# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03631.fasta.huge -Q ../query/KIAA0083.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0083, 1077 aa vs ./tmplib.23147 library 1986428 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.1497+/-0.00509; mu= 20.7207+/- 0.347 mean_var=92.7637+/-21.718, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.133163 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0221 ( 1151 res) ha02799 (1151) 299 68.9 4.5e-12 KIAA1404 ( 1925 res) eg01672 (1925) 247 59.3 6.1e-09 KIAA0625 ( 2663 res) hg04796s1 (2663) 223 54.9 1.8e-07 KIAA0054 ( 1943 res) ha00503s1 (1943) 207 51.6 1.3e-06 KIAA1769 ( 2114 res) af00171 (2114) 198 49.9 4.4e-06 >>KIAA0221 ( 1151 res) ha02799 (1151 aa) initn: 505 init1: 182 opt: 299 Z-score: 308.6 bits: 68.9 E(): 4.5e-12 Smith-Waterman score: 616; 29.926% identity (59.480% similar) in 538 aa overlap (573-1067:449-943) 550 560 570 580 590 600 KIAA00 SLFALSRGYVKEINMTTVTCLLDRNLSVLPESTLF-RLDQEEKNCDIDTPLGNLSKLMEN .:: : :... :. .: ..: . . 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KIAA02 REAIDSPVSFLALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLM 590 600 610 620 630 640 760 770 780 790 800 KIAA00 NSQLIVATTCMGINHPIFSRKIFDFCIVDEASQISQPICLGPLFF-SRRFVLVGDHQQLP :.. .. ::.: . : ... : ..::..: ..: :. :. . .....::::: :: KIAA02 NAD-VICCTCVGAGDPRLAKMQFRSILIDESTQATEPECMVPVVLGAKQLILVGDHCQLG 650 660 670 680 690 700 810 820 830 840 850 860 KIAA00 PLVLNREARALGMSESLFKRLEQNKSAVVQLTVQYRMNSKIMSLSNKLTYEGKLECGSDK :.:. ..: :.:.:::.:: ..: :::::. . .. ... :::.:. : KIAA02 PVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVLGIRPIRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYEGSLQNG--- 710 720 730 740 750 870 880 890 900 910 920 KIAA00 VANAVINLRHFKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKVPAPEQVEKGGVS :. : :: ..: : .:..:. : :. . :.. ..:.: KIAA02 VTAA-------DRVKKGFDF-------QWP----QPDKPMFFYVTQ---GQEEIASSGTS 760 770 780 790 930 940 950 960 970 980 KIAA00 --NVTEAKLIVFLTSIFVKAGCSPSDIGIIAPYR-------QQLKIINDLLARSIGMVEV : ::: . .:. ..::: .:..::::.::. : ... ..: .. ::. KIAA02 YLNRTEAANVEKITTKLLKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEI 800 810 820 830 840 850 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA00 NTVDKYQGRDKSIVLVSFVRSNKDGTVGELLKDWRRLNVAITRAKHKLILLGCVPSLNCY .:: .:::.:.....: ::.:. .: .:.: ::::::.:::.. .:..: .:. KIAA02 ASVDAFQGREKDFIILSCVRANEHQGIG-FLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSKQ 