# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha04001.fasta.huge -Q ../query/KIAA0134.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0134, 587 aa vs ./tmplib.23147 library 1986918 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.5732+/-0.00527; mu= 18.8866+/- 0.359 mean_var=101.2471+/-23.809, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 7 in 1/39 Lambda= 0.127463 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0577 ( 1043 res) hj00291 (1043) 607 122.4 1.8e-28 KIAA1488 ( 852 res) fj07893 ( 852) 586 118.4 2.4e-27 KIAA0224 ( 1256 res) ha04657 (1256) 544 110.9 6.3e-25 KIAA0890 ( 1210 res) hk08057 (1210) 473 97.8 5.2e-21 KIAA1517 ( 998 res) fh11426(revised) ( 998) 434 90.5 6.7e-19 >>KIAA0577 ( 1043 res) hj00291 (1043 aa) initn: 858 init1: 455 opt: 607 Z-score: 602.9 bits: 122.4 E(): 1.8e-28 Smith-Waterman score: 935; 31.918% identity (56.918% similar) in 636 aa overlap (15-546:226-858) 10 20 30 40 KIAA01 SELRLLLWISNMPPPRTREGRDRRDHHRAPSEEEALEKWDWNCP :. :. ..::.. : :.: :: . . KIAA05 RNVLERSDKKAYEEAQKRLKMAEEDRKAMVPELRK-KSRREYL-AKREREKLEDLEAELA 200 210 220 230 240 250 50 60 70 80 90 KIAA01 ETRRLLEDAFF----REE-DYIRQGSEECQKFWTFFERLQRFQNLKTSRKEEKDPGQPKH . . :. :. . :.: : :. . ... . :. .... . . .. ::: . KIAA05 DEEFLFGDVELSRHERQELKYKRRVRDLAREYRAAGEQ-EKLEATNRYHMPKETRGQPAR 260 270 280 290 300 310 100 110 120 130 140 KIAA01 SIPALADLPRTY-DPRYRINLSVLGPATR--GSQGLGRHLPA-------ERVAEFRRALL .. . . . . . : . . :: :. :.. . . : :.. :: :: KIAA05 AVDLVEEESGAPGEEQRRWEEARLGAASLKFGARDAASQEPKYQLVLEEEETIEFVRATQ 320 330 340 350 360 370 150 160 170 180 190 200 KIAA01 HYLDFGQKQAFGRLAKLQRE-----RAALPIAQYGNRILQTLKEHQVVVVAGDTGCGKST : . :.: : .::. . ...: .. .:::... :.:: ::.: KIAA05 LQGDEEPSAPPTSTQAQQKESIQAVRRSLPVFPFREELLAAIANHQVLIIEGETGSGKTT 380 390 400 410 420 430 210 220 230 240 250 260 KIAA01 QVPQYLLAAGFSH----VACTQPRRIACISLAKRVGFESLSQYGSQVGYQIRFESTRSAA :.::::. :... .:::::::.: .:.: ::. : . :..:::.::::. : KIAA05 QIPQYLFEEGYTNKGMKIACTQPRRVAAMSVAARVAREMGVKLGNEVGYSIRFEDCTSER 440 450 460 470 480 490 270 280 290 300 310 320 KIAA01 TKIVFLTVGLLLRQIQREPSLPQYEVLIVDEVHERHLHNDFLLGVLQRLLPTRPDLKVIL : . ..: :.:::.. ::.: .: :..:::.::: ::.:.:.:... . ::.:::.. 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KIAA05 VVATNIAETSLTIEGIIYVLDPGFCKQKSYNPRTGMESLTVTPCSKASANQRAGRAGRVA 680 690 700 710 720 730 430 440 450 460 470 480 KIAA01 PGVCFRLYAESDYD-AFAPYPVPEIRRVALDSLVLQMKSMSVGDPRTFPFIEPPPPASLE : :::::. :. . ::::.:..: ..:: .::... : : :..::: .: KIAA05 AGKCFRLYTAWAYQHELEETTVPEIQRTSLGNVVLLLKSLGIHDLMHFDFLDPPPYETLL 740 750 760 770 780 790 490 500 510 520 530 540 KIAA01 