# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02799.fasta.huge -Q ../query/KIAA0221.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0221, 1151 aa vs ./tmplib.23147 library 1986354 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6009+/-0.00795; mu= 12.5566+/- 0.540 mean_var=224.0478+/-52.820, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.085685 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0625 ( 2663 res) hg04796s1 (2663) 450 70.0 5.2e-12 KIAA0560 ( 1521 res) hj07625 (1521) 324 54.1 1.9e-07 KIAA0083 ( 1077 res) ha03631 (1077) 299 50.8 1.3e-06 KIAA1404 ( 1925 res) eg01672 (1925) 287 49.7 5e-06 KIAA1631 ( 1032 res) fh15959s1 (1032) 209 39.6 0.0028 >>KIAA0625 ( 2663 res) hg04796s1 (2663 aa) initn: 610 init1: 135 opt: 450 Z-score: 307.5 bits: 70.0 E(): 5.2e-12 Smith-Waterman score: 626; 29.474% identity (55.188% similar) in 665 aa overlap (501-1044:1917-2564) 480 490 500 510 520 KIAA02 SGYIYHKLLGHEVEDVIIKCQLPKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKT----VLQRP----LSL : :.:..: :..: : . : . : KIAA06 QLARAVLNPNPMDFCTKDLLTTTSERIIAYLRDFNEDQKKAIETAYAMVKHSPSVAKICL 1890 1900 1910 1920 1930 1940 530 540 550 560 KIAA02 IQGPPGTGKTVTSATIVYHL----ARQGNGP-----------VLVCAPSNIAVDQLTEKI :.:::::::. : . ..:.: :.:.. :::::::: :::.: .:: KIAA06 IHGPPGTGKSKTIVGLLYRLLTENQRKGHSDENSNAKIKQNRVLVCAPSNAAVDELMKKI 1950 1960 1970 1980 1990 2000 570 580 590 KIAA02 ------------HQTG----LKVVRLCAKS-------REAIDS----------PVSFLAL . : ...::: .. . ..:: : :. KIAA06 ILEFKEKCKDKKNPLGNCGDINLVRLGPEKSINSEVLKFSLDSQVNHRMKKELPSHVQAM 2010 2020 2030 2040 2050 2060 600 610 620 630 KIAA02 HNQIRNMD-SMPELQKLQQL--------KDETGE-LSSADEKRYRALKRTAERE------ :.. . .: .. ::.. . : ..: : .:.....: . .. : . KIAA06 HKRKEFLDYQLDELSRQRALCRGGREIQRQELDENISKVSKERQELASKIKEVQGRPQKT 2070 2080 2090 2100 2110 2120 640 650 660 670 680 KIAA02 ---LLMNADVICCTCVGAGDPRLAK-------MQFRSILIDESTQATEPECMVPVVLGAK ..... .:::: .: : . . : ...::. :. : : ..:.. . KIAA06 QSIIILESHIICCTLSTSGGLLLESAFRGQGGVPFSCVIVDEAGQSCEIETLTPLIHRCN 2130 2140 2150 2160 2170 2180 690 700 710 720 730 KIAA02 QLILVGDHCQLGPVVMCKKAAKAGLSQSL---FERLVVLGIR-------PI-RLQVQYRM .:::::: :: :.:. :: . : .::. : ::. ... :: .: ::::: KIAA06 KLILVGDPKQLPPTVISMKAQEYGYDQSMMARFCRLLEENVEHNMISRLPILQLTVQYRM 2190 2200 2210 2220 2230 2240 740 750 760 770 780 790 KIAA02 HPALSAFPSNIFYEGSLQ-NGVTAADRVKKGFDFQWP-QPDKPMFFYVTQGQEEIASSGT :: . :::: :. .:. : : : : .. .:: :: . : : .:.:. .. 