860 870 880 890 900 910 1050 1060 1070 KIAA00 PPLEKLLNHLNSEKLIIDLP-SREHESLCHILGDFQRE : ..:::. . .:.... : . .::: KIAA02 PLWNHLLNYYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFMTTAMYDAREAII 920 930 940 950 960 970 >>KIAA1404 ( 1925 res) eg01672 (1925 aa) initn: 296 init1: 115 opt: 247 Z-score: 252.4 bits: 59.3 E(): 6.1e-09 Smith-Waterman score: 322; 27.869% identity (57.377% similar) in 366 aa overlap (726-1076:956-1289) 700 710 720 730 740 750 KIAA00 HSAVDNILLKLAKFKIGFLRLGQIQKVHPAIQQFTEQEICRSKSIKSLALLEELY---NS : .. .: .. . : : :.:. .. 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KIAA14 QGEENDIILLSLVRSNQEGKVG-FLQISNRICVALSRAKKGMYCIGNMQMLAKVPLWSKI 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1050 1060 1070 KIAA00 LNHLNSEKLI---IDLPSREH---ESLCHILGDFQRE .. : .. : . : ..: ..: .:::. KIAA14 IHTLRENNQIGPMLRLCCQNHPETHTLVSKASDFQKVPEGGCSLPCEFRLGCGHVCTRAC 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA14 HPYDSSHKEFQCMKPCQKVICQEGHRCPLVCFQECQPCQVKVPKIIPRCGHEQMVPCSVP 1320 1330 1340 1350 1360 1370 >>KIAA0625 ( 2663 res) hg04796s1 (2663 aa) initn: 393 init1: 160 opt: 223 Z-score: 226.0 bits: 54.9 E(): 1.8e-07 Smith-Waterman score: 352; 30.383% identity (56.637% similar) in 339 aa overlap (717-1037:2121-2414) 690 700 710 720 730 740 KIAA00 FSVLLTSYTHSAVDNILLKLAKFKIGFLRLGQIQKVHPAIQQFTEQEICRSKSIKSLALL :. ::.. .: . . :: . : .. :: KIAA06 REIQRQELDENISKVSKERQELASKIKEVQGRPQKTQ-SIIILESHIICCTLSTSGGLLL 2100 2110 2120 2130 2140 750 760 770 780 790 800 KIAA00 EELYNSQLIVATTCMGINHPIFSRKIFDFCIVDEASQISQPICLGPLFFS-RRFVLVGDH : . .: : .:. :::::.: . : ::. ...:::: KIAA06 ESAFRGQGGVPFSCV---------------IVDEAGQSCEIETLTPLIHRCNKLILVGDP 2150 2160 2170 2180 2190 810 820 830 840 850 KIAA00 QQLPPLVLNREARALGMSESLFKR----LEQN-------KSAVVQLTVQYRMNSKIMSLS .:::: :.. .:. :...:.. : ::.: . ..::::::::. : . KIAA06 KQLPPTVISMKAQEYGYDQSMMARFCRLLEENVEHNMISRLPILQLTVQYRMHPDICLFP 2200 2210 2220 2230 2240 2250 860 870 880 890 900 910 KIAA00 NKLTYEGKLECGSDKVANAVINLRHFKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNT .. .:. .:. . :. . .. :: : :.: .: KIAA06 SNYVYNRNLKTN-----------RQTEAIRCS-------SDWP-----FQP-----YLVF 2260 2270 2280 920 930 940 950 960 970 KIAA00 DKVPAPEQVEKGGVSNVTEAKLIVFLTSIFV--KAGCSPSDIGIIAPYRQQLKIINDLLA : . :. .. . :: : ::.. . ... . : .::::. :. : .:. : KIAA06 DVGDGSERRDNDSYINVQEIKLVMEIIKLIKDKRKDVSFRNIGIITHYKAQKTMIQKDLD 2290 2300 2310 2320 2330 2340 980 990 1000 1010 1020 KIAA00 