# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02918.fasta.huge -Q ../query/KIAA0184.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0184, 863 aa vs ./tmplib.23147 library 1986642 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.1628+/-0.0048; mu= 19.4086+/- 0.328 mean_var=72.3545+/-16.987, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 89 in 1/39 Lambda= 0.150779 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0934 ( 1585 res) pg00224 (1585) 4902 1076.6 0 KIAA1463 ( 1166 res) fh18591s1 (1166) 4673 1026.7 0 >>KIAA0934 ( 1585 res) pg00224 (1585 aa) initn: 4902 init1: 4902 opt: 4902 Z-score: 5754.0 bits: 1076.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 4902; 81.576% identity (94.786% similar) in 863 aa overlap (1-863:723-1585) 10 20 30 KIAA01 EKLSVLTVQDVGQVMPGANVCVVKLEGTPY :::::::::::: ::::: .: :: .:.: KIAA09 RPTDDSNQPPGRGVLSMHGLTYGVIRVDSEEKLSVLTVQDVGLVMPGAIMCSVKPDGVPQ 700 710 720 730 740 750 40 50 60 70 80 90 KIAA01 LCKTDEVGEICVSSSATGTAYYGLLGITKNVFEAVPVTTGGAPIFDRPFTRTGLLGFIGP ::.:::.::.:: . ::::.:::: :.:::.::. :.:..:::: . :: :::::::.:: KIAA09 LCRTDEIGELCVCAVATGTSYYGLSGMTKNTFEVFPMTSSGAPISEYPFIRTGLLGFVGP 760 770 780 790 800 810 100 110 120 130 140 150 KIAA01 DNLVFIVGKLDGLMVTGVRRHNADDVVATALAVEPMKFVYRGRIAVFSVTVLHDDRIVLV .:::.:::.:::::.. :::::::.::::::::::::::::::::::::::::.:::.: KIAA09 GGLVFVVGKMDGLMVVSGRRHNADDIVATALAVEPMKFVYRGRIAVFSVTVLHDERIVIV 820 830 840 850 860 870 160 170 180 190 200 210 KIAA01 AEQRPDASEEDSFQWMSRVLQAIDSIHQVGVYCLALVPANTLPKAPLGGIHISETKQRFL ::::::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::::: :: KIAA09 AEQRPDSTEEDSFQWMSRVLQAIDSIHQVGVYCLALVPANTLPKTPLGGIHLSETKQLFL 880 890 900 910 920 930 220 230 240 250 260 270 KIAA01 EGTLHPCNVLMCPHTCVTNLPKPRQKQPEVGPASMIVGNLVAGKRIAQASGRELAHLEDS ::.::::::::::::::::::::::::::.::::..:::::.::::::::::.:...::. KIAA09 EGSLHPCNVLMCPHTCVTNLPKPRQKQPEIGPASVMVGNLVSGKRIAQASGRDLGQIEDN 940 950 960 970 980 990 280 290 300 310 320 330 KIAA01 DQARKFLFLADVLQWRAHTTPDHPLFLLLNAKGTVTSTATCVQLHKRAERVAAALMEKGR :::::::::..::::::.::::: :. ::: .:..... ::::::::::..:. :::.:. KIAA09 DQARKFLFLSEVLQWRAQTTPDHILYTLLNCRGAIANSLTCVQLHKRAEKIAVMLMERGH 1000 1010 1020 1030 1040 1050 340 350 360 370 380 390 KIAA01 LSVGDHVALVYPPGVDLIAAFYGCLYCGCVPVTVRPPHPQNLGTTLPTVKMIVEVSKSAC :. :::::::::::.::::::::::: ::::.:::::::::..:::::::::::::.::: KIAA09 LQDGDHVALVYPPGIDLIAAFYGCLYAGCVPITVRPPHPQNIATTLPTVKMIVEVSRSAC 1060 1070 1080 1090 1100 1110 400 410 420 430 440 450 KIAA01 VLTTQAVTRLLRSKEAAAAVDIRTWPTILDTDDIPKKKIASVFRPPSPDVLAYLDFSVST ..::: . .::::.:::::::.:::: ::::::.:::. :.. .: .::.:::::::::: KIAA09 LMTTQLICKLLRSREAAAAVDVRTWPLILDTDDLPKKRPAQICKPCNPDTLAYLDFSVST 1120 1130 1140 1150 1160 1170 460 470 480 490 500 510 KIAA01 TGILAGVKMSHAATSALCRSIKLQCELYPSRQIAICLDPYCGLGFALWCLCSVYSGHQSV ::.:::::::::::::.::::::::::::::..::::::::::::.:::::::::::::. 