# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha01062.fasta.nr -Q ../query/KIAA0056.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0056, 1507 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7826341 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4257+/-0.000191; mu= 14.2320+/- 0.011 mean_var=84.0570+/-16.523, 0's: 39 Z-trim: 42 B-trim: 1565 in 1/64 Lambda= 0.139890 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|73954576|ref|XP_546388.2| PREDICTED: similar to (1489) 8051 1635.9 0 gi|74353807|gb|AAI01929.1| Non-SMC condensin II co (1494) 7293 1482.9 0 gi|82592921|sp|Q6ZQK0.2|CNDD3_MOUSE RecName: Full= (1506) 6619 1346.9 0 gi|161016797|ref|NP_835214.2| non-SMC condensin II (1506) 6612 1345.5 0 gi|148693370|gb|EDL25317.1| RIKEN cDNA B130055D15, (1505) 6611 1345.3 0 gi|74224057|dbj|BAE23883.1| unnamed protein produc (1506) 6603 1343.7 0 gi|194213003|ref|XP_001918000.1| PREDICTED: non-SM (1447) 6576 1338.2 0 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hypothetical protein B (1220) 1348 283.0 9e-73 gi|115699963|ref|XP_795749.2| PREDICTED: similar t (1532) 1312 275.9 1.6e-70 gi|149572238|ref|XP_001514786.1| PREDICTED: simila ( 193) 1087 229.7 1.6e-57 gi|190589511|gb|EDV29533.1| hypothetical protein T (1153) 972 207.1 6e-50 gi|222864559|gb|EEF01690.1| predicted protein [Pop (1272) 902 193.0 1.2e-45 gi|158603236|gb|EDP39241.1| conserved hypothetical (1462) 882 189.1 2.1e-44 gi|215500699|gb|EEC10193.1| condensin, putative [I (1545) 863 185.2 3.1e-43 gi|77556080|gb|ABA98876.1| G14587-6, putative, exp (1288) 857 184.0 6.3e-43 gi|12859436|dbj|BAB31654.1| unnamed protein produc ( 157) 834 178.6 3.2e-42 gi|157336274|emb|CAO70959.1| unnamed protein produ (1411) 843 181.2 4.8e-42 gi|218187026|gb|EEC69453.1| hypothetical protein O (1284) 842 180.9 5.2e-42 gi|154757568|gb|AAI51750.1| NCAPD3 protein [Bos ta ( 164) 791 169.9 1.4e-39 gi|2326344|emb|CAA72072.1| G14587-6 [Arabidopsis t ( 672) 773 166.8 4.9e-38 gi|212505780|gb|EEB10160.1| conserved hypothetical (1539) 777 167.9 5.3e-38 gi|222617241|gb|EEE53373.1| hypothetical protein O (1870) 778 168.2 5.3e-38 gi|5281022|emb|CAB45995.1| hypothetical protein [A (1314) 773 167.0 8.2e-38 gi|2326352|emb|CAA72043.1| hypothetical protein [A ( 672) 769 166.0 8.6e-38 gi|60470543|gb|EAL68523.1| hypothetical protein DD (1791) 613 134.8 5.4e-28 gi|121913416|gb|EAY18226.1| conserved hypothetical (1127) 548 121.6 3.4e-24 gi|156542843|ref|XP_001599859.1| PREDICTED: simila (1367) 548 121.6 3.9e-24 gi|121894944|gb|EAY00145.1| hypothetical protein T (1131) 474 106.6 1.1e-19 gi|187040827|emb|CAP20511.1| C. briggsae CBR-HCP-6 (1714) 468 105.6 3.4e-19 gi|37544024|gb|AAQ93030.1| condensin II non-SMC su ( 203) 426 96.3 2.4e-17 