# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00450s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0013.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0013, 1086 aa vs ./tmplib.23147 library 1986419 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9625+/-0.00627; mu= 12.2440+/- 0.426 mean_var=136.0458+/-33.241, 0's: 0 Z-trim: 18 B-trim: 135 in 1/39 Lambda= 0.109959 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0131 ( 942 res) ha01235 ( 942) 291 58.5 5e-09 KIAA0672 ( 824 res) hk02382 ( 824) 285 57.5 8.8e-09 KIAA0456 ( 1095 res) hg00633 (1095) 286 57.8 9.5e-09 KIAA1723 ( 1554 res) pf00881 (1554) 279 56.9 2.6e-08 KIAA1304 ( 1051 res) fh04032 (1051) 268 54.9 6.7e-08 KIAA0189 ( 1132 res) ha02928 (1132) 265 54.5 9.8e-08 KIAA0411 ( 1061 res) hg02120 (1061) 255 52.9 2.8e-07 KIAA1391 ( 1194 res) hh12985 (1194) 250 52.2 5.3e-07 KIAA1424 ( 1944 res) ha06448 (1944) 250 52.4 7.3e-07 KIAA1314 ( 681 res) fh12718 ( 681) 243 50.8 7.9e-07 KIAA1501 ( 735 res) hh12863 ( 735) 239 50.2 1.3e-06 KIAA0053 ( 666 res) ha01417 ( 666) 229 48.5 3.6e-06 KIAA1722 ( 1499 res) pf00674s1 (1499) 210 45.9 5e-05 KIAA1688 ( 1094 res) fh26207 (1094) 207 45.3 5.6e-05 KIAA1204 ( 1445 res) fg03451 (1445) 202 44.6 0.00012 KIAA0712 ( 1770 res) hg04169 (1770) 201 44.6 0.00015 KIAA1478 ( 570 res) fj05212 ( 570) 182 41.0 0.00057 >>KIAA0131 ( 942 res) ha01235 (942 aa) initn: 148 init1: 148 opt: 291 Z-score: 254.0 bits: 58.5 E(): 5e-09 Smith-Waterman score: 294; 28.794% identity (58.755% similar) in 257 aa overlap (95-339:486-723) 70 80 90 100 110 120 KIAA00 WDQRLVRLALLQHLRAFYGIKVKGVRGQCDRRRHETAATEIGGKIFGVPFNALPHSAVPE . :. ... . ..:: .. . .:. 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KIAA04 VEVNDIKNAFERGEDPLAGDQNDHDMDSIAGVLKLYFRGLEHPLFPKDIFHDLMACVTMD 560 570 580 590 600 610 220 230 240 250 260 270 KIAA00 GTEEKNKATLLLSCLLADHTVHVLRYFFNFLRNVSLRSSENKMDSSNLAVIFAPNLLQTS . .:. . .: :. ..::.: :: ..: : :: :: :::. :.:.:... KIAA04 NLQERALHIRKVLLVLPKTTLIIMRYLFAFLNHLSQFSEENMMDPYNLAICFGPSLMSVP 620 630 640 650 660 670 280 290 300 310 320 330 KIAA00 EGHEKMSSNTEKKLRLQAAVVQTLIDYASDIGRVPDFILEKIPAMLGIDGLCATPSLEGF :::...: ... . ... ..: KIAA04 EGHDQVSCQAHVNELIKTIIIQHENIFPSPRELEGPVYSRGGSMEDYCDSPHGETTPVED 680 690 700 