# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02508.fasta.huge -Q ../query/KIAA0200.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0200, 1042 aa vs ./tmplib.23147 library 1986463 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.2115+/-0.00867; mu= -22.9226+/- 0.582 mean_var=499.6510+/-119.222, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.057377 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1816 ( 1162 res) fh16716 (1162) 977 96.1 2.9e-20 KIAA1819 ( 1173 res) hh00456 (1173) 523 58.5 6e-09 >>KIAA1816 ( 1162 res) fh16716 (1162 aa) initn: 1055 init1: 366 opt: 977 Z-score: 455.6 bits: 96.1 E(): 2.9e-20 Smith-Waterman score: 1913; 35.450% identity (63.933% similar) in 1134 aa overlap (7-1041:68-1161) 10 20 30 KIAA02 PRGAKPAVPAGPERPGPGPGPCSPRPMVLPTCPMAE ..::.: :. : :. : : KIAA18 AAANGSSICINSSLNSSLGGAGIGVNNTPNSTPAAPSSNHPAAGGCGGSGG--PGGGSA- 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 KIAA02 FALPRHSAVMERLRRRIELCRRHHSTCEARYEAVSPERLELERQHTFALHQRCIQAKAKR :.:.::.:.::::.::: ::::: .:: ::. .. :.:::::. : .:.:: .. .::. 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