# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00566.fasta.huge -Q ../query/KIAA0029.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0029, 974 aa vs ./tmplib.23147 library 1986531 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.2969+/-0.0141; mu= -39.0893+/- 0.953 mean_var=806.7456+/-188.681, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.045155 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1002 ( 962 res) hk09859 ( 962) 1014 82.0 4e-16 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 337 38.0 0.0091 >>KIAA1002 ( 962 res) hk09859 (962 aa) initn: 2157 init1: 809 opt: 1014 Z-score: 381.4 bits: 82.0 E(): 4e-16 Smith-Waterman score: 2979; 49.802% identity (72.332% similar) in 1012 aa overlap (15-974:20-962) 10 20 30 40 KIAA00 PFLMRMSDTVTVKDETATMKDLEAEVKDTT-RVENLIKSENYGKI---------- .: . ...: : .::. : :. .. :.:. 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KIAA16 MVDERQTVRQVLDNLMDKSHCGYSLDWSLVETVSELQMERI-FEDHENLVENLLNWTRDS 280 290 300 310 320 330 150 160 170 180 190 200 KIAA00 RKKFPPMTSYHRMLLHRVAAYFGLDHN----VDQSGKSVIVNKT---SNTRIPDQKFNEH ..:. : ... : . . : .. . . .: :.... :.. .:. . KIAA16 QNKLIFMERIEKYALFKNPQNYLLGKKETAEMADRNKEVLLEECFCGSSVTVPEIEGVLW 340 350 360 370 380 390 210 220 230 240 250 KIAA00 IKDDKGEDFQKRYILKRDNSSFDKDDNQVRIR------LKDDRRSKSI-EEREEEYQRAR .::: ....:::.: : .. . ..... :. :. . .. ...:. KIAA16 LKDDGKKSWKKRYFLLRASGIYYVPKGKAKVSRDLVCFLQLDHVNVYYGQDYRNKYKAPT 400 410 420 430 440 450 260 270 280 290 300 KIAA00 DR--IFSQDSLCSQENYIIDKRLQDEDASSTQQR----------RQIFRVNKDASGRSTN : .... .. .. .:: : : .:. . .: .:.. ..: :. . KIAA16 DYCLVLKHPQIQKKSQYI--KYLCCDDVRTLHQWVNGIRIAKYGKQLYMNYQEALKRTES 460 470 480 490 500 310 320 330 340 350 KIAA00 SHQ--SSTENELKY-----SEPRPWS--STDSDSSLRNLKPAVTKASSFSGISVLTRGDS ... : . . .: : :. : :..:::.. . .:: :. ::.... . 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