# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk05583.fasta.huge -Q ../query/KIAA0099.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0099, 1175 aa vs ./tmplib.23147 library 1986330 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9949+/-0.00784; mu= -1.5747+/- 0.530 mean_var=319.4080+/-76.530, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.071763 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0235 ( 1064 res) ha04677s1 (1064) 3277 354.0 6.8e-98 KIAA0020 ( 647 res) ha00602 ( 647) 272 42.7 0.00022 >>KIAA0235 ( 1064 res) ha04677s1 (1064 aa) initn: 4898 init1: 1696 opt: 3277 Z-score: 1849.4 bits: 354.0 E(): 6.8e-98 Smith-Waterman score: 5277; 76.608% identity (89.096% similar) in 1073 aa overlap (141-1175:1-1064) 120 130 140 150 160 170 KIAA00 SGGGGYNNSKHRWPTGDNIHAEHQVRSMDELNHDFQALALEGRAMGEQLLPGKKFWETDE .::::::::::.:.::: ::: ::::: :. 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