMRVLDKLMVERLSAERTEC------L
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KIAA02 QLLCTAGQSHPDGSPQQGACHKASMQLE-ETGVHAPGASQPSALDQSKRVGYLTGLPTT-
       . :    :.: :   ..:  .. :.  : .:       .  . :. ..:.    . :.: 
KIAA09 NRL----QQHSDTEKHEGEKRQISLVDELKTWCMLKIQNLEQKLSGDSRACRAKSTPSTC
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KIAA02 NSRSHPETLTHTASPHPGGAEEGDRSGARSRAPPTSKPK-------AELKLSRSLSKSDS
       .: .  . :. ::.:    :  .: :      ::. .::       :  .:.. ::.:: 
KIAA09 ESSTGVDQLVVTAGP----AAASDSS------PPVVRPKEKALNSTATQRLQQELSSSDC
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KIAA02 DLLTCSPTEDATMGSRSESLSNCSIGKKRLEKSPSFASEWDEIEKIMSSIGEGIDFSQER
                                                                   
KIAA09 TGSRLRNVKVQTALLPMNEAARSDQQAGPCVNRGTQTKKSGKSGPTRHRAQQPAASSTCG
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>>KIAA0697  ( 2486 res)   hk04486s1                       (2486 aa)
 initn: 789 init1: 220 opt: 352  Z-score: 206.4  bits: 51.3 E(): 2.2e-06
Smith-Waterman score: 383;  25.335% identity (51.118% similar) in 671 aa overlap (108-749:947-1587)

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KIAA02 FGGGGGGGSGGGGGGSGGGGGGLGSSSHPLSSLLSMWRGPNVNC-VDSTGYTPLHHAALN
                                     :..: .. . ...  ..:.  : :  :  .
KIAA06 ASAMSNTPTHSIAASISQPQTPTPSPIISPSAMLPIYPAIDIDAQTESNHDTALTLACAG
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KIAA02 GHKDVVEVLLRNDALTNVADSKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPSHTRVNEQNNDNE
       ::...:..::.  :  .  :.::  :: :::  : . .:..:. .: .    .:...:. 
KIAA06 GHEELVQTLLERGASIEHRDKKGFTPLILAATAGHVGVVEILLDNGADIEAQSERTKDTP
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KIAA02 TALHCAAQYGHTEVVKVLLEELTDPTMRNNKFETPLDLAALYGRLEVVKMLLNAHPNLLS
        .: :..  :. :::..:: . ..   :: .  :::.:::  : ....:.::::  .. :
KIAA06 LSLACSG--GRQEVVELLLARGANKEHRNVSDYTPLSLAASGGYVNIIKILLNAGAEINS
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KIAA02 CNTKKH--TPLHLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMG--SALHEAALFGKTDVVQIL
        . .:   .:: ::: ::: :.:..::: : : : : : .  .::  : . :.:.::..:
KIAA06 RTGSKLGISPLMLAAMNGHTAAVKLLLDMGSDINAQIETNRNTALTLACFQGRTEVVSLL
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KIAA02 LAAGTDVNIKDNHGLTALDTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKEVDKTPPPQPPLI
       :   ..:. . . ::: :    :  :    ... .. :        : .: . :: :   
KIAA06 LDRKANVEHRAKTGLTPL---MEAASGGYAEVGRVLLD--------KGADVNAPPVP---
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KIAA02 SSMDSISQKSQGDVEKAVTELIIDFDANAE--EEGPYEALYNAISCHSLDSMA----SGR
       :: :.    .    .    ::.:   :. .  ..     :. : .   :: .     .: 
KIAA06 SSRDTALTIAADKGHYKFCELLIGRGAHIDVRNKKGNTPLWLAANGGHLDVVQLLVQAGA
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

