# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03621s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0136.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0136, 950 aa vs ./tmplib.23147 library 1986555 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2462+/-0.00631; mu= 4.1213+/- 0.426 mean_var=191.2656+/-47.177, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.092738 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0852 ( 1017 res) hk06101 (1017) 385 65.0 5.5e-11 >>KIAA0852 ( 1017 res) hk06101 (1017 aa) initn: 721 init1: 178 opt: 385 Z-score: 289.1 bits: 65.0 E(): 5.5e-11 Smith-Waterman score: 775; 25.166% identity (52.802% similar) in 1053 aa overlap (35-943:9-1015) 10 20 30 40 50 60 KIAA01 WLCSSLKMAAQPPRGIRLSALCPKFLHTNSTSHTWPFSAVAELIDNAYDPDVNAKQIWID :.: . :.:.:::.::: : :.. .:. . 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