# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03786.fasta.huge -Q ../query/KIAA0126.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0126, 1075 aa vs ./tmplib.23147 library 1986430 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9835+/-0.00494; mu= 15.2907+/- 0.336 mean_var=79.0575+/-19.028, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 93 in 1/39 Lambda= 0.144246 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0684 ( 1218 res) hk07567 (1218) 738 164.2 1e-40 KIAA0860 ( 551 res) hk06518 ( 551) 133 38.0 0.0045 >>KIAA0684 ( 1218 res) hk07567 (1218 aa) initn: 610 init1: 326 opt: 738 Z-score: 823.0 bits: 164.2 E(): 1e-40 Smith-Waterman score: 1058; 27.361% identity (58.906% similar) in 932 aa overlap (172-1068:339-1214) 150 160 170 180 190 200 KIAA01 ARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSCFQRAKEEITKVPENLLPFA : .. :: ::.:. : :.:. : KIAA06 GASSLSSLGASGGASNWDSYSDHFTIETCKETDMLNYLIECFDRVGIEEKKAPKMCSQPA 310 320 330 340 350 360 210 220 230 240 250 260 KIAA01 VQCRNLTVSNTRTVLLTLEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGAREYMNKIYFEDVTEFLEEV : . .:: :. .. : :. : .:. .. .. . :..:. KIAA06 V---SQLLSNIRSQCISHTALVLQGSLTQPRSLQQPSFLVPYMLCRNLPY----GFIQEL 370 380 390 400 410 420 270 280 290 300 310 KIAA01 IEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIK----DLELCQILLYAYLDIL-LYFTRQKDMA ... :::: : ...::... : : : . . :.: .. : . . . KIAA06 VRTTHQDEEV--FKQIFIPILQGLALAAKECSLDSDYFKYPLMALGELCETKFGKTHPVC 430 440 450 460 470 320 330 340 350 360 370 KIAA01 KVF--VEYIQPKD--PTNGQMYQK-TLLGVILSISCLLKTP-GVVENHGYFLNPSRSSPQ .. .. ::. : :. :. . ::...:.: . . :::. :: .:. . . KIAA06 NLVASLRLWLPKSLSPGCGRELQRLSYLGAFFSFSVFAEDDVKVVEK--YFSGPA-ITLE 480 490 500 510 520 530 380 390 400 410 420 430 KIAA01 EIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGRTKIWANQM . .: ...... .......:...: :. ::.. ::... ..:: .... ... KIAA06 NTRVVSQSLQHYLELGRQELFKILHSIL-LNGETREAALSYMAAVVNANMKKAQMQTDD- 540 550 560 570 580 590 440 450 460 470 480 KIAA01 PEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTY-----CALKELNDEERK .. ..:.:.::. .: .: . .: : .::: : . ::: : KIAA06 -----RLVSTDGFMLNFLWVLQQLSTKI------KLETVDPTYIFHPRCRITLPNDETR- 600 610 620 630 640 490 500 510 520 530 KIAA01 IKNVHMRGL-DKETCLI---PAVQEPKFPQNYNLVT---ENLA-LTEYTLYLGFHRLHDQ :. :. . : : : : .::::: . ..: ..:. : :. : . KIAA06 -VNATMEDVNDWLTELYGDQPPFSEPKFPTECFFLTLHAHHLSILPSCRRYIRRLRAIRE 650 660 670 680 690 700 540 550 560 570 580 590 KIAA01 MVKINQNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLRE-------QFERLMTIYLSTKTAMTEPQML . . ..:. . :.: :: : :: :...:. . ... . ..: KIAA06 LNRTVEDLKNNESQWKD-----SPLATRHREMLKRCKTQLKKLVRCKACADAGLLDESFL 710 720 730 740 750 600 610 620 630 640 KIAA01 QNCLNLQVSMAVLLVQLAIGNEGSQPIELTFPL-PDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLR . :::. ::.:: . ..:.:: : . .: .:::.......::.:. KIAA06 