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KIAA02 SSDQ-DSTNKEAEAAGVKPAGVRP-RERPPPPAKPPPDEEEEDHI----DKKYFP---LT
       . :  :. .     :. . . :.  :       . : : :   .:    ::...    : 
KIAA06 DVDAADNRKITPLMAAFRKGHVKVVRYLVKEVNQFPSDSECMRYIATITDKEMLKKCHLC
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

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KIAA02 ASEVLSMRPRIHGSAAREEDEHPYEL---LLTAETKKVVLVDG--KTKDHRRSSSSRSQD
          ... . :  . : .. .    ::    :  :.....:.    : :..::... ... 
KIAA06 MESIVQAKDRQAAEANKNASILLEELDLEKLREESRRLALAAKREKRKEKRRKKKEEQRR
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KIAA02 SAEGQDGQVPEQFSGLLHGSSPVCEVGQDPFQLLC--TAGQSHPDGSPQQGACHKASMQL
       . :  ...  :.:       .   .: ..:  :    .:  .   :     .   .:   
KIAA06 KLEEIEAKNKENFELQAAQEKEKLKVEDEPEVLTEPPSATTTTTIGISATWTTLAGSHGK
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KIAA02 EETGVHAPGASQPSALDQ--SKRVGYLTGLPTTNSRSHPETLTHTASPHPGGAEEGDRSG
       ... . . .... .  ..   . :  .   :   : :.:: . .  :   . .: :: ..
KIAA06 RNNTITTTSSKRKNRKNKITPENVQIIFDDPLPISYSQPEKV-NGESKSSSTSESGDSDN
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KIAA02 ARSRAPPTSKPKAELKLSRSLSKSDSDLLTCSPTEDATMGSRSESLSNCSIGKKRLEKSP
        :      :. . : . : :  :::.     ::.  .:  : ... :      :. .:: 
KIAA06 MR-----ISSCSDESSNSNSSRKSDNH----SPAVVTTTVSSKKQPSVLVTFPKEERKSV
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KIAA02 SFASEWDEIEKIMSSIGEGIDFSQERQKISGSRTLEQSVGEWLESIGLQQYESKLLLNGF
       :  .      :.  .:.:: . :      ::   : .  :.                   
KIAA06 SGKASI----KLSETISEGTSNSLSTCTKSGPSPLSSPNGKLTVASPKRGQKREEGWKEV
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KIAA02 DDVHFLGSNVMEEQDLRDIGISDPQHRRKLLQAARSLPKVKALGYDGNSPPSVPSWLDSL
                                                                   
KIAA06 VRRSKKVSVPSTVISRVIGRGGCNINAIREFTGAHIDIDKQKDKTGDRIITIRGGTESTR
       1610      1620      1630      1640      1650      1660      

>>KIAA1334  ( 989 res)   fh15842                          (989 aa)
 initn: 589 init1: 158 opt: 333  Z-score: 200.4  bits: 48.8 E(): 4.8e-06
Smith-Waterman score: 333;  29.225% identity (60.915% similar) in 284 aa overlap (107-388:10-281)

         80        90       100       110       120       130      
KIAA02 GFGGGGGGGSGGGGGGSGGGGGGLGSSSHPLSSLLSMWRGPNVNCVDSTGYTPLHHAALN
                                     ..:: . .:  ..:  ...    : .:. :
KIAA13                      SFGRLNALNMKSLKAKFRKSDTNEWNKND-DRLLQAVEN
                                    10        20         30        

        140        150       160       170       180       190     
KIAA02 GHKDVVEVLL-RNDALTNVADSKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPSHTRVNEQNNDN
       :  . :  :: .. : ..  ::.:   .:::: :: .. .:..: .:   . :. :.. .
KIAA13 GDAEKVASLLGKKGASATKHDSEGKTAFHLAAAKGHVECLRVMITHG---VDVTAQDTTG
       40        50        60        70        80           90     