RSI---GMVEVNTVDKYQGRDKSIVLVSFVRSNK-DGTVGELLKDWRRLNVAITRAKHKL . . : .::.::: .:::.:. :.:. ::.:. .:..: .: . .::::.:::::..: KIAA06 KEFDRKGPAEVDTVDAFQGRQKDCVIVTCVRANSIQGSIG-FLASLQRLNVTITRAKYSL 2350 2360 2370 2380 2390 2400 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA00 ILLGCVPSLNCYPPLEKLLNHLNSEKLIIDLPSREHESLCHILGDFQRE ..:: . .: KIAA06 FILGHLRTLMENQHWNQLIQDAQKRGAIIKTCDKNYRHDAVKILKLKPVLQRSLTHPPTI 2410 2420 2430 2440 2450 2460 >>KIAA0054 ( 1943 res) ha00503s1 (1943 aa) initn: 217 init1: 92 opt: 207 Z-score: 210.8 bits: 51.6 E(): 1.3e-06 Smith-Waterman score: 281; 24.048% identity (52.305% similar) in 499 aa overlap (585-1032:585-1050) 560 570 580 590 600 610 KIAA00 INMTTVTCLLDRNLSVLPESTLFRLDQEEKNCDIDTPLG---NLSKLMENTFVSKKLRDL .:: .. : : : : .. ...: KIAA00 VYEATIEEKTKEYIFLRLSRECCEELNLRPDCDTQVELQFQLNRLPLCEMHYALDRIKDN 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 KIAA00 IIDFREPQFISYLSSVLPHDAKDTVACILKGLNKPQRQAMKKVL----LSKDYTLIVGMP . : :. ::. .. .. . :: :..:. . .. .::.: KIAA00 GVLF--PD-ISMTPTIPWSPNRQWDEQLDPRLNAKQKEAVLAITTPLAIQLPPVLIIGPY 620 630 640 650 660 670 670 680 690 700 710 KIAA00 GTGKTTTICTLVR-ILYACGFSVLLTSYTHSAVDNILLK--LAKF-KIG---------FL ::::: :. :. :: .:. ....::.: . .: : . . : .. KIAA00 GTGKTFTLAQAVKHILQQQETRILICTHSNSAAD-LYIKDYLHPYVEAGNPQARPLRVYF 680 690 700 710 720 730 720 730 740 750 760 770 KIAA00 RLGQIQKVHPAIQQFTEQEICRSKSIKSLALLEELYNSQLIVAT--TCMGINHPIFSRKI : .. :::...:. : ..: .. :.. . ...:.: : . . . . . KIAA00 RNRWVKTVHPVVHQYCL--ISSAHSTFQMPQKEDILKHRVVVVTLNTSQYLCQLDLEPGF 740 750 760 770 780 780 790 800 810 820 KIAA00 FDFCIVDEASQISQPICLGPLFFSR---RFVLVGDHQQLPPLVLNREARALGMSESLFKR : ..:::.: . . :: .. :.::.:::.:: :.: .. :: .. ::. : KIAA00 FTHILLDEAAQAMECETIMPLALATQNTRIVLAGDHMQLSPFVYSEFARERNLHVSLLDR 790 800 810 820 830 840 830 840 850 860 870 880 KIAA00 LEQNKSAV----VQLTVQYRMNSKIMSLSNKLTYEGKLECGSDKVANAVINLRHFKDVKL : .. : . : .:: . :.. ...: ::::: .. . :. :: KIAA00 LYEHYPAEFPCRILLCENYRSHEAIINYTSELFYEGKLMASGKQPAH--------KDF-Y 850 860 870 880 890 890 900 910 920 930 940 KIAA00 ELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKVPAPEQVEKGGVSNVTEAKLIVFLTSIFV : :.. ... : : :. . . :.. . :.::. . : : .. KIAA00 PLTFFTARGED-----VQEKNSTAFYNNAEVFEVVERVEE------LRRKWPVAWGKL-- 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 KIAA00 KAGCSPSDIGIIAPYRQQL-KIINDLLARSIGMVEVNTVDKYQGRDKSIVLVSFVR---- . ..::...:: .:. .: .: . .. :.:. : . ::.. ....: :: KIAA00 ----DDGSIGVVTPYADQVFRIRAELRKKRLSDVNVERVLNVQGKQFRVLFLSTVRTRHT 