710 720 730 >>KIAA1723 ( 1554 res) pf00881 (1554 aa) initn: 238 init1: 108 opt: 279 Z-score: 241.1 bits: 56.9 E(): 2.6e-08 Smith-Waterman score: 279; 32.571% identity (64.000% similar) in 175 aa overlap (109-278:1101-1271) 80 90 100 110 120 130 KIAA00 RAFYGIKVKGVRGQCDRRRHETAATEIGGKIFGVPFNALPHSAVPEYGH-IPSFLVDACT .::::... : . :. .:. . .: KIAA17 KYTPSNKHGFSWAVPKFMKRIKVPDYKDRSVFGVPLTV----NVQRTGQPLPQSIQQAMR 1080 1090 1100 1110 1120 140 150 160 170 180 190 KIAA00 SLEDH-IHTEGLFRKSGSVIRLKALKNKVDHGEGCLS--SAPPCDIAGLLKQFFRELPEP :..: . ::::::: :..::.. . . :.. . :.: .:::.::.:::: KIAA17 YLRNHCLDQVGLFRKSGVKSRIQALRQMNEGAIDCVNYEGQSAYDVADMLKQYFRDLPEP 1130 1140 1150 1160 1170 1180 200 210 220 230 240 250 KIAA00 ILPADLHEALLKAQQ-LGTEEKNKATLLLSCLLADHTVHVLRYFFNFLRNVSLRSSENKM .. : :..:. : . ... .: :: :.. .::. .. :: .:. .::.: KIAA17 LMTNKLSETFLQIYQYVPKDQRLQAIKAAIMLLPDENREVLQTLLYFLSDVTAAVKENQM 1190 1200 1210 1220 1230 1240 260 270 280 290 300 310 KIAA00 DSSNLAVIFAPNLLQTSEGHEKMSSNTEKKLRLQAAVVQTLIDYASDIGRVPDFILEKIP .:::: .::.:.. . ... :: KIAA17 TPTNLAVCLAPSLFHLNTLKRENSSPRVMQRKQSLGKPDQKDLNENLAATQGLAHMIAEC 1250 1260 1270 1280 1290 1300 >>KIAA1304 ( 1051 res) fh04032 (1051 aa) initn: 224 init1: 123 opt: 268 Z-score: 233.7 bits: 54.9 E(): 6.7e-08 Smith-Waterman score: 268; 27.397% identity (59.817% similar) in 219 aa overlap (119-328:475-687) 90 100 110 120 130 140 KIAA00 VRGQCDRRRHETAATEIGGKIFGVPFNALPHSAVPEYGHIPSFLVDACTSLED--HIHTE :. . :.. ..:..: . . .. . KIAA13 LQAKHDLLQRTLGEGHRAEYMTTSRGRRNSHTRHQDSGQVIPLIVESCIRFINLYGLQHQ 450 460 470 480 490 500 150 160 170 180 190 200 KIAA00 GLFRKSGSVIRLKALKNKVDHGEGCL----SSAPPCDIAGLLKQFFRELPEPILPADLHE :.:: ::: .... .::. ..::. : :. ..::.:: .:: : .:..: . . KIAA13 GIFRVSGSQVEVNDIKNSFERGENPLADDQSNHDINSVAGVLKLYFRGLENPLFPKERFN 510 520 530 540 550 560 210 220 230 240 250 KIAA00 ALL---KAQQLGTEEKNKATLLLSCLLADHTVHVLRYFFNFLRNVSLRSSENKMDSSNLA :. . ..: . . :::. : .. :.::.: :: ..: :.:: :: ::: KIAA13 DLISCIRIDNLYERALHIRKLLLT--LPRSVLIVMRYLFAFLNHLSQYSDENMMDPYNLA 570 580 590 600 610 620 260 270 280 290 300 310 KIAA00 VIFAPNLLQTSEGHEKMSSNTEKKLRLQAAVVQTLIDYASDIGRVPDFILEKIPAMLGID . :.:.:. . : ....: ... . ... ... . : .. . :: : : : KIAA13 ICFGPTLMPVPEIQDQVSCQAHVNEIIKTIIIHHETIFP-DAKELDGPVYEK--CMAG-D 630 640 