         200       210       220       230       240       250     
KIAA02 ETALHCAAQYGHTEVVKVLLEELTDPTMRNNKFETPLDLAALYGRLEVVKMLLNAHPNLL
       ..::: ::. .: : .. ::.        ... .: :  ::  : :..:..: . .  . 
KIAA13 HSALHLAAKNSHHECIRKLLQSKCPAESVDSSGKTALHYAAAQGCLQAVQILCEHKSPIN
         100       110       120       130       140       150     

         260       270       280       290        300       310    
KIAA02 SCNTKKHTPLHLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMG-SALHEAALFGKTDVVQILLA
         .   . :: ::..:::. . . ::: : : : ... : .::  :  .:....:. :. 
KIAA13 LKDLDGNIPLLLAVQNGHSEICHFLLDHGADVNSRNKSGRTALMLACEIGSSNAVEALIK
         160       170       180       190       200       210     

          320       330       340       350       360       370    
KIAA02 AGTDVNIKDNHGLTALDTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKEVDKTPPPQPPLISS
        :.:.:. :. : .::       :. :..  : :.. . .: : ...:   : .:   ..
KIAA13 KGADLNLVDSLGYNALHY-----SKLSEN--AGIQSLLLSKIS-QDADLKTPTKPKQHDQ
         220       230              240       250        260       

          380       390       400       410       420       430    
KIAA02 MDSISQKSQGDVEKAVTELIIDFDANAEEEGPYEALYNAISCHSLDSMASGRSSDQDSTN
       ...::.. .:  .:                                              
KIAA13 VSKISSERSGTPKKRKAPPPPISPTQLSDVSSPRSITSTPLSGKESVFFAEPPFKAEISS
       270       280       290       300       310       320       

>>KIAA1250  ( 1777 res)   pf01137                         (1777 aa)
 initn: 390 init1: 162 opt: 328  Z-score: 194.8  bits: 48.6 E(): 9.9e-06
Smith-Waterman score: 328;  34.722% identity (61.574% similar) in 216 aa overlap (116-330:100-312)

          90       100       110       120       130       140     
KIAA02 SGGGGGGSGGGGGGLGSSSHPLSSLLSMWRGPNVNCVDSTGYTPLHHAALNGHKDVVEVL
                                     : :..  :  :.: :  :  .:. ::::.:
KIAA12 CNLEDLDNWTALISASKEGHVHIVEELLKCGVNLEHRDMGGWTALMWACYKGRTDVVELL
      70        80        90       100       110       120         

         150       160       170       180       190       200     
KIAA02 LRNDALTNVADSKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPSHTRVNEQNNDNETALHCAAQY
       : . :  .:.   . ::.  :: .: :.::.::...:   ..:: ... . : :  ::. 
KIAA12 LSHGANPSVTGLYSVYPIIWAAGRGHADIVHLLLQNG---AKVNCSDKYGTTPLVWAARK
     130       140       150       160          170       180      

         210       220       230       240       250       260     
KIAA02 GHTEVVKVLLEELTDPTMRNNKFETPLDLAALYGRLEVVKMLLNAHPNLLSCNTKKHTPL
       :: : :: ::   .:  ... .  : : .:.  :  . :: .:. .::.   .   .: :
KIAA12 GHLECVKHLLAMGADVDQEGANSMTALIVAVKGGYTQSVKEILKRNPNVNLTDKDGNTAL
        190       200       210       220       230       240      

         270       280       290        300       310       320    
KIAA02 HLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMG-SALHEAALFGKTDVVQILLAAGTDVNIKDN
        .:...::  .:: :::::   :   . : ..:  :.  :....:. ::   .:..:. .
KIAA12 MIASKEGHTEIVQDLLDAGTYVNIPDRSGDTVLIGAVRGGHVEIVRALLQKYADIDIRGQ
        250       260       270       280       290       300      

          330       340       350       360       370       380    
KIAA02 HGLTALDTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKEVDKTPPPQPPLISSMDSISQKSQG
        . :::                                                      
KIAA12 DNKTALYWAVEKGNATMVRDILQCNPDTEICTKDGETPLIKATKMRNIEVVELLLDKGAK
        310       320       330       340       350       360      