RRCLNFYG----LLIQLLLRILDPAYPDITLPLNSDVPKVFAALPEFYVEDVAEFLFFIV 760 770 780 790 800 810 650 660 670 680 690 700 KIAA01 RFADDILETSADSLEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVS ... . : . .. :.... . . ..::.: :::.::. . : .. : .. KIAA06 QYSPQALYEPCT--QDIVMFLVVMLCNQNYIRNPYLVAKLVEVMFMTNPAVQ----PRTQ 820 830 840 850 860 710 720 730 740 750 760 KIAA01 SVFHRKRVFCNFQYAPQL-AEALIKVFVDIEFTGDPHQFEQKFNYRRPMYPILRYMWGTD . :. .. : . .: . .:.: ..:.: :: .: .::. : . :.. .: KIAA06 KFFE---MIENHPLSTKLLVPSLMKFYTDVEHTGATSEFYDKFTIRYHISTIFKSLW--- 870 880 890 900 910 920 770 780 790 800 810 820 KIAA01 TYRESIKDLADYASKNLEAMNPPLFLRFLNLLMNDAIFLLDEAIQYLSKI-KIQQIEKDR ...: ... : . :.:..:.:.::. :::::... :..: ..:. :.. KIAA06 ------QNIAHHGTFMEEFNSGKQFVRYINMLINDTTFLLDESLESLKRIHEVQEEMKNK 930 940 950 960 970 830 840 850 860 870 880 KIAA01 GEWDSLTPEARREKEAGLQMFGQLARFHNIMSNETIGTLAFLTSEIKSLFVHPFLAERII .::.: . .. ... : . ...: . ...::. . .::..... :..: :. :. KIAA06 EQWDQLPRDQQQARQSQLAQDERVSRSYLALATETVDMFHILTKQVQKPFLRPELGPRLA 980 990 1000 1010 1020 1030 890 900 910 920 930 940 KIAA01 SMLNYFLQHLVGPKMGALKVKDFSEFDFKPQQLVSDICTIYLNLGDEENFCATVPKDGRS .:::. ::.: ::: :::.. .. :.:..:.... :::.: : : .. : :: KIAA06 AMLNFNLQQLCGPKCRDLKVENPEKYGFEPKKLLDQLTDIYLQL-DCARFAKAIADDQRS 1040 1050 1060 1070 1080 1090 950 960 970 980 990 1000 KIAA01 YSPTLFAQTVRVLKKIN-KPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIM :: :: ... ..: . : : :. :::... .. . . : :.:: ::: ::.: KIAA06 YSKELFEEVISKMRKAGIKSTIAIEKFKLLAEKVEEIVAKNARAEIDYSDAPDEFRDPLM 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA01 STLMCDPVVLPSSRVTVDRSTIARHLLSDQTDPFNRSPLTMDQIRPNTELKEKIQRWLAE .::: ::: :::. . .::: : ::::.. ::::::. :: ....: ::::.:: :. : KIAA06 DTLMTDPVRLPSGTI-MDRSIILRHLLNSPTDPFNRQTLTESMLEPVPELKEQIQAWMRE 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1070 KIAA01 RKQQKEQLE .. KIAA06 KQNSDH >>KIAA0860 ( 551 res) hk06518 (551 aa) initn: 107 init1: 78 opt: 133 Z-score: 147.0 bits: 38.0 E(): 0.0045 Smith-Waterman score: 133; 35.714% identity (60.714% similar) in 84 aa overlap (988-1064:260-342) 960 970 980 990 1000 1010 KIAA01 RVLKKINKPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIMSTLMCDPVVLP :. : :. .:::::: .: :..:: KIAA08 DVALQAPALPMESDCDPGDQPESQQAPSSLQKLAEIIQDVPEEFLDPITLEIMPCPMLLP 230 240 250 260 270 280 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA01 SSRVTVDRSTIARHLLSDQT------DPFNRSPLT-MDQIRPNTELKEKIQRWLAERKQQ :..: .:.::. . :. : :::. .: .: :. :: .:...: KIAA08 SGKV-IDQSTLEKCNRSEATWGRVPSDPFTGVAFTPHSQPLPHPSLKARIDHFLLQHSIP 290 300 310 320 330 340 KIAA01 KEQLE KIAA08 GCHLLGRAQTALAVIPSSIVLPSQKRKIEQAEHVPDSNFGVNASCFSATSPLVLPTTSEH 350 360 370 380 390 400 1075 residues in 1 query sequences 1986430 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:34 2008 done: Thu Dec 18 15:08:34 2008 Total Scan time: 0.690 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]