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KIAA05 QLLPEFSTANAGLLYDFQLINVED--F----QGVGESEPNPYFYQNLGEAEYVVALFMYM 1200 1210 1220 1230 1240 1250 820 830 840 850 860 870 KIAA02 LKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEIASVDAFQGREKDFIILS : :.:.:.: :.::. . . .. . . . . ....:: :::...:.:.:: KIAA05 CLLGYPADKISILTTYNGQKHLIRDIINRRCGNNPLIGRPNKVTTVDRFQGQQNDYILLS 1260 1270 1280 1290 1300 1310 880 890 900 910 920 KIAA02 CVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSK----QPLWNHLLNYYKEQK ::. ...: : : ::: ::..::: :. : . . ... : ...: . . KIAA05 LVRT---RAVGHLRDVRRLVVAMSRARLGLYIFARVSLFQNCFELTPAFSQLTARPLHLH 1320 1330 1340 1350 1360 930 940 950 960 970 980 KIAA02 VLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFM---------TTAMYDAREAIIPGSVY .. :. . :.. . :. ...... : :. :: : .: .. KIAA05 IIPTEPFPTTRKNGERPSHEVQIIKNMPQMANFVYNMYMHLIQTTHHYHQTLLQLPPAMV 1370 1380 1390 1400 1410 1420 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA02 DRSSQGRPSSMYFQTHDQIGMISAGPSHVAAMNIPIPFNLVMPPMPPPGYFGQANGPAAG ... . . . ..:... ..: :: : . : . . ... KIAA05 EEGEEVQNQETELETEEEAMTVQADI-------IPSPTDTSCRQETPAFQTDTTPSETGA 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA02 RGTPKGKTGRGGRQKNRFG-LPGPSQTNLPNSQASQDVASQPFSQGALTQGYISMSQPSQ .::.. . . . : . .:...: : ::..: : KIAA05 TSTPEAIPALSETTPTVVGAVSAPAEANTP-----QDATSAPEETK 1490 1500 1510 1520 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA02 MSQPGLSQPELSQDSYLGDEFKSQIDVALSQDSTYQGERAYQHGGVTGLSQY >>KIAA0083 ( 1077 res) ha03631 (1077 aa) initn: 496 init1: 182 opt: 299 Z-score: 210.6 bits: 50.8 E(): 1.3e-06 Smith-Waterman score: 616; 29.926% identity (59.480% similar) in 538 aa overlap (449-943:573-1067) 420 430 440 450 460 470 KIAA02 NYGDEIAIELRSSVGAPVEVTHNFQVDFVWKSTSFDRMQSALKTFAVDET--SVSGYIYH .:: : :... :. .: ..: . . KIAA00 SLFALSRGYVKEINMTTVTCLLDRNLSVLPESTLF-RLDQEEKNCDIDTPLGNLSKLMEN 550 560 570 580 590 600 480 490 500 510 520 KIAA02 KLLGHEVEDVIIKCQLPK--RFTAQGLPD------------LNHSQVYAVKTVL-QRPLS .......:.:: . :. . .. :: ::. : :.: :: .. . KIAA00 TFVSKKLRDLIIDFREPQFISYLSSVLPHDAKDTVACILKGLNKPQRQAMKKVLLSKDYT 610 620 630 640 650 660 530 540 550 560 570 580 KIAA02 LIQGPPGTGKTVTSATIVYHLARQGNGPVLVCAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKS :: : ::::::.: :.: : : . ::. . .. :::.. :. :: KIAA00 LIVGMPGTGKTTTICTLVRILYACGFS-VLLTSYTHSAVDNILLKL-----------AKF 670 680 690 700 590 600 610 620 630 640 KIAA02 REAIDSPVSFLALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLM . ..:: : .::... : .:.. . :. : ...: : : :. KIAA00 K------IGFLRL-GQIQKVH--PAIQQFTE-----QEIC-----RSKSIKSLALLEELY 710 720 730 740 750 650 660 670 680 690 700 KIAA02 NAD-VICCTCVGAGDPRLAKMQFRSILIDESTQATEPECMVPVVLGAKQLILVGDHCQLG :.. .. ::.: . : ... : ..::..: ..: :. :. . .....::::: :: KIAA00 