TAILYLRDQGALDSSEALTPIGSLLAQLPVDVVIGKMLILGSMFSLVEPVLTIAAALSVQ :. : :::. :: : .:.:::: ...::.. . .: : .::.:: :::. KIAA05 LALEQLYALGALNHLGELTTSGRKMAELPVDPMLSKMILASEKYSCSEEILTVAAMLSVN 800 810 820 830 840 850 550 560 570 580 KIAA01 -SPFTRSAQSSPECCTPPASSLAAPRCCTHRSWRPATATEAETTRTR : : : KIAA05 NSIFYRPKDKVVHADNARVNFFLPGGDHLVLLNVYTQWAESGYSSQWCYENFVQFRSMRR 860 870 880 890 900 910 >>KIAA1488 ( 852 res) fj07893 (852 aa) initn: 848 init1: 380 opt: 586 Z-score: 582.9 bits: 118.4 E(): 2.4e-27 Smith-Waterman score: 801; 31.868% identity (53.846% similar) in 546 aa overlap (153-544:31-575) 130 140 150 160 170 180 KIAA01 GPATRGSQGLGRHLPAERVAEFRRALLHYLDFGQKQAFGRLAKLQRERAALPIAQYGNRI :. .:. : ..:. : :: . ... KIAA14 IRNRSYIDRDSEYLLQENEPDGTLDQKLLEDLQKKKNDLRYIEMQHFREKLPSYGMQKEL 10 20 30 40 50 60 190 200 210 220 230 KIAA01 LQTLKEHQVVVVAGDTGCGKSTQVPQYLL------AAGFS-HVACTQPRRIACISLAKRV .. . .:::.:..:.:::::.::: :..: . : . ...:::::::. ::.:.:: KIAA14 VNLIDNHQVTVISGETGCGKTTQVTQFILDNYIERGKGSACRIVCTQPRRISAISVAERV 70 80 90 100 110 120 240 250 260 270 280 290 KIAA01 GFESLSQYGS--QVGYQIRFEST--RSAATKIVFLTVGLLLRQIQREPSLPQYEVLIVDE . : . :: ..:::::..: :. .. :.. :.:..:. .: .: : . ...:: KIAA14 AAERAESCGSGNSTGYQIRLQSRLPRKQGS-ILYCTTGIILQWLQSDPYLSSVSHIVLDE 130 140 150 160 170 300 310 320 330 340 350 KIAA01 VHERHLHNDFLLGVLQRLLPTRPDLKVILMSATINISLFSSYFSNAPVVQVPGRLFPIT- .:::.:..: :. :.. :: : ::::::::::.: :: ::.: :....:: ::.. KIAA14 IHERNLQSDVLMTVVKDLLNFRSDLKVILMSATLNAEKFSEYFGNCPMIHIPGFTFPVVE 180 190 200 210 220 230 KIAA01 ------------------------------------------------------------ KIAA14 YLLEDVIEKIRYVPEQKEHRSQFKRGFMQGHVNRQEKEEKEAIYKERWPDYVRELRRRYS 240 250 260 270 280 290 KIAA01 ------------------------------------------------------------ KIAA14 ASTVDVIEMMEDDKVDLNLIVALIRYIVLEEEDGAILVFLPGWDNISTLHDLLMSQVMFK 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 KIAA01 --------------------VFDVAPPGVRKCILSTNIAETSVTIDGIRFVVDSGKVKEM :: .:::::: ...:::::::.::: . .:.:.::.:: KIAA14 SDKFLIIPLHSLMPTVNQTQVFKRTPPGVRKIVIATNIAETSITIDDVVYVIDGGKIKET 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 KIAA01 SYDPQAKLQRLQEFWISQASAEQRKGRAGRTGPGVCFRLYAESDYDAFAPYPVPEIRRVA .: : ... .. :.:.:.:.::::::::. :: :..:: . . : .::: :. KIAA14 HFDTQNNISTMSAEWVSKANAKQRKGRAGRVQPGHCYHLYNGLRASLLDDYQLPEILRTP 420 430 440 450 460 470 460 470 480 490 500 KIAA01 LDSLVLQMKSMSVGDPRTF--PFIEPPPPASLETAILYLRDQGALDSSEALTPIGSLLAQ :. : ::.: . .: : ...:: .. .: .: . .:::..: :::.: ::. KIAA14 LEELCLQIKILRLGGIAYFLSRLMDPPSNEAVLLSIRHLMELNALDKQEELTPLGVHLAR 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 KIAA01 LPVDVVIGKMLILGSMFSLVEPVLTIAAALSVQSPFTRSAQSSPECCTPPASSLAAPRCC :::. ::::...:..: ..:::::::.:: ..:: KIAA14 LPVEPHIGKMILFGALFCCLDPVLTIAASLSFKDPFVIPLGKEKIADARRKELAKDTRSD 540 550 560 570 580 590 570 580 KIAA01 THRSWRPATATEAETTRTR KIAA14 HLTVVNAFEGWEEARRRGFRYEKDYCWEYFLSSNTLQMLHNMKGQFAEHLLGAGFVSSRN 600 610 620 630 640 650 >>KIAA0224 ( 1256 res) ha04657 (1256 aa) initn: 1131 init1: 427 opt: 544 Z-score: 539.4 bits: 110.9 E(): 6.3e-25 Smith-Waterman score: 939; 36.538% identity (61.325% similar) in 468 aa overlap (160-546:548-1015) 130 140 150 160 170 180 KIAA01 QGLGRHLPAERVAEFRRALLHYLDFGQKQAFGRLAKLQRERAALPIAQYGNRILQTLKEH :.. .. ..: ::: ...: .... KIAA02 KAVTEDGKVDYRTEQKFADHMKRKSEASSEFAKKKSILEQRQYLPIFAVQQELLTIIRDN 520 530 540 550 560 570 190 200 210 220 230 240 KIAA01 QVVVVAGDTGCGKSTQVPQYLLAAGFSH---VACTQPRRIACISLAKRVGFESLSQYGSQ ..:.:.:.:: ::.::. ::: :.. ..::::::.: .:.::::. : .. : . KIAA02 SIVIVVGETGSGKTTQLTQYLHEDGYTDYGMIGCTQPRRVAAMSVAKRVSEEMGGNLGEE 580 590 600 610 620 630 250 260 270 280 290 300 KIAA01 VGYQIRFESTRSAATKIVFLTVGLLLRQIQREPSLPQYEVLIVDEVHERHLHNDFLLGVL ::: ::::. : : : ..: :.:::. :: .: .: ..:.::.::: :..: :.:.: KIAA02 VGYAIRFEDCTSENTLIKYMTDGILLRESLREADLDHYSAIIMDEAHERSLNTDVLFGLL 640 650 660 670 680 690 310 320 330 340 350 KIAA01 QRLLPTRPDLKVILMSATINISLFSSYFSNAPVVQVPGRLFPITV--------------- .... : :::.:. :::.. :...:.:.:. ..::: ::. . KIAA02 REVVARRSDLKLIVTSATMDAEKFAAFFGNVPIFHIPGRTFPVDILFSKTPQEDYVEAAV 700 710 720 730 740 750 KIAA01 ------------------------------------------------------------ KIAA02 KQSLQVHLSGAPGDILIFMPGQEDIEVTSDQIVEHLEELENAPALAVLPIYSQLPSDLQA 760 770 780 790 800 810 360 370 380 390 400 KIAA01 --FDVAPPGVRKCILSTNIAETSVTIDGIRFVVDSGKVKEMSYDPQAKLQRLQEFWISQA :. :: ::::::..:::::::.:.::: ::.::: : ..:. .. :: . :::: KIAA02 KIFQKAPDGVRKCIVATNIAETSLTVDGIMFVIDSGYCKLKVFNPRIGMDALQIYPISQA 820 830 840 850 860 870 410 420 430 440 450 460 KIAA01 SAEQRKGRAGRTGPGVCFRLYAESDY-DAFAPYPVPEIRRVALDSLVLQMKSMSVGDPRT .:.::.::::::::: :::::..: : . . ::::.:. : ..:: .::..: : KIAA02 NANQRSGRAGRTGPGQCFRLYTQSAYKNELLTTTVPEIQRTNLANVVLLLKSLGVQDLLQ 880 890 900 910 920 930 470 480 490 500 510 520 KIAA01 FPFIEPPPPASLETAILYLRDQGALDSSEALTPIGSLLAQLPVDVVIGKMLILGSMFSLV : :..::: .. ... : ::::.. .:: : :....:.: ...::::.. .. KIAA02 FHFMDPPPEDNMLNSMYQLWILGALDNTGGLTSTGRLMVEFPLDPALSKMLIVSCDMGCS 940 950 960 970 980 990 530 540 550 560 570 580 KIAA01 EPVLTIAAALSVQSPFTRSAQSSPECCTPPASSLAAPRCCTHRSWRPATATEAETTRTR .: :.. ::: . : : KIAA02 SEILLIVSMLSVPAIFYRPKGREEESDQIREKFAVPESDHLTYLNVYLQWKNNNYSTIWC 1000 1010 1020 1030 1040 1050 >>KIAA0890 ( 1210 res) hk08057 (1210 aa) initn: 857 init1: 336 opt: 473 Z-score: 469.0 bits: 97.8 E(): 5.2e-21 