# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha01311.fasta.huge -Q ../query/KIAA0048.ptfa ./tmplib.23147 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
KIAA0048, 627 aa
vs ./tmplib.23147 library
1986878 residues in 2037 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2978+/-0.00971; mu= -22.2987+/- 0.653
mean_var=459.0916+/-114.129, 0's: 0 Z-trim: 53 B-trim: 16 in 1/39
Lambda= 0.059858
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2037)
KIAA0972 ( 702 res) hj06859 ( 702) 317 41.9 0.00022
KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 308 41.0 0.00028
KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 304 40.8 0.00049
KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 298 40.3 0.00066
KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 296 40.0 0.00066
KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 295 39.9 0.00067
KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 294 39.9 0.00076
KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 291 39.6 0.00086
KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 297 40.3 0.00087
KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 292 39.8 0.0011
KIAA1951 ( 679 res) fj05532 ( 679) 289 39.5 0.0011
KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 285 39.1 0.0013
KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 287 39.4 0.0014
KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 289 39.6 0.0014
KIAA1827 ( 469 res) fk01409 ( 469) 280 38.6 0.0015
KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 286 39.3 0.0015
KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 280 38.6 0.0016
KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 277 38.3 0.0018
KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 277 38.4 0.002
KIAA0961 ( 530 res) hj05830 ( 530) 275 38.2 0.0022
KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 282 39.0 0.0022
KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 273 38.0 0.0022
KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 276 38.3 0.0023
KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 276 38.3 0.0023
KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 274 38.1 0.0024
KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 271 37.8 0.0025
KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 276 38.5 0.0029
KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 273 38.2 0.0032
KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 273 38.2 0.0036
KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 265 37.3 0.0037
KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 266 37.4 0.0038
KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 268 37.7 0.0041
KIAA0798 ( 682 res) hk06584 ( 682) 267 37.6 0.0042
KIAA1285 ( 785 res) hh11563(revised) ( 785) 265 37.5 0.0053
KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 257 36.7 0.007
KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 254 36.3 0.0071
KIAA1993 ( 532 res) bg00180 ( 532) 254 36.4 0.0076
KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 253 36.3 0.0086
>>KIAA0972 ( 702 res) hj06859 (702 aa)
initn: 398 init1: 194 opt: 317 Z-score: 170.7 bits: 41.9 E(): 0.00022
Smith-Waterman score: 317; 44.860% identity (68.224% similar) in 107 aa overlap (521-621:481-585)
500 510 520 530 540
KIAA00 LSPTQIQLQMEQALAGETQPGEKRRRMACTCPNC-KDGEKRSGEQGKKK-HVCHIP----
: .: : ..: .:... :. . :
KIAA09 FECSECGKTFSQKSHLSTHQRIHTAEKPYKCNECGKTFVQKSTLRGHQRIHTGEKPYECS
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
KIAA00 DCGKTFRKTSLLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQC
.::::: . : :: : :.::::. : :: ::: : ....:. : :::::.: ..: .:
KIAA09 ECGKTFVQKSTLRDHHRIHTGEKSFQCNQ--CGKTFGQKSNLRIHQRTHTGEKTYQCNEC
520 530 540 550 560
610 620
KIAA00 QKRFMRSDHLTKHYKTHLVTKNL
.: : :.::: .: :::
KIAA09 EKSFWRKDHLIQHQKTHTGEKPFKCNECGKTFARTSTLRVHQRIHTGEKPFKCNECGKKF
570 580 590 600 610 620
>>KIAA0557 ( 493 res) hh01334 (493 aa)
initn: 562 init1: 185 opt: 308 Z-score: 168.6 bits: 41.0 E(): 0.00028
Smith-Waterman score: 308; 24.194% identity (51.613% similar) in 372 aa overlap (270-621:93-444)
240 250 260 270 280 290
KIAA00 GAPTQLLTESPPTPLSKTNKKARKKSLPASQPPVAVAEQVETVLIETTADNIIQAGNNLL
.: . . ::. .:. ... . .
