# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha01049.fasta.huge -Q ../query/KIAA0055.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0055, 1120 aa vs ./tmplib.23147 library 1986385 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6500+/-0.0111; mu= -8.2134+/- 0.745 mean_var=444.6347+/-108.797, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 136 in 1/39 Lambda= 0.060824 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0529 ( 952 res) hg02898s1 ( 952) 664 73.4 1.7e-13 KIAA0891 ( 1371 res) hk08201 (1371) 630 70.6 1.7e-12 KIAA1097 ( 980 res) hk07058 ( 980) 402 50.5 1.4e-06 KIAA1003 ( 917 res) hk09911 ( 917) 384 48.8 4.1e-06 KIAA1063 ( 593 res) hj04848 ( 593) 358 46.3 1.5e-05 KIAA0190 ( 813 res) ha03225 ( 813) 271 38.9 0.0037 >>KIAA0529 ( 952 res) hg02898s1 (952 aa) initn: 649 init1: 649 opt: 664 Z-score: 334.2 bits: 73.4 E(): 1.7e-13 Smith-Waterman score: 664; 41.841% identity (67.782% similar) in 239 aa overlap (729-967:214-448) 700 710 720 730 740 750 KIAA00 KAKPQIPAERDREPSKLKRSYSSPDITQAIQEEEKRKPTVTPTVNRENKPTCYPKAEISR ..:. : : : .:. : : : KIAA05 MSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCLP----SY 190 200 210 220 230 760 770 780 790 800 810 KIAA00 LSASQIRNLNPVFGGSGPALTGLRNLGNTCYMNSILQCLCNAPHLADYFNRNCYQDDINR . .. .: .. :.: :: ::::::.::: .::: :.: :..:: . ::...: KIAA05 TAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNF 240 250 260 270 280 290 820 830 840 850 860 870 KIAA00 SNLLGHKGEVAEEFGIIMKALWTGQYRYISPKDFKITIGKINDQFAGYSQQDSQELLLFL .: :: .::.:. .. ..: .:.:.. :..:. :: .:.. ::.::.::: :::: :: KIAA05 DNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFL 300 310 320 330 340 350 880 890 900 910 920 930 KIAA00 MDGLHEDLNKADNRKRYKEENNDHLDDFKAAEHAWQKHKQLNESIIVALFQGQFKSTVQC .::::::::. .. . .. : : .::.::..: . :.:::: .:.: ::::. : KIAA05 LDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVC 360 370 380 390 400 410 940 950 960 970 980 990 KIAA00 LTCHKKSRTFEAFMYLSLPLASTSKCTLQDCLRLFSKEEKLTDNNRFYCSHCRARRDSLK : : : ::. : ::.::: .. ::. KIAA05 PECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTA 420 430 440 450 460 470 >>KIAA0891 ( 1371 res) hk08201 (1371 aa) initn: 1032 init1: 578 opt: 630 Z-score: 316.2 bits: 70.6 E(): 1.7e-12 Smith-Waterman score: 630; 38.112% identity (64.685% similar) in 286 aa overlap (687-963:451-734) 660 670 680 690 700 710 KIAA00 WAKFLDPITGTFRYYHSPTNTVHMYPPEMAPSSAPP--STPPTHKAKPQIPAERDREPSK :.. : :::: .: :. : : KIAA08 IDICLRKRQSQRWGGLEAPAARVGGAKVAVPTGPTPLDSTPPGGAPHPLTGQEEARAVEK 430 440 450 460 470 480 720 730 740 750 760 KIAA00 LKRSYSSPDITQAIQEEEKRKPT--VTPTVNRE---NKPTCY-PKAEISRLSASQIRNLN : . : : ... : : ::: . . ::::. : : .:...... . KIAA08 DKSKARSEDT--GLDSVATRTPMEHVTPKPETHLASPKPTCMVPPMPHSPVSGDSVEEEE 490 500 510 520 530 770 780 790 800 810 820 KIAA00 PVFGGSG-PALTGLRNLGNTCYMNSILQCLCNAPHLADYFNRNCYQDDINRSNLLGHKGE :..::: ::::::.:::..: : :. .: :.:. .. .:: .: :: :. 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KIAA01 RFVYEKTGGCQKLIKNIEYPVD-LEISKELLSPGVKNKNFKCHRTYRLFAVVYHHGNSAT 710 720 730 740 750 760 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA00 GGHYTAYCKNAARQRWFKFDDHEVSDIS-VSSVKSSA---AYILFYTSLGPRVTDVAT :::::. . . . :...::. :. :. . :: .: ::.:.: KIAA01 GGHYTTDVFQIGLNGWLRIDDQTVKVINQYQVVKPTAERTAYLLYYRRVDLL 770 780 790 800 810 1120 residues in 1 query sequences 1986385 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:11 2008 done: Thu Dec 18 15:06:12 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.170 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]