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KIAA09 ALRHDRVRLVERGSPHSLPLMESGKILPGVRIIIANPETKGPLGDSHLGEIWVHSAHNAS 1360 1370 1380 1390 1400 1410 700 710 720 730 740 750 KIAA01 GYYTVYGEEALHADHFSARLSFGDTQTIWARTGYLGFLRRTELTDASGGRHDALYVVGSL ::.:.::.:.:..:::..::::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::.: KIAA09 GYFTIYGDESLQSDHFNSRLSFGDTQTIWARTGYLGFLRRTELTDANGERHDALYVVGAL 1420 1430 1440 1450 1460 1470 760 770 780 790 800 810 KIAA01 DETLELRGMRYHPIDIETSVIRAHRSIAECAVFTWTNLLVVVVELDGLEQDALDLVALVT ::..::::::::::::::::::::.:..::::::::::::::::::: ::.::::: ::: KIAA09 DEAMELRGMRYHPIDIETSVIRAHKSVTECAVFTWTNLLVVVVELDGSEQEALDLVPLVT 1480 1490 1500 1510 1520 1530 820 830 840 850 860 KIAA01 NVVLEEHYLVVGVVVIVDPGVIPINSRGEKQRMHLRDGFLADQLDPIYVAYNM :::::::::.:::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA09 NVVLEEHYLIVGVVVVVDIGVIPINSRGEKQRMHLRDGFLADQLDPIYVAYNM 1540 1550 1560 1570 1580 >>KIAA1463 ( 1166 res) fh18591s1 (1166 aa) initn: 4671 init1: 3819 opt: 4673 Z-score: 5486.3 bits: 1026.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 4673; 77.199% identity (93.750% similar) in 864 aa overlap (1-863:303-1166) 10 20 30 KIAA01 EKLSVLTVQDVGQVMPGANVCVVKLEGTPY .: :.:::::::.::::. .:.:: .: : KIAA14 RPGVPGAPLPGRAILSMNGLSYGVIRVNTEDKNSALTVQDVGHVMPGGMMCIVKPDGPPQ 280 290 300 310 320 330 40 50 60 70 80 90 KIAA01 LCKTDEVGEICVSSSATGTAYYGLLGITKNVFEAVPVTTGGAPIFDRPFTRTGLLGFIGP ::::::.::::::: . : :.:: :.:::.::..::...:.:. : :: :.:::::.:: KIAA14 LCKTDEIGEICVSSRTGGMMYFGLAGVTKNTFEVIPVNSAGSPVGDVPFIRSGLLGFVGP 340 350 360 370 380 390 100 110 120 130 140 150 KIAA01 DNLVFIVGKLDGLMVTGVRRHNADDVVATALAVEPMKFVYRGRIAVFSVTVLHDDRIVLV .:::.:::.:::.... :::::::.:::.:::: .: :::::::::::.:..:.:::.: KIAA14 GSLVFVVGKMDGLLMVSGRRHNADDIVATGLAVESIKTVYRGRIAVFSVSVFYDERIVVV 400 410 420 430 440 450 160 170 180 190 200 210 KIAA01 AEQRPDASEEDSFQWMSRVLQAIDSIHQVGVYCLALVPANTLPKAPLGGIHISETKQRFL ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.::: :: KIAA14 AEQRPDASEEDSFQWMSRVLQAIDSIHQVGVYCLALVPANTLPKTPLGGIHISQTKQLFL 460 470 480 490 500 510 220 230 240 250 260 270 KIAA01 EGTLHPCNVLMCPHTCVTNLPKPRQKQPEVGPASMIVGNLVAGKRIAQASGRELAHLEDS ::.:::::.::::::::::::::::::: :::::..:::::::::::::.::.:...:.. KIAA14 EGSLHPCNILMCPHTCVTNLPKPRQKQPGVGPASVMVGNLVAGKRIAQAAGRDLGQIEEN 520 530 540 550 560 570 280 290 300 310 320 330 KIAA01 DQARKFLFLADVLQWRAHTTPDHPLFLLLNAKGTVTSTATCVQLHKRAERVAAALMEKGR : .:: :::..:::::..:::: ::.:::::::.. ::.:.::::::::.:..: .::. KIAA14 DLVRKHQFLAEILQWRAQATPDHVLFMLLNAKGTTVCTASCLQLHKRAERIASVLGDKGH 580 590 600 610 620 630 340 350 360 370 380 390 KIAA01 LSVGDHVALVYPPGVDLIAAFYGCLYCGCVPVTVRPPHPQNLGTTLPTVKMIVEVSKSAC :..::.:.:.::::..:::::::::: ::.:::::::: ::: .:::::.:::.:::.:: KIAA14 LNAGDNVVLLYPPGIELIAAFYGCLYAGCIPVTVRPPHAQNLTATLPTVRMIVDVSKAAC 640 650 660 670 680 690 400 410 420 430 440 450 KIAA01 VLTTQAVTRLLRSKEAAAAVDIRTWPTILDTDDIPKKKIASVFRPPSPDVLAYLDFSVST .::.:.. :::::.:::::::..:::::.::::.:.:.. ....::.:..:::::::::: KIAA14 ILTSQTLMRLLRSREAAAAVDVKTWPTIIDTDDLPRKRLPQLYKPPTPEMLAYLDFSVST 700 710 720 730 740 750 460 470 480 490 500 510 KIAA01 TGILAGVKMSHAATSALCRSIKLQCELYPSRQIAICLDPYCGLGFALWCLCSVYSGHQSV ::.:.::::::.:..::::.:::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA14 TGMLTGVKMSHSAVNALCRAIKLQCELYSSRQIAICLDPYCGLGFALWCLCSVYSGHQSV 760 770 780 790 800 810 520 530 540 550 560 570 KIAA01 LVPPLELESNVSLWLSAVSQYKARVTFCSYSVMEMCTKGLGAQTGVLRMKGVNLSCVRTC :.::.:::.:. ::::.:.::: : :::::::::.:::::: :. ::. .:.:::::::: KIAA14 LIPPMELENNLFLWLSTVNQYKIRDTFCSYSVMELCTKGLGNQVEVLKTRGINLSCVRTC 820 830 840 850 860 870 580 590 600 610 620 630 KIAA01 MVVAEERPRIALTQSFSKLFKDLGLPARAVSTTFGCRVNVAICLQGTAGPDPTTVYVDMR .::::::::.:: :::::::::.:: :::::::: :::::::::::.::::::::::.. KIAA14 VVVAEERPRVALQQSFSKLFKDIGLSPRAVSTTFGSRVNVAICLQGTSGPDPTTVYVDLK 880 890 900 910 920 930 640 650 660 670 680 690 KIAA01 ALRHDRVRLVERGSPHSLPLMESGKILPGVKVIIAHTETKGPLGDSHLGEIWVSSPHNAT .::::::::::::.:.:: : :::::::::::.:.. :::::.::::::::::.:::.:. KIAA14 SLRHDRVRLVERGAPQSLLLSESGKILPGVKVVIVNPETKGPVGDSHLGEIWVNSPHTAS 940 950 960 970 980 990 700 710 720 730 740 KIAA01 GYYTVYGEEALHADHFSARLSFGDT-QTIWARTGYLGFLRRTELTDASGGRHDALYVVGS ::::.: :.:.::::..::::::. ::.:::::::::.:::::: :.: :::::::::. KIAA14 GYYTIYDSETLQADHFNTRLSFGDAAQTLWARTGYLGFVRRTELTAATGERHDALYVVGA 1000 1010 1020 1030 1040 1050 750 760 770 780 790 800 KIAA01 LDETLELRGMRYHPIDIETSVIRAHRSIAECAVFTWTNLLVVVVELDGLEQDALDLVALV :::::::::.::::::::::: : :::::::::::::::::::::: : ::.::::: :: KIAA14 LDETLELRGLRYHPIDIETSVSRIHRSIAECAVFTWTNLLVVVVELCGSEQEALDLVPLV 1060 1070 1080 1090 1100 1110 810 820 830 840 850 860 KIAA01 TNVVLEEHYLVVGVVVIVDPGVIPINSRGEKQRMHLRDGFLADQLDPIYVAYNM ::::::::::.:::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::::: KIAA14 TNVVLEEHYLIVGVVVVVDPGVIPINSRGEKQRMHLRDSFLADQLDPIYVAYNM 1120 1130 1140 1150 1160 863 residues in 1 query sequences 1986642 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:44 2008 done: Thu Dec 18 15:10:45 2008 Total Scan time: 0.620 Total Display time: 0.110 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]