KIAA05 RQLFRLFCYQEVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQAR
70 80 90 100 110 120
300 310 320 330 340 350
KIAA00 IV-QSPGGGQPAVV--QQVQVVPPKAEQQ--QVVQIPQQALRVV-QAASATLPTVPQKPS
. :.: .:. ::: . .: : : .:. .... . : . : . . :. :
KIAA05 VREQQPESGEEAVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLS
130 140 150 160 170 180
360 370 380 390 400 410
KIAA00 QNFQIQ-AAEPTPTQVYIRTPSGEVQTVLVQDSPPATAAATSNTTCSSPASRAPHLSGTS
. . . ... :.:. : : . . . .::: .. . .:: : ..
KIAA05 LEEEARFSSQQPPAQLSHRPQRGPL--LWPERGPPAPR--HQEMASASPFLSAWSQVPVN
190 200 210 220 230
420 430 440 450 460 470
KIAA00 KKHSAAILRKERPLPKIAPAGSIISLNAAQLAAAAQAMQTININGVQVQGVPVTITNTGG
. :. : :.: . :: : : . ..: .. .: . .:. .
KIAA05 LEDVAVYLSGEEPR-CMDPAQR-----DAPLENEGPGIQ-LEDGGDGREDAPLRME----
240 250 260 270 280
480 490 500 510 520
KIAA00 QQQLTVQNVSGNNLTISGLSPTQIQ--LQMEQALAGETQPGEKRRRMA---CTCPNCKDG
.. .: . . : :. .. .. .: .: ::.. . : :::.: :
KIAA05 WYRVLSARCQGPGHPLPGQRPAPVRGLVRPDQPRGGPP-PGRRASHGADKPYTCPECGKG
290 300 310 320 330 340
530 540 550 560 570
KIAA00 EKRSGE--------QGKKKHVCHIPDCGKTFRKTSLLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKR
..... :.. . : . ::: : : . .: :.::::.:. : ::::
KIAA05 FSKTSHLTKHQRTHTGERPYKCLV--CGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCP--ECGKR
350 360 370 380 390 400
580 590 600 610 620
KIAA00 FTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYKTHLVTKNL
:..:. : : :::.:.. . :.:: ::: :.:.. : .::
KIAA05 FSQSSSLVIHRRTHSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRG
410 420 430 440 450 460
KIAA05 TDLHKHQRTHMGAGSLPTLQPVAPGGPGAKA
470 480 490
>>KIAA1962 ( 746 res) hm00158 (746 aa)
initn: 770 init1: 165 opt: 304 Z-score: 164.3 bits: 40.8 E(): 0.00049
Smith-Waterman score: 304; 44.340% identity (63.208% similar) in 106 aa overlap (519-621:418-519)
490 500 510 520 530 540
KIAA00 SGLSPTQIQLQMEQALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDG--EKRSG-EQGKKKHVCHIPD
: .:... .: : :.::: : :
KIAA19 GDRSQKCSKCGIIFIRRSTLSRRKTPMCEKCRKDSCQEAALNKDEGNESGKKTHKC--SK
390 400 410 420 430 440
550 560 570 580 590 600
KIAA00 CGKTFRKTSLLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQ
:::.: .. : : :.::::.:..:: ::: :. :. : : :::.:.: :.: .:
KIAA19 CGKAFGYSASLTKHRRIHTGEKPYMCNE--CGKAFSDSSSLTPHHRTHSGEKPFKCDDCG
450 460 470 480 490 500
610 620
KIAA00 KRFMRSDHLTKHYKTHLVTKNL
: : : :: :: . :
KIAA19 KGFTLSAHLIKHQRIHTGEKPYKCKDCGRPFSDSSSLIQHQRIHTGEKPYTCSNCGKSFS
510 520 530 540 550 560
>>KIAA1956 ( 680 res) fk08713 (680 aa)
initn: 725 init1: 175 opt: 298 Z-score: 162.1 bits: 40.3 E(): 0.00066
Smith-Waterman score: 298; 36.719% identity (65.625% similar) in 128 aa overlap (498-625:446-568)
470 480 490 500 510 520
KIAA00 TNTGGQQQLTVQNVSGNNLTISGLSPTQIQLQMEQALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDG
.: ... .:: .: : :. . .
