# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02995.fasta.huge -Q ../query/KIAA0223.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0223, 1165 aa vs ./tmplib.23147 library 1986340 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6454+/-0.00805; mu= -6.1624+/- 0.543 mean_var=263.2116+/-63.487, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.079054 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1478 ( 570 res) fj05212 ( 570) 244 41.7 0.00037 KIAA1424 ( 1944 res) ha06448 (1944) 240 41.7 0.0013 KIAA0131 ( 942 res) ha01235 ( 942) 228 40.1 0.0019 KIAA1501 ( 735 res) hh12863 ( 735) 225 39.6 0.002 >>KIAA1478 ( 570 res) fj05212 (570 aa) initn: 275 init1: 106 opt: 244 Z-score: 166.5 bits: 41.7 E(): 0.00037 Smith-Waterman score: 336; 29.434% identity (56.981% similar) in 265 aa overlap (740-996:235-470) 710 720 730 740 750 760 KIAA02 ELPVAVPSGPFRHEGLSKAARTHRLRKLRTPAKCRECNSYVYFQ--GAECEECCLACHKK : .: :.. . : . .:..: .. : . 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KIAA15 ---EANRIEDARERMR-------------TLRKLIRDLPGHYYETLKFLVGHLKTIADHS 600 610 620 630 950 960 970 980 990 1000 KIAA02 QDNKMTPGNLGIVFGPTLLRPRPTEATVSLSSLVDYPHQARVIETLIVHYGLVFEEEPEE . ::: : ::..::::::.: . : .. . : . ...:::: : : .: : KIAA15 EKNKMEPRNLALVFGPTLVRTSEDNMTDMVTHM---PDRYKIVETLIQHSDWFFSDE--E 640 650 660 670 680 690 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA02 TPGGQDESSNQRAEVVVQVPYL--EAGEAVVYPLQEAAADGCRESRVVSNDSDSDLEEAS : . .... ..: .. :: . :..: : . ..:: KIAA15 DKGERTPVGDKEPQAVPNIEYLLPNIGRTVP-PGDPGSADLLEI 700 710 720 730 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA02 ELLSSSEASALGHLSFLEQQQSEASLEVASGSHSGSEEQLEATAREDGDGDEDGPAQQLS 1165 residues in 1 query sequences 1986340 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:17 2008 done: Thu Dec 18 15:12:18 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]