gi|146332092|gb|ABQ22552.1| condensin-II complex s ( 70) 415 93.7 5e-17 gi|163771899|gb|EDQ85558.1| predicted protein [Mon ( 897) 396 90.8 4.9e-15 gi|23490858|gb|EAA22533.1| hypothetical protein [P ( 402) 274 65.9 6.9e-08 gi|23496294|gb|AAN35952.1|AE014841_35 hypothetical (1337) 278 67.1 9.8e-08 gi|56499636|emb|CAH98483.1| conserved hypothetical (1147) 269 65.3 3.1e-07 gi|194132807|gb|EDW54375.1| GM18553 [Drosophila se (1267) 268 65.1 3.8e-07 gi|209555695|gb|EEA05740.1| hypothetical protein, (1841) 270 65.6 3.8e-07 >>gi|73954576|ref|XP_546388.2| PREDICTED: similar to Hol (1489 aa) initn: 4507 init1: 3988 opt: 8051 Z-score: 8772.6 bits: 1635.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 8051; 82.254% identity (93.320% similar) in 1482 aa overlap (29-1507:12-1489) 10 20 30 40 50 60 KIAA00 AAASRCPGIMVALRGLGSGLQPWCPLDLRLEWVDTVWELDFTETEPLDPSIEAEIIETGL .: :::.::: ::::.::::: .::::.:::: gi|739 MLQPRKRRSPEQLGWVDAVWEADFTEAEPLDPRVEAEILETGL 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA00 AAFTKLYESLLPFATGEHGSMESIWTFFIENNVSHSTLVALFYHFVQIVHKKNVSVQYRE .:::::.:...:::: ::: ::::.::::: ::: .:::::::::: :: ..:::: :. gi|739 SAFTKLHEGIVPFATEEHGPAESIWSFFIENRVSHRALVALFYHFVQAVHTRSVSVQCRQ 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 KIAA00 YGLHAAGLYFLLLEVPGSVANQVFHPVMFDKCIQTLKKSWPQESNLNRKRKKEQPKSSQA 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:.:::::::::::.:::::::.::::::::::::: ::. ::::::.::::::::::.: gi|739 VLRILLQHICAKVTDKSEYRTYAAQSLVQLLSKLPNKEYSTFIAWLYRYSRSSKIPHRIF 350 360 370 380 390 400 430 440 450 460 470 480 KIAA00 TLDVVLALLELPEREVDNTLSLEHQKFLKHKFLVQEIMFDRCLDKAPTVRSKALSSFAHC :::::::::::::: :::::::::::.::::::::.:.::::.::::::::::::::::: gi|739 TLDVVLALLELPERAVDNTLSLEHQKLLKHKFLVQKIIFDRCVDKAPTVRSKALSSFAHC 410 420 430 440 450 460 490 500 510 520 530 540 KIAA00 LELTVTSASESILELLINSPTFSVIESHPGTLLRNSSAFSYQRQTSNRSEPSGEINIDSS ::..:: :::::::: ::: : ..::: :::::.:::::::::: : :: :: :: ::: gi|739 LEVSVT-ASESILELKINSKYFHLVESHSGTLLRSSSAFSYQRQTLNPSEGSGMINTDSS 470 480 490 500 510 520 550 560 570 580 590 600 KIAA00 GETVGSGERCVMAMLRRRIRDEKTNVRKSALQVLVSILKHCDVSGMKEDLWILQDQCRDP ::: :: ::.::::..:::::::::::::::::.::::::..:::::.: .:::: ::: gi|739 GETDGSEVRCIMAMLKKRIRDEKTNVRKSALQVLLSILKHCNISGMKEELSLLQDQSRDP 530 540 550 560 570 580 610 620 630 640 650 660 KIAA00 AVSVRKQALQSLTELLMAQPRCVQIQKAWLRGVVPVVMDCESTVQEKALEFLDQLLLQNI :::::::::::::::::::::::::::::: :..:.:::::::::::::: ::::::::: gi|739 AVSVRKQALQSLTELLMAQPRCVQIQKAWLTGIIPAVMDCESTVQEKALECLDQLLLQNI 590 600 610 620 630 640 670 680 690 700 710 720 KIAA00 RHHSHFHSGDDSQVLAWALLTLLTTESQELSRYLNKAFHIWSKKEKFSPTFINNVISHTG .:...::.::.::::::::::::.::.::::::::::::::::::::: .:::.::: : gi|739 KHYNKFHTGDNSQVLAWALLTLLSTENQELSRYLNKAFHIWSKKEKFSSSFINHVISFTD 650 660 