# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha01022s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0147.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0147, 1630 aa vs ./tmplib.23147 library 1985875 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8938+/-0.0119; mu= -11.9207+/- 0.808 mean_var=556.3935+/-131.218, 0's: 0 Z-trim: 16 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.054373 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1225 ( 1371 res) fh04221s1 (1371) 1327 120.2 3e-27 KIAA0862 ( 584 res) hk06532 ( 584) 516 56.2 2.4e-08 KIAA1437 ( 811 res) hk07206 ( 811) 342 42.7 0.00038 KIAA0606 ( 1369 res) ph00195 (1369) 334 42.3 0.00083 >>KIAA1225 ( 1371 res) fh04221s1 (1371 aa) initn: 1127 init1: 1127 opt: 1327 Z-score: 581.2 bits: 120.2 E(): 3e-27 Smith-Waterman score: 1330; 39.216% identity (69.281% similar) in 612 aa overlap (2-589:9-614) 10 20 30 40 KIAA01 MLKCIPLWRCNRH----VESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLR .. .: :: : : ..: ::::. ::.::. . ..:::: :::::.. 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KIAA14 FLRENLRALHIKFTDIKEIPLWIYSLKTLEELHLTGNLSAENNRYIVIDGLRELKRLKVL 500 510 520 530 540 550 120 130 140 150 160 KIAA01 DFSGNPLSRLPDGFTQLR-SLAHLALNDVSLQALP-GDVGNLANLVTLELRENLLKSLPA ...: ::.::. :.. : .:..:. . . . ... ..:::. ::: . :. .: KIAA14 RLKSN-LSKLPQVVTDVGVHLQKLSINNEGTKLIVLNSLKKMANLTELELIRCDLERIPH 560 570 580 590 600 170 180 190 200 210 220 KIAA01 SLSFLVKLEQLDLGGNDLEVLPDTLG--ALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLD :. : .:...:: :.:... . .. : : : : :... .: ..::: : : KIAA14 SIFSLHNLQEIDLKDNNLKTIEEIISFQHLHRLTCLKLWYNHIAYIPIQIGNLTNLERLY 610 620 630 640 650 660 230 240 250 260 270 280 KIAA01 VSENRLEELPAELGGLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIG ...:..:..:..: : : ::.: : :: :: :..:. : . ::. . . KIAA14 LNRNKIEKIPTQLFYCRKLRYLDLSHNNLTFLPADIGLLQNLQNLAITANRIETLPPELF 670 680 690 700 710 720 290 300 310 320 330 340 KIAA01 DCENLSELILTENLLMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVAL--SVLSLRD .:..: : : .:.:..:: .:.::.::.... :.:: :: :.: : : : : ... KIAA14 QCRKLRALHLGNNVLQSLPSRVGELTNLTQIELRGNRLECLPVELGECPLLKRSGLVVEE 730 740 750 760 770 780 350 360 370 380 390 400 KIAA01 NRLAVLPPELAHTTELHVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDA . . .::::. KIAA14 DLFNTLPPEVKERLWRADKEQA 790 800 810 >>KIAA0606 ( 1369 res) ph00195 (1369 aa) initn: 329 init1: 140 opt: 334 Z-score: 160.2 bits: 42.3 E(): 0.00083 Smith-Waterman score: 392; 27.644% identity (57.933% similar) in 416 aa overlap (11-393:288-701) 10 20 30 40 KIAA01 MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEE .... ::: :::. .: ... ::..: . KIAA06 SSGPQSQTYYICFDTFTEYLRWLRQVSKVASQRISSVDLSCCSLEHLPANLF-YSQDLTH 260 270 280 290 300 310 50 60 70 80 90 KIAA01 LLLDANQLRELPK-PFFRLLN-------LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRN : : : ::. :. : : :: :..:.::.:.. .: : .. :.::.:: : KIAA06 LNLKQNFLRQNPSLPAARGLNELQRFTKLKSLNLSNNHLGDFPLAVCSIPTLAELNVSCN 320 330 340 350 360 370 100 110 120 130 140 150 KIAA01 DIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRLPDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLAN . .: .. . :. ..:: :. :: . ....:..:.:. . .: . .:. KIAA06 ALRSVPAAVGVMHNLQTFLLDGNFLQSLPAELENMKQLSYLGLSFNEFTDIPEVLEKLTA 380 390 400 410 420 430 160 170 180 190 200 210 KIAA01 LVTLELRENLLKSLP-ASLSFLVKLEQLDLGGNDL-EVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLS . : . : ...: .: . .....:: : . ... : . : .. .: : :.:. KIAA06 VDKLCMSGNCVETLRLQALRKMPHIKHVDLRLNVIRKLIADEVDFLQHVTQLDLRDNKLG 440 450 460 470 480 490 220 230 240 250 KIAA01 ALPPEL-GNLRRLVC-------LDVSENRLEELPAELGGLV---------LLTDLLLSQN : . .:.. : : ::. :. : : . :: :. . .:.: KIAA06 DLDAMIFNNIEVLHCERNQLVTLDICGYFLKALYASSNELVQLDVYPVPNYLSYMDVSRN 500 510 520 530 540 550 260 270 280 290 300 310 KIAA01 LLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENLLMALPRSLGKLTK :. .:. . . ..: .: . .:..::. . .: .:. .: : ::. : . :. KIAA06 RLENVPEWVCESRKLEVLDIGHNQICELPARLFCNSSLRKLLAGHNQLARLPERLER-TS 560 570 580 590 600 610 320 330 340 350 360 KIAA01 LTNLNVDRNHLEALPPEIGGCV-ALSVLSLRDNRLAVLPPE-LAHTTE--LHVLDVAGNR . :.:..:.: :::.. . .: :. :.: ::: :.. :. :. : ...: KIAA06 VEVLDVQHNQLLELPPNLLMKADSLRFLNASANKLESLPPATLSEETNSILQELYLTNNS 620 630 640 650 660 670 370 380 390 400 410 420 KIAA01 L--QSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQPPLSLEDA : . .:. : .:: : .: :. : KIAA06 LTDKCVPLLTGHPHLKILHMAYNRLQSFPASKMAKLEELEEIDLSGNKLKAIPTTIMNCS 680 690 700 710 720 730 1630 residues in 1 query sequences 1985875 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:21 2008 done: Thu Dec 18 15:09:22 2008 Total Scan time: 0.930 Total Display time: 0.160 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]