>>KIAA0396  ( 627 res)   hg00180s1                        (627 aa)
 initn: 376 init1: 201 opt: 318  Z-score: 194.4  bits: 47.0 E(): 1e-05
Smith-Waterman score: 318;  31.488% identity (55.363% similar) in 289 aa overlap (162-436:49-327)

             140       150       160       170       180       190 
KIAA02 HAALNGHKDVVEVLLRNDALTNVADSKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPSHTRVNEQ
                                     :: .:: .: :..::::..    : ::. :
KIAA03 TLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLE----HYRVQTQ
       20        30        40        50        60            70    

                       200       210       220       230       240 
KIAA02 NN----------DNETALHCAAQYGHTEVVKVLLEELTDPTMRNNKFETPLDLAALYGRL
       ..          :. ::: :::  :: ::::.:. . .. .  .    :::  : . :::
KIAA03 QTGTVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVTNSTPLRAACFDGRL
           80        90       100       110       120       130    

             250       260       270       280       290        300
KIAA02 EVVKMLLNAHPNLLSCNTKKHTPLHLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMG-SALHEA
       ..::.:.. . :.   :   .: : .:: .::  ::. ::.   : : ... : .::: :
KIAA03 DIVKYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRADPNAKAHCGATALHFA
          140       150       160       170       180       190    

              310       320       330       340       350       360
KIAA02 ALFGKTDVVQILLAAGTDVNIKDNHGLTALDTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKE
       :  :. :.:. :.   . . . ..::.: : .. :  : :.. .  :.      .::  :
KIAA03 AEAGHIDIVKELIKWRAAIVV-NGHGMTPLKVAAE--SCKADVVELLLSHADCDRRSRIE
          200       210        220         230       240       250 

               370       380       390       400         410       
KIAA02 -VDKTPPPQPPLISSMDSISQKSQGDVEKAVTELIIDFDANAEEE--GPYEALYNAISCH
        ..           ..: :  :.   .  :. : . : :   :.:   : .:  :   :.
KIAA03 ALELLGASFANDRENYDII--KTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPPIHAYGNRTECR
             260       270         280       290       300         

       420       430       440       450       460       470       
KIAA02 SLDSMASGRSSDQDSTNKEAEAAGVKPAGVRPRERPPPPAKPPPDEEEEDHIDKKYFPLT
       . . . : :. :.:. . :                                         
KIAA03 NPQELESIRQ-DRDALHMEGLIVRERILGADNIDVSHPIIYRGAVYADNMEFEQCIKLWL
     310        320       330       340       350       360        

>>KIAA1728  ( 1644 res)   pg00239                         (1644 aa)
 initn: 637 init1: 181 opt: 302  Z-score: 180.7  bits: 45.9 E(): 6e-05
Smith-Waterman score: 305;  32.589% identity (59.821% similar) in 224 aa overlap (121-330:743-965)

              100       110       120          130       140       
KIAA02 GGSGGGGGGLGSSSHPLSSLLSMWRGPNVNCVDST---GYTPLHHAALNGHKDVVEVLLR
                                     :.:.:   :.: : .::  ::  .: .: .
KIAA17 TEVLNNAPILCVQSHLGHEEVVTLLLEFGACLDGTSENGMTALCYAAAAGHMKLVCLLTK
            720       730       740       750       760       770  

       150        160       170           180       190       200  
KIAA02 NDALTNVADSKG-CYPLHLAAWKGDAQIVRLLI----HQGPSHTRVNEQNNDNETALHCA
       . . ..  :.:: :  .: .: .: ..:.. :.      :: .  . ....  . ::  :
KIAA17 KGVRVDHLDKKGQCALVH-SALRGHGDILQYLLTCEWSPGPPQPGTLRKSHALQQALTAA
            780       790        800       810       820       830 