670 680 690 700 730 740 750 760 770 780 KIAA00 TEHSAPAWMLLSKIAGSSPRLDYSRIIQSWEKISSQQNPNSNTLGHILCVIGHIAKHLPK ::::::::::::::: :::.:::..:: ::.:.::::::::::::::::::::::::::: gi|739 TEHSAPAWMLLSKIACSSPKLDYTKIIASWDKLSSQQNPNSNTLGHILCVIGHIAKHLPK 710 720 730 740 750 760 790 800 810 820 830 840 KIAA00 STRDKVTDAVKCKLNGFQWSLEVISSAVDALQRLCRASAETPAEEQELLTQVCGDVLSTC ::::::::..::::::::::::.::.:::.::::::::::::.:::::: :::::::::: gi|739 STRDKVTDVIKCKLNGFQWSLELISAAVDTLQRLCRASAETPVEEQELLKQVCGDVLSTC 770 780 790 800 810 820 850 860 870 880 890 900 KIAA00 EHRLSNIVLKENGTGNMDEDLLVKYIFTLGDIAQLCPARVEKRIFLLIQSVLASSADADH . ::.::::..: :::::::.::::::::::::::::::::: ::::::.::::.:::: gi|739 VQSLSDIVLKQSGPGNMDEDLFVKYIFTLGDIAQLCPARVEKRAFLLIQSILASSVDADH 830 840 850 860 870 880 910 920 930 940 950 960 KIAA00 SPSSQGSSEAPASQPPPQVRGSVMPSVIRAHAIITLGKLCLQHEDLAKKSIPALVRELEV ::::::..:: :: :::: :.:::::::..::::::::::::::::::::::::::: gi|739 PTSSQGSSDTPAFQPLSQVRGCVIPSVIRAHTVITLGKLCLQHEDLAKKSIPALVRELEV 890 900 910 920 930 940 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA00 CEDVAVRNNVIIVMCDLCIRYTIMVDKYIPNISMCLKDSDPFIRKQTLILLTNLLQEEFV :.::::::::.:::::::::::.::::::::::::::::.:::::::::::::::::::: gi|739 CDDVAVRNNVVIVMCDLCIRYTVMVDKYIPNISMCLKDSSPFIRKQTLILLTNLLQEEFV 950 960 970 980 990 1000 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA00 KWKGSLFFRFVSTLIDSHPDIASFGEFCLAHLLLKRNPVMFFQHFIECIFHFNNYEKHEK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|739 KWKGSLFFRFVSTLIDSHPDIASFGEFCLAHLLLKRNPVMFFQHFIECIFHFNNYEKHEK 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA00 YNKFPQSEREKRLFSLKGKSNKERRMKIYKFLLEHFTDEQRFNITSKICLSILACFADGI 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PAVSQPCT-PRASAGHVAVSSPTPETGPLQRLLPKARPMSLSTIAILNSVKKAVESKSRH ..::: : :.: :... ::.:::: :.:..::.:::::::::::::::::::::::: gi|739 AVASQPSTEPKAIASQAPPLSPAPETGLLKRFIPKGRPMSLSTIAILNSVKKAVESKSRH 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA00 RSRSLGVLPFTLNSGSPEKTCSQVSSYSLEQESNGEIEHVTKRAISTPEKSISDVTFGAG .::: ::: ..:. .:.: ...::::::::.: .::::::::::::.::.::::::: gi|739 HSRSTGVLSLSLSPERLDKVCHRATSYSLEQESSGAVEHVTKRAISTPERSINDVTFGAG 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA00 VSYIGTPRTPSSAKEKIEGRSQGNDILCLSLPDKPPPQPQQWNVRSPARNKDTPACSRRS :::::::.::: .:::::.. :::::::::::::::::::::::.:: ::::.:: :::: gi|739 VSYIGTPQTPS-VKEKIEAQCQGNDILCLSLPDKPPPQPQQWNVKSP-RNKDNPAPSRRS 1430 1440 1450 1460 1470 1500 KIAA00 LRKTPLKTAN ::: :::::: gi|739 LRKIPLKTAN 1480 >>gi|74353807|gb|AAI01929.1| Non-SMC condensin II comple (1494 aa) initn: 4420 init1: 1899 opt: 7293 Z-score: 7945.8 bits: 1482.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 7293; 74.801% identity (89.324% similar) in 1508 aa overlap 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