KIAA19 HLRNHQRGHTGERPYECGECGKSFSRKGNLIQHQRSHTGE-RPYECRECRKLFRGKSHLI
420 430 440 450 460 470
530 540 550 560 570 580
KIAA00 EKRSGEQGKKKHVCHIPDCGKTFRKTSLLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQ
:.. . :.. . :. .:::.:. .: .:.: :.::::.:: :. ::: : .: :
KIAA19 EHQRVHTGERPYECN--ECGKSFQDSSGFRVHQRVHTGEKPFECSE--CGKSFPQSCSLL
480 490 500 510 520 530
590 600 610 620
KIAA00 RHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYKTHLVTKNL
:: :.:::.. .::..: : : .:. : .: ::: . .
KIAA19 RHRRVHTGERPYECGECGKSFHQSSSLLRHQKTHTAERPYECRECGKFFSSLLEHRRVHT
540 550 560 570 580 590
KIAA19 GERPYECRECGKTFTRRSAHFKHQRLHTRGKPYECSECGKSFAETFSLTEHRRVHTGERP
600 610 620 630 640 650
>>KIAA2007 ( 580 res) fj01689 (580 aa)
initn: 748 init1: 190 opt: 296 Z-score: 162.0 bits: 40.0 E(): 0.00066
Smith-Waterman score: 296; 41.121% identity (68.224% similar) in 107 aa overlap (521-621:329-433)
500 510 520 530 540
KIAA00 LSPTQIQLQMEQALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKRSGEQGK--KKHVCHIP----
: .: . ::.. . : :. . :
KIAA20 YKCKDCGRAFTVSSCLSQHMKIHVGEKPYECKECGIAFTRSSQLTEHLKTHTAKDPFECK
300 310 320 330 340 350
550 560 570 580 590 600
KIAA00 DCGKTFRKTSLLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQC
:::.::..: : : :.::: .:. :. ::: ::....: .:::::.:.. .:: .:
KIAA20 ICGKSFRNSSCLSDHFRIHTGIKPYKCKD--CGKAFTQNSDLTKHARTHSGERPYECKEC
360 370 380 390 400 410
610 620
KIAA00 QKRFMRSDHLTKHYKTHLVTKNL
: : ::..:..: .::
KIAA20 GKAFARSSRLSEHTRTHTGEKPFECVKCGKAFAISSNLSGHLRIHTGEKPFECLECGKAF
420 430 440 450 460 470
>>KIAA1396 ( 551 res) hj08221 (551 aa)
initn: 574 init1: 182 opt: 295 Z-score: 161.9 bits: 39.9 E(): 0.00067
Smith-Waterman score: 295; 47.126% identity (71.264% similar) in 87 aa overlap (535-621:127-209)
510 520 530 540 550 560
KIAA00 AGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKRSGEQGKKKHVCHIPDCGKTFRKTSLLRAHVRLHT
::: :. .: ::: ..: : .: :.::
KIAA13 NIEESIYNHTSDKKSFSKNSIVIKHKKVYVGKKLFKCN--ECDKTFTHSSSLTVHFRIHT
100 110 120 130 140 150
570 580 590 600 610 620
KIAA00 GERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYKTHLVT
::.:..:. ::: : . ..: .: :::::.: ::: .:.: : .:.:: .: . :
KIAA13 GEKPYACE--ECGKAFKQRQHLAQHHRTHTGEKLFECKECRKAFKQSEHLIQHQRIHTGE
160 170 180 190 200 210
KIAA00 KNL
KIAA13 KPYKCKECRKAFRQPAHLAQHQRIHTGEKPYECKECGKAFSDGSSFARHQRCHTGKRPYE
220 230 240 250 260 270
>>KIAA1969 ( 595 res) fk06944 (595 aa)
initn: 936 init1: 170 opt: 294 Z-score: 161.0 bits: 39.9 E(): 0.00076
Smith-Waterman score: 294; 39.024% identity (61.789% similar) in 123 aa overlap (511-625:443-557)
490 500 510 520 530
KIAA00 VSGNNLTISGLSPTQIQLQMEQALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKRSGE-------
::: . : .: . .:: .