            210       220            230       240       250       
KIAA02 AQYGHTEVVKVLLEELTDPTMRNNKF-----ETPLDLAALYGRLEVVKMLLNAHPNLLSC
       :..::. ::. ::    .  .. :       :: :  ::  :.::: ..::.    .   
KIAA17 ASMGHSSVVQCLLGMEKEHEVEVNGTDTLWGETALTAAAGRGKLEVCELLLGHGAAVSRT
             840       850       860       870       880       890 

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KIAA02 NTKKHTPLHLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMG-SALHEAALFGKTDVVQILLAAG
       : .   ::  :::.::  .:..::. : : : . ..: . :  ::  :. ..:..::. :
KIAA17 NRRGVPPLFCAARQGHWQIVRLLLERGCDVNLSDKQGRTPLMVAACEGHLSTVEFLLSKG
             900       910       920       930       940       950 

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KIAA02 TDVNIKDNHGLTALDTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKEVDKTPPPQPPLISSMD
       . ..  :..::.::                                              
KIAA17 AALSSLDKEGLSALSWACLKGHRAVVQYLVEEGAAIDQTDKNGRTPLDLAAFYGDAETVL
             960       970       980       990      1000      1010 

>>KIAA1785  ( 617 res)   fh12727                          (617 aa)
 initn: 228 init1: 169 opt: 276  Z-score: 171.2  bits: 42.7 E(): 0.0002
Smith-Waterman score: 282;  31.651% identity (61.468% similar) in 218 aa overlap (128-330:5-218)

       100       110       120       130       140       150       
KIAA02 GGLGSSSHPLSSLLSMWRGPNVNCVDSTGYTPLHHAALNGHKDVVEVLLRNDALTNVAD-
                                     : . .:: .:.  ..  :: . .  .:.. 
KIAA17                           MDLKTAVFNAARDGKLRLLTKLLASKSKEEVSSL
                                         10        20        30    

            160       170       180       190             200      
KIAA02 ----SKGCYPLHLAAWKGDAQIVRLLIHQGPSHTRVNEQNN-DNETA-----LHCAAQYG
           ..:  :: .::  :  ..:..:..:  .  .:. . : :.::      :  :.  :
KIAA17 ISEKTNGATPLLMAARYGHLDMVEFLLEQCSASIEVGGSVNFDGETIEGAPPLWAASAAG
           40        50        60        70        80        90    

        210          220       230       240       250       260   
KIAA02 HTEVVKVLLEE---LTDPTMRNNKFETPLDLAALYGRLEVVKMLLNAHPNLLSCNTKKHT
       : .::. ::..   ... :. :.   :::  : . :.::.::.:.. . .:   : . ::
KIAA17 HLKVVQSLLNHGASVNNTTLTNS---TPLRAACFDGHLEIVKYLVEHKADLEVSNRHGHT
          100       110          120       130       140       150 

           270       280       290        300       310       320  
KIAA02 PLHLAARNGHKAVVQVLLDAGMDSNYQTEMG-SALHEAALFGKTDVVQILLAAGTDVNIK
        : ..  .::: ..: ::. : : : ..  : .:::. :  :. :....::   . .. :
KIAA17 CLMISCYKGHKEIAQYLLEKGADVNRKSVKGNTALHDCAESGSLDIMKMLLMYCAKME-K
             160       170       180       190       200        210

            330       340       350       360       370       380  
KIAA02 DNHGLTALDTVRELPSQKSQQIAALIEDHMTGKRSTKEVDKTPPPQPPLISSMDSISQKS
       :..:.: :                                                    
KIAA17 DGYGMTPLLSASVTGHTNIVDFLTHHAQTSKTERINALELLGATFVDKKRDLLGALKYWK
              220       230       240       250       260       270




1180 residues in 1 query   sequences
1986325 residues in 2037 library sequences
 Scomplib [34.26]
 start: Thu Dec 18 15:12:31 2008 done: Thu Dec 18 15:12:32 2008
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]