NSQLIVATTCMGINHPIFSRKIFDFCIVDEASQISQPICLGPLFF-SRRFVLVGDHQQLP 760 770 780 790 800 710 720 730 740 750 KIAA02 PVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVLGIRPIRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYEGSLQNG--- :.:. ..: :.:.:::.:: ..: :::::. . .. ... :::.:. : KIAA00 PLVLNREARALGMSESLFKRLEQNKSAVVQLTVQYRMNSKIMSLSNKLTYEGKLECGSDK 810 820 830 840 850 860 760 770 780 790 KIAA02 VTAA-------DRVKKGFDFQ-------WP----QPDKPMFFYVTQ---GQEEIASSGTS :. : :: ..: : .:..:. : :. . :.. ..:.: KIAA00 VANAVINLRHFKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKVPAPEQVEKGGVS 870 880 890 900 910 920 800 810 820 830 840 850 KIAA02 YLNRTEAANVEKITTKLLKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEI : ::: . .:. ..::: .:..::::.::. : ... ..: .. ::. KIAA00 --NVTEAKLIVFLTSIFVKAGCSPSDIGIIAPYR-------QQLKIINDLLARSIGMVEV 930 940 950 960 970 980 860 870 880 890 900 910 KIAA02 ASVDAFQGREKDFIILSCVRANEHQGIG-FLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSKQ .:: .:::.:.....: ::.:. .: .:.: ::::::.:::.. .:..: .:. KIAA00 NTVDKYQGRDKSIVLVSFVRSNKDGTVGELLKDWRRLNVAITRAKHKLILLGCVPSLNCY 990 1000 1010 1020 1030 1040 920 930 940 950 960 970 KIAA02 PLWNHLLNYYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFMTTAMYDAREAII : ..:::. . .:.... : . .::: KIAA00 PPLEKLLNHLNSEKLIIDLP-SREHESLCHILGDFQRE 1050 1060 1070 >>KIAA1404 ( 1925 res) eg01672 (1925 aa) initn: 382 init1: 208 opt: 287 Z-score: 200.0 bits: 49.7 E(): 5e-06 Smith-Waterman score: 459; 31.953% identity (59.763% similar) in 338 aa overlap (610-936:945-1266) 580 590 600 610 620 630 KIAA02 KSREAIDSPVSFLALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYR-ALKRTAERE :: . .: . . :..:: . .: :: . 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KIAA14 YQ-DLENHPSVLKYEKIKGVS-------SNLFFVEHNFPEQEIQEGKSHQNQHEAHFVVE 1100 1110 1120 1130 1140 810 820 830 840 850 860 KIAA02 ITTKLLKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEIASVDAFQGREKD . .: :.:: :.: : :: : . : .: . :.. :: .::.:.: KIAA14 LCKYFLCQEYLPSQITILTTYTGQLFCLRKLMP------AKTFAGVRVHVVDKYQGEEND 1150 1160 1170 1180 1190 1200 870 880 890 900 910 920 KIAA02 FIILSCVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSKQPLWNHLLNYYKEQ .:.:: ::.:.. .:::. :. :::.::. :. .:: . :.: :::..... .:. KIAA14 IILLSLVRSNQEGKVGFLQISNRICVALSRAKKGMYCIGNMQMLAKVPLWSKIIHTLREN 1210 1220 1230 1240 1250 1260 930 940 950 960 970 980 KIAA02 KVLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFMTTAMYDAREAIIPGSVYDRSSQGRP . . ::. KIAA14 NQI--GPMLRLCCQNHPETHTLVSKASDFQKVPEGGCSLPCEFRLGCGHVCTRACHPYDS 1270 1280 1290 1300 1310 >>KIAA1631 ( 1032 res) fh15959s1 (1032 aa) initn: 546 init1: 155 opt: 209 Z-score: 150.6 bits: 39.6 E(): 0.0028 Smith-Waterman score: 567; 30.508% identity (57.627% similar) in 472 aa overlap (505-927:529-969) 480 490 500 510 520 530 KIAA02 YHKLLGHEVEDVIIKCQLPKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKTVLQ---RPLS-LIQGPPGTG : :. :.. .. :: .: :::::: KIAA16 WPMLFPVAPRDVPLLPSDVKLKLYDRSLESNPEQLQAMRHIVTGTTRPAPYIIFGPPGTG 500 510 520 530 540 550 540 550 560 570 580 KIAA02 KTVTSATIVYHLARQ-GNGPVLVCAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKSREAIDSPV :::: . . ..... .. .:.::::: ..: : : . : . : KIAA16 KTVTLVEAIKQVVKHLPKAHILACAPSNSGADLL--------------CQRLR--VHLPS 560 570 580 590 600 590 600 610 620 630 640 KIAA02 SFLALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCT :. : :.. .:: ..: . .. : . : :. : ..:... . KIAA16 SIYRLLAPSRDIRMVPE-----DIKPCCNWDAKKGEYVFPAKKKLQEYRVLITTLITAGR 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 KIAA02 CVGAGDPRLAKMQFRSILIDESTQATEPECMVPV--VLGAK-------QLILVGDHCQLG :.: : .: :.:::. . ::: .: . .. .: ::.:.:: ::: KIAA16 LVSAQFP---IDHFTHIFIDEAGHCMEPESLVAIAGLMEVKETGDPGGQLVLAGDPRQLG 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 KIAA02 PVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVL---------GIRP---IRLQVQYRMHPALSAFPSNI ::. . : ::. ::.:::.. : : .: .:: ::.. .:... KIAA16 PVLRSPLTQKHGLGYSLLERLLTYNSLYKKGPDGYDPQFITKLLRNYRSHPTILDIPNQL 720 730 740 750 760 770 750 760 770 780 790 800 KIAA02 FYEGSLQNGVTAADRVKKGFDFQW---PQPDKPMFFYVTQGQEEIASSGTSYLNRTEAAN .::: :: . ..:: . : .: :. :..:. ..:..: ... :..: :::. KIAA16 YYEGELQACADVVDRER--F-CRWAGLPRQGFPIIFHGVMGKDEREGNSPSFFNPEEAAT 780 790 800 810 820 830 810 820 830 840 850 KIAA02 VEKITTKLL-------KAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGS-LHTKLY-----Q : . :: :: .: ..:.:.::. : :. ... . : .: . KIAA16 VTSYLKLLLAPSSKKGKARLSPRSVGVISPYRKQ----VEKIRYCITKLDRELRGLDDIK 840 850 860 870 880 860 870 880 890 900 KIAA02 EVEIASVDAFQGREKDFIILSCVRANEH--Q-----GIGFLNDPRRLNVALTRARYGVII .....::. :::.:.. :..: ::... : ..:::..:.:.:::.:::. .:: KIAA16 DLKVGSVEEFQGQERSVILISTVRSSQSFVQLDLDFNLGFLKNPKRFNVAVTRAKALLII 890 900 910 920 930 940 910 920 930 940 950 960 KIAA02 VGNPKALSKQPLWNHLLNYYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFMTT :::: :...: :. .:.. :: KIAA16 VGNPLLLGHDPDWKVFLEFCKENGGYTGCPFPAKLDLQQGQNLLQGLSKLSPSTSGPHSH 950 960 970 980 990 1000 1151 residues in 1 query sequences 1986354 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:12 2008 done: Thu Dec 18 15:12:13 2008 Total Scan time: 0.700 Total Display time: 0.240 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]