# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03743.fasta.huge -Q ../query/KIAA0138.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0138, 962 aa vs ./tmplib.23147 library 1986543 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7005+/-0.0113; mu= 3.1062+/- 0.765 mean_var=457.4905+/-110.316, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 47 in 1/39 Lambda= 0.059963 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0853 ( 967 res) hk06136 ( 967) 284 39.8 0.002 KIAA0139 ( 1388 res) ha04032 (1388) 283 39.9 0.0026 KIAA0670 ( 1286 res) hk02359s1 (1286) 270 38.8 0.0054 >>KIAA0853 ( 967 res) hk06136 (967 aa) initn: 413 init1: 166 opt: 284 Z-score: 153.4 bits: 39.8 E(): 0.002 Smith-Waterman score: 295; 22.711% identity (49.465% similar) in 841 aa overlap (52-833:24-801) 30 40 50 60 70 80 KIAA01 PGTASLGPGVAETGTRRLSELRVIDLRAELKKRNLDTGGNKSVLMERLKKAVKEEGQDPD ..:. : .. :: . ::. .. . 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