Smith-Waterman score: 766; 30.601% identity (55.373% similar) in 549 aa overlap (113-553:390-936) 90 100 110 120 130 140 KIAA01 NLKTSRKEEKDPGQPKHSIPALADLPRTYDPRYRINLSVLGPATRGSQGLGRHLPAERVA :. :.. . . : . : :. . .. . KIAA08 RPCTIQVPEPILRKIETFLNHYPVESSWIAPELRLQSDDILPLGKDSGPLSDPITGKPYV 360 370 380 390 400 410 150 160 170 180 190 200 KIAA01 EFRRALLHYLDFGQKQAFGRLAKLQRERAALPIAQYGNRILQTLKEHQVVVVAGDTGCGK . .: :. . . . : . . .: ::. . . ::.....: :::..::::::: KIAA08 PLLEAEEVRLSQSLLELWRRRGPVWQEAPQLPVDPHRDTILNAIEQHPVVVISGDTGCGK 420 430 440 450 460 470 210 220 230 240 250 KIAA01 STQVPQYLLAAGFS-------HVACTQPRRIACISLAKRVGFESLSQYGSQVGYQIRFES .:..:: :: . .: ::::::. .:.:.::. : . .::.:.:.:: KIAA08 TTRIPQLLLERYVTEGRGARCNVIITQPRRISAVSVAQRVSHELGPSLRRNVGFQVRLES 480 490 500 510 520 530 260 270 280 290 300 310 KIAA01 TR-SAATKIVFLTVGLLLRQIQREPSLPQYEVLIVDEVHERHLHNDFLLGVLQRLLPTRP : . ..: :::.:::..: .::: .:::::::: ...:::: .:. : : KIAA08 KPPSRGGALLFCTVGILLRKLQSNPSLEGVSHVIVDEVHERDVNTDFLLILLKGLQRLNP 540 550 560 570 580 590 320 330 340 KIAA01 DLKVILMSATINISLFSSYFSNAPVVQVPGRLFPI------------------------- :...::::: . :: ::.. ::..::: ..:. KIAA08 ALRLVLMSATGDNERFSRYFGGCPVIKVPGFMYPVKEHYLEDILAKLGKHQYLHRHRHHE 600 610 620 630 640 650 KIAA01 ------------------------------------------------------------ KIAA08 SEDECALDLDLVTDLVLHIDARGEPGGILCFLPGWQEIKGVQQRLQEALGMHESKYLILP 660 670 680 690 700 710 350 360 370 380 390 KIAA01 -----------TVFDVAPPGVRKCILSTNIAETSVTIDGIRFVVDSGKVKEMSYDPQAKL ..:. : :::: .:.:::::::.::. : ::::: :: :: ..:. KIAA08 VHSNIPMMDQKAIFQQPPVGVRKIVLATNIAETSITINDIVHVVDSGLHKEERYDLKTKV 720 730 740 750 760 770 400 410 420 430 440 450 KIAA01 QRLQEFWISQASAEQRKGRAGRTGPGVCFRLYAESDYDAFAPYPVPEIRRVALDSLVLQM . :. :.:.:.. ::.::::: : ..:. .: . ..:. :::: :. :..:::: KIAA08 SCLETVWVSRANVIQRRGRAGRCQSGFAYHLFPRSRLEKMVPFQVPEILRTPLENLVLQA 780 790 800 810 820 830 460 470 480 490 500 510 KIAA01 KSMSVGDPRTFPF----IEPPPPASLETAILYLRDQGALDSSEALTPIGSLLAQLPVDVV : . . . . : .. : ... :.. :.. :.::. : :: .:. ::.. .: KIAA08 K-IHMPEKTAVEFLSKAVDSPNIKAVDEAVILLQEIGVLDQREYLTTLGQRLAHISTDPR 840 850 860 870 880 890 520 530 540 550 560 570 KIAA01 IGKMLILGSMFSLVEPVLTIAAALSVQSPFTRSAQSSPECCTPPASSLAAPRCCTHRSWR ..: ..:...: ..:.:.... :. ..::. : :. : KIAA08 LAKAIVLAAIFRCLHPLLVVVSCLT-RDPFSSSLQNRAEVDKVKALLSHDSGSDHLAFVR 900 910 920 930 940 950 580 KIAA01 PATATEAETTRTR KIAA08 AVAGWEEVLRWQDRSSRENYLEENLLYAPSLRFIHGLIKQFSENIYEAFLVGKPSDCTLA 960 970 980 990 1000 1010 >>KIAA1517 ( 998 res) fh11426(revised) (998 aa) initn: 786 init1: 434 opt: 434 Z-score: 431.2 bits: 90.5 E(): 6.7e-19 Smith-Waterman score: 620; 28.790% identity (48.041% similar) in 