# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha01169.fasta.huge -Q ../query/KIAA0142.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0142, 802 aa vs ./tmplib.23147 library 1986703 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1897+/-0.00947; mu= 3.0888+/- 0.641 mean_var=317.7648+/-77.657, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 149 in 1/39 Lambda= 0.071948 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0006 ( 773 res) ha01154 ( 773) 2022 224.0 4.7e-59 KIAA1112 ( 694 res) hj05505s1 ( 694) 402 55.8 1.9e-08 KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676) 365 52.4 4.5e-07 KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621) 321 47.9 1e-05 >>KIAA0006 ( 773 res) ha01154 (773 aa) initn: 2931 init1: 1452 opt: 2022 Z-score: 1152.0 bits: 224.0 E(): 4.7e-59 Smith-Waterman score: 2903; 59.387% identity (82.423% similar) in 751 aa overlap (51-794:49-759) 30 40 50 60 70 80 KIAA01 RPLCWERGPWASLGLVRGVPAAGHGAQRLCSVLQVYPEPRSESECLSNIREFLRGCGASL :: . .:..:..:..:: .::.:: :.: KIAA00 KTICDPEEFLKSSLKNGVVLCKLINRLMPGSVEKFCLDPQTEADCINNINDFLKGC-ATL 20 30 40 50 60 70 90 100 110 120 130 140 KIAA01 RLETFDANDLYQGQNFNKVLSSLVTLNKVTADIGLGSDSVCARPSSHRIKSFDSLGSQSL ..: :: .:::.: ::.::::.:...::.: : :. :.: :: . .. . :. KIAA00 QVEIFDPDDLYSGVNFSKVLSTLLAVNKATED--QLSERPCGRSSSLSAANTSQTNPQGA 80 90 100 110 120 130 150 160 170 180 190 200 KIAA01 HTRTSKLFQGQYRSLDMTDNSNNQLVVRAKFNFQQTNEDELSFSKGDVIHVTRVEEGGWW . : . .: : ....::.:...::.:.:.:::.:::::::: :::.:.:::::::::: KIAA00 VSSTVSGLQRQSKTVEMTENGSHQLIVKARFNFKQTNEDELSVCKGDIIYVTRVEEGGWW 140 150 160 170 180 190 210 220 230 240 250 260 KIAA01 EGTLNGRTGWFPSNYVREVKASEKPVSPKSGTLKSPPKGFDTTAINKSYYNVVLQNILET ::::::::::::::::::.:.::.:.:::. :::.:. ..:.::.:::::::.: KIAA00 EGTLNGRTGWFPSNYVREIKSSERPLSPKA------VKGFETAPLTKNYYTVVLQNILDT 200 210 220 230 240 270 280 290 300 310 320 KIAA01 ENEYSKELQTVLSTYLRPLQTSEKLSSANISYLMGNLEEICSFQQMLVQSLEECTKLPEA :.::.::::..: :::::::....::..... :.::.::.:.::: : :.::::.:.:: KIAA00 EKEYAKELQSLLVTYLRPLQSNNNLSTVEVTSLLGNFEEVCTFQQTLCQALEECSKFPEN 250 260 270 280 290 300 330 340 350 360 370 380 KIAA01 QQRVGGCFLNLMPQMKTLYLTYCANHPSAVNVLTEHSEELGEFMETKGASSPGILVLTTG :..::::.:.:::..:..::.:::::::::::::.::.:: .:::..::::::::.:::. 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KIAA11 ERDYIKHLRDICEGYVRQCRKRADMFSEEQLRTIFGNIEDIYRCQKAFVKALEQRFNRER 320 330 340 350 360 370 320 330 340 350 360 370 KIAA01 PEAQQRVGGCFLNLMPQMKTLYLTYCANHPSA---VNVLTEHSEELGEFMETKGASSPGI :. .. .:.:::. . ... .: :: :::.: .. ::. :. . : . .. KIAA11 PHLSE-LGACFLEHQADFQ-IYSEYCNNHPNACVELSRLTKLSKYVYFFEACRLLQKMID 380 390 400 410 420 430 380 390 400 410 420 430 KIAA01 LVLTTGLSKPFMRLDKYPTLLKELERHMEDYHTDRQDIQKSMAAFKNLSAQCQEVRKRKE . : : : ... ::: : :: .. . : : .:.. .. :.::. :: . :::. KIAA11 ISLDGFLLTPVQKICKYPLQLAELLKYTHPQHRDFKDVEAALHAMKNV-AQLINERKRRL 440 450 460 470 480 490 440 450 460 470 480 490 KIAA01 LELQILTE---AIRNWEGDDIKTLGNVTYMSQVLIQCAGSEEKNE-RYLLLFPNVLLMLS ... ... .:..:::.:. . .. .: : . . . :.. :...:: . :.. . KIAA11 ENIDKIAQWQSSIEDWEGEDLLVRSSELIYSGELTRVTQPQAKSQQRMFFLFDHQLIYCK 500 510 520 530 540 550 500 510 520 530 540 KIAA01 ASP-RMSGFIYQGKLPTTGMTITKLEDSENH------RNAFEIS-GSMIERILVSCNNQQ . : . . :.:.: :. .. :::.... .:::.. :. . :. . . KIAA11 KDLLRRDVLYYKGRLDMDGLEVVDLEDGKDRDLHVSIKNAFRLHRGATGDSHLLCTRKPE 560 570 580 590 600 610 550 560 570 580 590 600 KIAA01 DLQEWVEHLQKQTKVTSVGNPTIKPHSVPSHTLPSHPVTPSSKHADSKPAPLTPAYHTLP . :.:.. . .. . ... . : :. . .. :.... .:: : : KIAA11 QKQRWLKAFAREREQVQLDQET--GFSITELQRKQAMLNASKQQVTGKPKGRRTA---AP 620 630 640 650 660 670 610 620 630 640 650 660 KIAA01 HPSHHGTPHTTINWGPLEPPKTPKPWSLSCLRPAPPLRPSAALCYKEDLSKSPKTMKKLL : : :. . . :. :.. KIAA11 PPRLPG-PYPA-DIIPFSEPQSQAS 680 690 >>KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676 aa) initn: 286 init1: 196 opt: 365 Z-score: 218.9 bits: 52.4 E(): 4.5e-07 Smith-Waterman score: 369; 24.501% identity (57.835% similar) in 351 aa overlap (167-509:1111-1443) 140 150 160 170 180 190 KIAA01 SQSLHTRTSKLFQGQYRSLDMTDNSNNQLVVRAKFNFQQTNEDELSFSKGDVIHVTRVEE : : ... .::::::::::..:.: .. 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KIAA14 NGSLYIFRGRINTEVMEVENVEDGTADYHSNGYTVTNGWKIHNTAKNKWFVCMAKTAEEK 290 300 310 320 330 340 560 570 580 590 600 610 KIAA01 QKQTKVTSVGNPTIKPHSVPSHTLPSHPVTPSSKHADSKPAPLTPAYHTLPHPSHHGTPH KIAA14 QKWLDAIIREREQRESLKLGMERDAYVMIAEKGEKLYHMMMNKKVNLIKDRRRKLSTVPK 350 360 370 380 390 400 802 residues in 1 query sequences 1986703 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:09 2008 done: Thu Dec 18 15:09:10 2008 Total Scan time: 0.590 Total Display time: 0.120 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]