# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02719.fasta.huge -Q ../query/KIAA0191.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0191, 1516 aa vs ./tmplib.23147 library 1985989 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4582+/-0.00847; mu= -9.0145+/- 0.568 mean_var=387.3094+/-95.990, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.065170 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1711 ( 1090 res) fj18750 (1090) 2037 207.0 1.7e-53 >>KIAA1711 ( 1090 res) fj18750 (1090 aa) initn: 2938 init1: 1400 opt: 2037 Z-score: 1052.5 bits: 207.0 E(): 1.7e-53 Smith-Waterman score: 2732; 45.253% identity (65.530% similar) in 1085 aa overlap (338-1248:1-1065) 310 320 330 340 350 360 KIAA01 LKKNVLYVDVESDFHAKVPVVVCRDRKSGLLCRVSAGNDMACLTTDLLTALGKIEPVFIP ::.:::::. ::::: ::::::.:: ..: KIAA17 LCKVSAGNENACLTTKHLTALGKLEPKLVP 10 20 30 370 380 390 400 410 420 KIAA01 LVLAFRYWAKLCYIDSQTDGGIPSYCFALMVMFFLQQRKPPLLPCLLGSWIEGFDPKRMD ::.::::::::: :: .::.: : ::::..::::::: :::: ::::::::. ... KIAA17 LVIAFRYWAKLCSIDRPEEGGLPPYVFALMAIFFLQQRKEPLLPVYLGSWIEGFSLSKLG 40 50 60 70 80 90 430 440 450 460 470 480 KIAA01 DFQLKGIVEEKFVKWECNSSSATEKNSIAEENKAKADQPKDDTKKTETDNQSNAMKEKHG .:.:. : :. : :: ..:.: . . :: : . : :. .. : . :: KIAA17 NFNLQDI-EKDVVIWEHTDSAAGDTGITKEE--APRETP---IKRGQV---SLILDVKHQ 100 110 120 130 140 490 500 510 520 530 540 KIAA01 KSPLALETPNRVSLGQLWLELLKFYTLDFALEEYVICVRIQDILTRENKNWPKRRIAIED : : .::::.:::.::.:.: : . :: .:......:: :.:::.:::::: KIAA17 PS---------VPVGQLWVELLRFYALEFNLADLVISIRVKELVSRELKDWPKKRIAIED 150 160 170 180 190 550 560 570 580 590 KIAA01 PFSVKRNVARSLNSQLVYEYVVERFRAAYRYFACPQ--TKGG--------------NKST :.::::::::.:::: :.::... .:..:.::: :. ::.. .: . KIAA17 PYSVKRNVARTLNSQPVFEYILHCLRTTYKYFALPHKITKSSLLKPLNAITCISEHSKEV 200 210 220 230 240 250 600 610 620 630 KIAA01 V----DFKKRE---KGKISNKKPVKSNNMATNGC----ILLGETTEKINAE-REQ----- . : . .. :... . : ... :.: : . : ::.:.... .:. 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