587 aa overlap (162-553:64-648) 140 150 160 170 180 190 KIAA01 LGRHLPAERVAEFRRALLHYLDFGQKQAFGRLAKLQRERAALPIAQYGNRILQTLKEHQV : ..:.:: ::: . . :.... :: . KIAA15 PAGMTVPPPPAAAPPLPRALAKPAVFIPVNRSPEMQEERLKLPILSEEQVIMEAVAEHPI 40 50 60 70 80 90 200 210 220 230 240 KIAA01 VVVAGDTGCGKSTQVPQYLLAAGFSH----VACTQPRRIACISLAKRVGFE-SLSQYGSQ :.: :.:: ::.:::::.: :::: .. :.:::.: .....::. : .::: KIAA15 VIVCGETGSGKTTQVPQFLYEAGFSSEDSIIGVTEPRRVAAVAMSQRVAKEMNLSQR--V 100 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 300 KIAA01 VGYQIRFESTRSAATKIVFLTVGLLLRQIQREPSLPQYEVLIVDEVHERHLHNDFLLGVL :.::::.:.. . :.: :.: :.::..::.. : .:.:.:.::.::: ...:.:.:.: KIAA15 VSYQIRYEGNVTEETRIKFMTDGVLLKEIQKDFLLLRYKVVIIDEAHERSVYTDILIGLL 160 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 KIAA01 QRLLPTRPD----LKVILMSATINISLFSS----YFSNAPVVQVPGRLFPITV------- .:.. : ::...::::. . :.. . . ::..: .: ::.:: KIAA15 SRIVTLRAKRNLPLKLLIMSATLRVEDFTQNPRLFAKPPPVIKVESRQFPVTVHFNKRTP 220 230 240 250 260 270 KIAA01 ------------------------------------------------------------ KIAA15 LEDYSGECFRKVCKIHRMLPAGGILVFLTGQAEVHALCRRLRKAFPPSRARPQEKDDDQK 280 290 300 310 320 330 KIAA01 ------------------------------------------------------------ KIAA15 DSVEEMRKFKKSRARAKKARAEVLPQINLDHYSVLPAGEGDEDREAEVDEEEGALDSDLD 340 350 360 370 380 390 360 370 KIAA01 -------------------------------------FDVAPPGVRKCILSTNIAETSVT : : :.: :...::.::::.: KIAA15 LDLGDGGQDGGEQPDASLPLHVLPLYSLLAPEKQAQVFKPPPEGTRLCVVATNVAETSLT 400 410 420 430 440 450 380 390 400 410 420 430 KIAA01 IDGIRFVVDSGKVKEMSYDPQAKLQRLQEFWISQASAEQRKGRAGRTGPGVCFRLYAESD : ::..::: ::::. :: . .. .. :.:::::.:: :::::: :: :.:::. . KIAA15 IPGIKYVVDCGKVKKRYYDRVTGVSSFRVTWVSQASADQRAGRAGRTEPGHCYRLYSSAV 460 470 480 490 500 510 440 450 460 470 480 490 KIAA01 YDAFAPYPVPEIRRVALDSLVLQMKSMSVGDPRTFPFIEPPPPASLETAILYLRDQGALD . : .: ::: : ...:.::::...: .::: :: .: .: : :::. KIAA15 FGDFEQFPPPEITRRPVEDLILQMKALNVEKVINFPFPTPPSVEALLAAEELLIALGALQ 520 530 540 550 560 570 500 510 520 530 KIAA01 S---------------SEALTPIGSLLAQLPVDVVIGKMLILGSMFSLVEPVLTIAAALS : .: .: .: .:: .::: :. . . . ..::.:... KIAA15 PPQKAERVKQLQENRLSCPITALGRTMATFPVAPRYAKMLALSRQHGCLPYAITIVASMT 580 590 600 610 620 630 540 550 560 570 580 KIAA01 VQSPFT---RSAQSSPECCTPPASSLAAPRCCTHRSWRPATATEAETTRTR :. : : : :. : KIAA15 VRELFEELDRPAASDEELTRLKSKRARVAQMKRTWAGQGASLKLGDLMVLLGAVGACEYA 640 650 660 670 680 690 587 residues in 1 query sequences 1986918 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:51 2008 done: Thu Dec 18 15:08:52 2008 Total Scan time: 0.490 Total Display time: 0.120 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]