KIAA19 HTGEKPYKCEVCGKAFNESSNLTTHKMIHTGEKPYK----CEECGKAFNRSPQLTAHKII
420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
KIAA00 -QGKKKHVCHIPDCGKTFRKTSLLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHART
:.: . :. .:::.: ..:.: .: :.::::.:. :. ::: :.::..: .:
KIAA19 HTGEKPYKCE--ECGKAFSQSSILTTHKRIHTGEKPYKCE--ECGKAFNRSSNLTKHKII
470 480 490 500 510 520
600 610 620
KIAA00 HTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYKTHLVTKNL
:::.: ..: .: : : .:. :::: : : :
KIAA19 HTGEKSYKCEECGKAFNQSSTLTKHRKIHTRQKPYNCEECDNTFNQSSNLIKQNNSYWRE
530 540 550 560 570 580
KIAA19 TLQMSRMWESL
590
>>KIAA1829 ( 557 res) hj00069 (557 aa)
initn: 674 init1: 169 opt: 291 Z-score: 159.9 bits: 39.6 E(): 0.00086
Smith-Waterman score: 291; 43.617% identity (70.213% similar) in 94 aa overlap (528-621:267-356)
500 510 520 530 540 550
KIAA00 LQMEQALAGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKRSGEQGKKKHVCHIPDCGKTFRKTSLLR
:.. . :.: . :. .:.:.::... :
KIAA18 FTQPQRIHSGEKPYACNDCGKAFSHDFFLSEHQRTHIGEKPYECK--ECNKAFRQSAHLA
240 250 260 270 280 290
560 570 580 590 600 610
KIAA00 AHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKH
: :.::::.::.:: ::: :.: : .: : :::.: .:: .:.: : .: ::..:
KIAA18 QHQRIHTGEKPFACN--ECGKAFSRYAFLVEHQRIHTGEKPYECKECNKAFRQSAHLNQH
300 310 320 330 340 350
620
KIAA00 YKTHLVTKNL
. :
KIAA18 QRIHTGEKPYECNQCGKAFSRRIALTLHQRIHTGEKPFKCSECGKTFGYRSHLNQHQRIH
360 370 380 390 400 410
>>KIAA0326 ( 927 res) hg00579 (927 aa)
initn: 350 init1: 188 opt: 297 Z-score: 159.8 bits: 40.3 E(): 0.00087
Smith-Waterman score: 304; 24.176% identity (53.022% similar) in 364 aa overlap (302-622:75-427)
280 290 300 310 320
KIAA00 PVAVAEQVETVLIETTADNIIQAGNNLLIVQSPGGGQPAVVQQVQVVPPKAE---QQQVV
:::. .. .. .. . :. : .. ..