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA00 -----------------SNKDGTVGELLKDWRRLNVAITRAKHKLILLGCVPSLNCYPPL :..: : .:.... ::.:::::. . ..: KIAA00 CKHKQTPIKKKEQLLEDSTEDLDYG-FLSNYKLLNTAITRAQSLVAVVGDPIALCSIGRC 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1050 1060 1070 KIAA00 EKLLNHLNSEKLIIDLPSREHESLCHILGDFQRE KIAA00 RKFWERFIALCHENSSLHGITFEQIKAQLEALELKKTYVLNPLAPEFIPRALRLQHSGST 1070 1080 1090 1100 1110 1120 >>KIAA1769 ( 2114 res) af00171 (2114 aa) initn: 230 init1: 111 opt: 198 Z-score: 201.1 bits: 49.9 E(): 4.4e-06 Smith-Waterman score: 305; 27.221% identity (56.734% similar) in 349 aa overlap (729-1057:1776-2099) 700 710 720 730 740 750 KIAA00 VDNILLKLAKFKIGFLRLGQIQKVHPAIQQFTEQEICRSKSIKSLALLEELYNSQLIVAT :..... :.. : :: ..:. : KIAA17 ITLHHRIRQAPNPYSSEIKAFDTRLQRGELFSREDLVWYKKVLWEARKFELDRHEVILCT 1750 1760 1770 1780 1790 1800 760 770 780 790 800 810 KIAA00 -TCMGINHPIFSRKIFDF--CIVDEASQISQPICLGPLF-F--SRRFVLVGDHQQLPPLV .: . : ::.: .::::.. ..: : :: : ... ::.:::.:: :.: KIAA17 CSCAASA----SLKILDVRQILVDEAGMATEPETLIPLVQFPQAEKVVLLGDHKQLRPVV 1810 1820 1830 1840 1850 1860 820 830 840 850 860 870 KIAA00 LNREARALGMSESLFKRLEQNKSAVVQLTVQYRMNSKIMSLSNKLTYEGKLECGSDKVAN :.. . ::...:::.: ... .: .::::. : .. . :..::. . KIAA17 KNERLQNLGLDRSLFERYHEDAH---MLDTQYRMHEGICAFPSVAFYKSKLKTWQ----- 1870 1880 1890 1900 1910 880 890 900 910 920 930 KIAA00 AVINLRHFKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKVPAPEQVEKGGVSNVT .::. .: .: . : ..: . .. ...:: . .... .:. KIAA17 ---GLRRPPSV----LGHAGKESCPVIFGHVQGHERSLLVSTD------EGNENSKANLE 1920 1930 1940 1950 1960 940 950 960 970 980 990 KIAA00 EAKLIVFLTS-IFVKAGCSPSDIGIIAPYRQQLKIINDLLAR-SIGMVEVNTVDKYQGRD :. .: .:. . . :.::....:: : . :. : : .:. : :... : :: . KIAA17 EVAEVVRITKQLTLGRTVEPQDIAVLTPYNAQASEISKALRREGIAGVAVSSITKSQGSE 1970 1980 1990 2000 2010 2020 1000 1010 1020 1030 KIAA00 KSIVLVSFVRSNKDGTVGEL-LKDWRR-----------LNVAITRAKHKLILLGCVPSLN :::: ::. . . . :.: . .:::.:::.. : :.: : KIAA17 WRYVLVSTVRTCAKSDLDQRPTKSWLKKFLGFVVDPNQVNVAVTRAQEGLCLIGDHLLLR 2030 2040 2050 2060 2070 2080 1040 1050 1060 1070 KIAA00 CYPPLEKLLNHLNSEKLIIDLPSREHESLCHILGDFQRE : : ..::. .... .. KIAA17 CCPLWRSLLDFCEAQQTLVPAGQVRVCRRPTMPS 2090 2100 2110 1077 residues in 1 query sequences 1986428 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:10 2008 done: Thu Dec 18 15:07:11 2008 Total Scan time: 0.700 Total Display time: 0.250 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]