# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03502s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0133.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0133, 1527 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7827355 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1197+/-0.000183; mu= 15.4418+/- 0.010 mean_var=71.8254+/-14.149, 0's: 26 Z-trim: 29 B-trim: 32 in 1/64 Lambda= 0.151334 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|158255462|dbj|BAF83702.1| unnamed protein produ (1524) 9923 2176.9 0 gi|109020123|ref|XP_001083545.1| PREDICTED: hypoth (1317) 8085 1775.6 0 gi|151556334|gb|AAI48097.1| LOC514623 protein [Bos (1521) 7425 1631.5 0 gi|71274162|ref|NP_001025047.1| URB2 ribosome biog (1524) 7207 1583.9 0 gi|148679817|gb|EDL11764.1| cDNA sequence AK122209 (1403) 6484 1426.0 0 gi|148679818|gb|EDL11765.1| cDNA sequence AK122209 (1219) 5652 1244.3 0 gi|169159081|emb|CAQ15399.1| novel protein [Danio (1495) 1318 298.2 3.1e-77 gi|47217175|emb|CAG11011.1| unnamed protein produc (1489) 670 156.7 1.2e-34 gi|66910450|gb|AAH97124.1| LOC570267 protein [Dani ( 338) 474 113.4 2.9e-22 gi|169159082|emb|CAQ15400.1| novel protein [Danio ( 326) 469 112.3 6e-22 gi|156225473|gb|EDO46290.1| predicted protein [Nem ( 681) 371 91.2 2.9e-15 gi|210129674|gb|EEA77348.1| hypothetical protein B (1283) 220 58.4 4e-05 gi|72077214|ref|XP_800404.1| PREDICTED: hypothetic ( 105) 204 54.1 6.6e-05 gi|210129670|gb|EEA77344.1| hypothetical protein B (1154) 210 56.2 0.00017 gi|190586144|gb|EDV26212.1| predicted protein [Tri ( 337) 190 51.4 0.0013 >>gi|158255462|dbj|BAF83702.1| unnamed protein product [ (1524 aa) initn: 9923 init1: 9923 opt: 9923 Z-score: 11696.1 bits: 2176.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 9923; 99.803% identity (99.869% similar) in 1524 aa overlap (4-1527:1-1524) 10 20 30 40 50 60 KIAA01 SLAMAAVYSGISLKLKSKTTSWEDKLKLAHFAWISHQCFLPNKEQVLLDWARQSLVAFYK ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|158 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|158 VFTSMFHSVRRVLADPEIPVQVTQDIEPHLGALFTQMLEVGTTEDLRLVMQCILQGLDVS 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1270 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA01 NMWKADVQAVVSAVTLLRLLLNCPLSGEKASLLWRACPQIVTALTLLNREASQEQPVSLT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|158 NMWKADVQAVVSAVTLLRLLLNCPLSGEKASLLWRACPQIVTALTLLNREASQEQPVSLT 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA01 VVGPVLDVLAALLRQGEEAIGNPHHVSLAFSILLTVPLDHLKPLEYGSVFPRLHNVLFSI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|158 VVGPVLDVLAALLRQGEEAIGNPHHVSLAFSILLTVPLDHLKPLEYGSVFPRLHNVLFSI 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1390 1400 1410 1420 1430 1440 KIAA01 LQCHPKVMLKAIPSFLNSFNRLVFSVMREGRQKDKGSIDDLPTVLKCARLVERMYSHIAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|158 LQCHPKVMLKAIPSFLNSFNRLVFSVMREGRQKDKGSIDDLPTVLKCARLVERMYSHIAA 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1450 1460 1470 1480 1490 1500 KIAA01 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::.:::::::::::::::::::::::::: .: : :::::: gi|151 ALVGPVLDVLAALLRQGEGAISNPHHVSLAFSILLTVPLDHLKPLEYGHIFSRAHNVLFS 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA01 ILQCHPKVMLKAIPSFLNSFNRLVFSVMREGRQKDKGSIDDLPTVLKCARLVERMYSHIA :::::::: ::.:::::: :.::: :...::::::::: .:::.:: :::::::::::.: gi|151 ILQCHPKVTLKTIPSFLNCFHRLVRSIIHEGRQKDKGSAEDLPVVLDCARLVERMYSHMA 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA01 ARAEEFAVFSPFMVAQYVLEVQKVTLYPAVKSLLQEGIYLILDLCIEPDVQFLRASLQPG :::::: :::::::::::.:.:::::::::: :::::::::::::::::.:::::::: : gi|151 ARAEEFRVFSPFMVAQYVVEAQKVTLYPAVKVLLQEGIYLILDLCIEPDIQFLRASLQLG 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA01 MRDIFKELYNDYLKYHKAKHEGEKRYTA .::.::::..::.:.::.:.:::::: gi|151 VRDVFKELHSDYVKHHKSKREGEKRYAV 1500 1510 1520 >>gi|71274162|ref|NP_001025047.1| URB2 ribosome biogenes (1524 aa) initn: 6324 init1: 6324 opt: 7207 Z-score: 8491.4 bits: 1583.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 7207; 71.550% identity (89.143% similar) in 1529 aa 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..:. gi|169 KMKSSVPLSKRQINGLLQLVKVTSVLNGYAMSYEDYLELFLTLLTLTST-IQCVEETNLS 860 870 880 890 900 910 950 960 970 980 990 KIAA01 --LKFLTTCYQLLGYLQKGKSARSVFKIMYGSDIFEVVLTSLFRASSRFLIE-MDDPAWL ...: ..... : .:...:..:...::...:...:.:: ::. :.. .: :.:: gi|169 AFIELLKELFSVMASLLLAKNSQSILKVIHGSNLLEATMTTLFSRSSEGLFKSLDGPTWL 920 930 940 950 960 970 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA01 EFLQVIGTFLEELMQMLIQMKLSLVLNFRKITAFLSSSKPYTEAASSKQLENQNPQGRQL ::: . :.. :....:. : :. ::..:.:.:. . .: : ... . . :: gi|169 SFLQSVQDFIQSLIRLIIDRKSSICLNLEKFTSFMVECN-FT--ARVLTVDTGDLFSLQL 980 990 1000 1010 1020 1030 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA01 LLVSLTRLCHVLGPFL-KEQKLGQEAPAALSELLQQVVLQTGAVLQLCSVPGARGWRLPS ::.:. ::. . : :...: : ::..::.... ..: .: ..: : gi|169 HLVTLSALCREMMTTLGKNKQLDQ----ALTHLLEKATAVMEPAIQ--AVLMGKG----S 1040 1050 1060 1070 1080 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA01 VLISSVSTLLEADLGQHCRDGGADISQGSDRTLLSHVALYQGVYSQILLEL-PALAGHDQ :. . .. . . .:. . :. :. . . .: . .:.. :.::: :: :. : gi|169 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