# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00537.fasta.huge -Q ../query/KIAA0019.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0019, 838 aa vs ./tmplib.23147 library 1986667 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9582+/-0.00892; mu= -7.1513+/- 0.603 mean_var=370.0194+/-87.381, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.066675 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1108 ( 763 res) hh03387s1 ( 763) 440 56.8 1.1e-08 KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348) 391 52.3 4e-07 KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262) 356 48.9 4e-06 KIAA0608 ( 775 res) hh00889b ( 775) 346 47.7 5.6e-06 KIAA1055 ( 868 res) hh09512 ( 868) 344 47.6 6.9e-06 KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291) 340 47.4 1.2e-05 KIAA1322 ( 702 res) fh13826 ( 702) 328 46.0 1.8e-05 >>KIAA1108 ( 763 res) hh03387s1 (763 aa) initn: 322 init1: 210 opt: 440 Z-score: 248.1 bits: 56.8 E(): 1.1e-08 Smith-Waterman score: 447; 26.942% identity (56.553% similar) in 412 aa overlap (82-466:364-762) 60 70 80 90 100 KIAA00 YKVTDRFGFLHEEELPDHNVAVERQKHLEIERTTKWLKMLK--GWEKYK-NTEKFHRRIY : :: : :::. : : : . ::.: . 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KIAA06 KREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVRELWWQGLPPSV 430 440 450 460 470 480 120 130 140 150 KIAA00 RGEVWALLL--EIPKMKEETRDLYSKLKHRARGCSP-----------------DIRQIDL ::.::.: . :. : . . :. :.: .. : ... : : KIAA06 RGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFSETSSENDTEGVSVADREASLELIKL 490 500 510 520 530 540 160 170 180 190 200 210 KIAA00 DVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFHVLAAYSIYNTEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAF :..::: . .:. . : .. : .:.::. : .::: :::: :.:.:.. ..: ::: KIAA06 DISRTFPSLYIFQ-KGGPYHDVLHSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLEEADAF 550 560 570 580 590 600 220 230 240 250 260 270 KIAA00 WALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPKLLRFQEHHEKILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMK :...:.. : . .:: .:.. : .... :::: :. : . ..: . KIAA06 IAFANLLNKPCQL--AFFRVDHSMMLKYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTPDIYLID 610 620 630 640 650 660 280 290 300 310 320 330 KIAA00 WFFQCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGERVLTAMSYTILKLHKKHLMKLSMEELVEFFQET :.: . :. : :.::.. .::. : . ::.:.. :..... ....:. . 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KIAA10 EEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS 830 840 850 860 >>KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291 aa) initn: 308 init1: 159 opt: 340 Z-score: 193.4 bits: 47.4 E(): 1.2e-05 Smith-Waterman score: 340; 27.586% identity (61.207% similar) in 232 aa overlap (92-322:523-747) 70 80 90 100 110 120 KIAA00 HEEELPDHNVAVERQKHLEIERTTKWLKMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPLQLRGEVWA .: :. ::: .. . :::: ..:::.: KIAA08 RRRSPEEFNPKLAKEFLKEQAWKIHFAEYGQGICMYR-TEKTRELVLKGIPESMRGELWL 500 510 520 530 540 550 130 140 150 160 170 180 KIAA00 LLLEIPKMKEETRDLYSKLKHRARGC-SPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLF :: . : : : ... : . ..:. :..:.. .: :....:. .: KIAA08 LLSGAINEKATHPGYYEDLVEKSMGKYNLATEEIERDLHRSLPEHPAFQNEMGIA--ALR 560 570 580 590 600 190 200 210 220 230 240 KIAA00 HVLAAYSIYNTEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPK .::.::.. : ..::::.:. .:..::.: .::.::: :: : .. . .. 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KIAA08 EGIKVIFQLALAVLDANVDKLLNCKDDGEAMTVLGRYLDSVTNKDSTLPPIPHLHSLLSD 730 740 750 760 770 780 >>KIAA1322 ( 702 res) fh13826 (702 aa) initn: 295 init1: 135 opt: 328 Z-score: 190.3 bits: 46.0 E(): 1.8e-05 Smith-Waterman score: 378; 26.854% identity (56.522% similar) in 391 aa overlap (7-364:303-682) 10 20 30 KIAA00 LGQHSDPFPVMNSDQDVALKLAQERAEIVAKYDRGR : : .: ... .. . : :. :: KIAA13 GKAPLRENAQKDSKRIQKEYEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLSTTALILE--DRP- 280 290 300 310 320 40 50 60 70 80 KIAA00 EGAEIEPWEDADYLVYKVTDRFGFLHEEELPDHNVAVERQKHLE----IERTT-----KW . .: :.:. . . ...:: . : .:.:.:: .:.. : KIAA13 ANLPAKPAEEAQKHRQQYEEMVVQAKKRELKE---AQRRKKQLEERCRVEESIGNAVLTW 330 340 350 360 370 380 90 100 110 120 130 KIAA00 L-KMLKGWEKYKNTEKFHRRIYKGIPLQLRGEVWAL-----------LLEI--PKMKEET ..: .:: . ..: . ..::: ..::.::.: :..: . ::. KIAA13 NNEILPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLARAKERW 390 400 410 420 430 440 140 150 160 170 180 KIAA00 RDLY---SKLKHRARGCSPDIRQ-----IDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFH-VLA :.: :..... : : :. : ::..::: . .:.. : ....: .:. KIAA13 RSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQ--GGPYHDMLHSILG 450 460 470 480 490 500 190 200 210 220 230 240 KIAA00 AYSIYNTEVGYCQGMSQITALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMHGFFVQGFPKLLRF ::. : .::: :::: :.:.:.. .. ::: :. .:.. : . .:: .: . KIAA13 AYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKP--CQMAFFRVDHGLMLTY 510 520 530 540 550 560 250 260 270 280 290 300 KIAA00 QEHHEKILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFFQCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGER : .... : :: :. .... ..: . :.: . :. : ::::.. .::. KIAA13 FAAFEVFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEE 570 580 590 600 610 620 310 320 330 340 350 360 KIAA00 VLTAMSYTILKLHKKHLMKLSMEELVEFFQETLAKDFFFEDDFV-IEQLQISMTELKRAK : . :::: . : :... ....:. . : .:. :. :. : .:.. . : :. KIAA13 FLFRTALGILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTR-LPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQ 630 640 650 660 670 680 370 380 390 400 410 420 KIAA00 LDLPEPGKEDEYPKKPLGQLPPELQSWGVHHLSNGQRSVGRPSPLASGRRESGAPHRRHE . KIAA13 VLTALQKDSREMEKGSPSLRH 690 700 838 residues in 1 query sequences 1986667 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:04:51 2008 done: Thu Dec 18 15:04:52 2008 Total Scan time: 0.600 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]