KIAA03 PRAGPWNTAVLSSGMEPETALWGPDLQGPEQSPNDAHRGAESENEEESPRQESSGEEIIM
50 60 70 80 90 100
330 340 350 360 370
KIAA00 QIPQQALRVVQAASATL------PTVPQKP------SQNFQIQAAEPTPTQVYIRTPSGE
: :. . ... .: :.:::.: :. .. : :. . :::
KIAA03 GDPAQSPESKDSTEMSLERSSQDPSVPQNPPTPLGHSNPLDHQIPLDPPAPEVVPTPSDW
110 120 130 140 150 160
380 390 400 410 420
KIAA00 VQT---------VLVQDSPPATAA---ATSNTTCSSPA-SRAPHLS---GTSKKHSAAIL
... . . .:::.. : . . . . :: .. :.. : : .. . .:
KIAA03 TKACEASWQWGALTTWNSPPVVPANEPSLRELVQGRPAGAEKPYICNECGKSFSQWSKLL
170 180 190 200 210 220
430 440 450 460 470 480
KIAA00 RKERPLPKIAPAGSIISLNAAQLAAAAQAMQTININGVQVQGVPVTITNTGGQQQLTVQN
:..: .: . . . .:. . .. . ... : . : . . .:
KIAA03 RHQR-----IHTGERPNTCSECGKSFTQSSHLVQHQRTHTGEKPYKCPDCGKCFSWS-SN
230 240 250 260 270
490 500 510 520 530
KIAA00 VSGNNLTISGLSPTQIQLQMEQALAGETQPGEKRRRMACT----CPNCKDGEKRSGE---
. .. : .: .: . . :.:.. :. ...: . : .:. . ::..
KIAA03 LVQHQRTHTGEKPYKCT-ECEKAFTQSTNLIKHQRSHTGEKPYKCGECRRAFYRSSDLIQ
280 290 300 310 320 330
540 550 560 570 580
KIAA00 -----QGKKKHVCHIPDCGKTFRKTSLLRAHVRLHTGERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQR
:.: . : :.::: : .. : : ..:.::.:. :. ::: : .:.:: .
KIAA03 HQATHTGEKPYKC--PECGKRFGQNHNLLKHQKIHAGEKPYRCTE--CGKSFIQSSELTQ
340 350 360 370 380 390
590 600 610 620
KIAA00 HARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYKTHLVTKNL
: :::::.: .:: .: : : .:. : :: .:::
KIAA03 HQRTHTGEKPYECLECGKSFGHSSTLIKHQRTHLREDPFKCPVCGKTFTLSATLLRHQRT
400 410 420 430 440 450
KIAA03 HTGERPYKCPECGKSFSVSSNLINHQRIHRGERPYICADCGKSFIMSSTLIRHQRIHTGE
460 470 480 490 500 510
>>KIAA1611 ( 813 res) fj12627 (813 aa)
initn: 273 init1: 157 opt: 292 Z-score: 158.2 bits: 39.8 E(): 0.0011
Smith-Waterman score: 292; 45.977% identity (71.264% similar) in 87 aa overlap (535-621:612-694)
510 520 530 540 550 560
KIAA00 AGETQPGEKRRRMACTCPNCKDGEKRSGEQGKKKHVCHIPDCGKTFRKTSLLRAHVRLHT
:.: . :: .:::.::..: : .: :.::
KIAA16 HTGEKPYKCNDCGRAFSDRSSLTFHQAIHTGEKPYKCH--ECGKVFRHNSYLATHRRIHT
590 600 610 620 630
570 580 590 600 610 620
KIAA00 GERPFVCNWFFCGKRFTRSDELQRHARTHTGDKRFECAQCQKRFMRSDHLTKHYKTHLVT
::.:. :: ::: :. ..: : :::.: ..: :: : : ...::..: .::
KIAA16 GEKPYKCN--ECGKAFSMHSNLTTHKVIHTGEKPYKCNQCGKVFTQNSHLANHQRTHTGE
640 650 660 670 680 690
KIAA00 KNL
KIAA16 KPYRCNECGKAFSVRSSLTTHQAIHTGKKPYKCNECGKVFTQNAHLANHRRIHTGEKPYR
700 710 720 730 740 750
627 residues in 1 query sequences
1986878 residues in 2037 library sequences
Scomplib [34.26]
start: Thu Dec 18 15:05:55 2008 done: Thu Dec 18 15:05:56 2008
Total Scan time: 0.510 Total Display time: 0.100
Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]