650 660 670 320 330 340 350 360 370 KIAA00 GLCATPSLEGFEEGEYETPGEYKRKRRQSVGDFVSGALNKFKPNRTPSITPQEERIAQLS : .: : KIAA13 DYCDSPYSEHGTLEEVDQDAGTEPHTSEDECEPIEAIAKFDYVGRSARELSFKKGASLLL 680 690 700 710 720 730 >>KIAA0189 ( 1132 res) ha02928 (1132 aa) initn: 157 init1: 157 opt: 265 Z-score: 230.8 bits: 54.5 E(): 9.8e-08 Smith-Waterman score: 265; 31.282% identity (62.051% similar) in 195 aa overlap (96-285:666-854) 70 80 90 100 110 120 KIAA00 DQRLVRLALLQHLRAFYGIKVKGVRGQCDRRRHETAATEIGGKIFGVPFNALPHSAVPEY ::..: . : ..:::: : : . KIAA01 KGSLLRLTAFMEKYTVPHKQGWVWSMPKFMRRNKTPDYR-GQHVFGVP----PLIHVQRT 640 650 660 670 680 690 130 140 150 160 170 180 KIAA00 GH-IPSFLVDACTSLEDH-IHTEGLFRKSGSVIRLKALK--NKVDHGEGCLSSAPPCDIA :. .:. . .: :... . :.::::: :.. :. :... . : . :.: KIAA01 GQPLPQSIQQAMRYLRSQCLDQVGIFRKSGVKSRIQNLRQMNETSPDNVCYEGQSAYDVA 700 710 720 730 740 750 190 200 210 220 230 240 KIAA00 GLLKQFFRELPEPILPADLHEALLKAQQLGTEEKN-KATLLLSCLLADHTVHVLRYFFNF ::::.::.:::::. . : ..:. :: ... :. . :: :.. .::. .. : KIAA01 DLLKQYFRDLPEPIFTSKLTTTFLQIYQLLPKDQWLAAAQAATLLLPDENREVLQTLLYF 760 770 780 790 800 810 250 260 270 280 290 300 KIAA00 LRNVSLRSSENKMDSSNLAVIFAPNLLQTSEGHEKMSSNTEKKLRLQAAVVQTLIDYASD : ... . ::.: ..:::: .::.... . ... : :. : KIAA01 LSDIA-SAEENQMTAGNLAVCLAPSIFHLNVSKKDSPSPRIKSKRSLIGRPGPRDLSDNM 820 830 840 850 860 310 320 330 340 350 360 KIAA00 IGRVPDFILEKIPAMLGIDGLCATPSLEGFEEGEYETPGEYKRKRRQSVGDFVSGALNKF KIAA01 AATQGLSHMISDCKKLFQVPQDMVLQLCSSYSAAELSPPGPALAELRQAQAAGVSLSLYM 870 880 890 900 910 920 >>KIAA0411 ( 1061 res) hg02120 (1061 aa) initn: 271 init1: 129 opt: 255 Z-score: 222.5 bits: 52.9 E(): 2.8e-07 Smith-Waterman score: 255; 25.714% identity (58.095% similar) in 210 aa overlap (126-328:478-684) 100 110 120 130 140 150 KIAA00 RRHETAATEIGGKIFGVPFNALPHSAVPEYGHIPSFLVDACTSLED--HIHTEGLFRKSG :. ..:..: . .. .:.:: : KIAA04 LLKQTLGEGERAECGTTRGRRNARTRNQDSGQAIPLVVESCIRYINLYGLQQQGIFRVPG 450 460 470 480 490 500 160 170 180 190 200 KIAA00 SVIRLKALKNKVDHGEGCL----SSAPPCDIAGLLKQFFRELPEPILPADLHEALLKAQQ : .... .::. ..:: : . ..::.:: .:: : .:..: . . :... . KIAA04 SQVEVNDIKNSFERGEDPLVDDQNERDINSVAGVLKLYFRGLENPLFPKERFQDLISTIK 510 520 530 540 550 560 210 220 230 240 250 260 KIAA00 L-GTEEKNKATLLLSCLLADHTVHVLRYFFNFLRNVSLRSSENKMDSSNLAVIFAPNLLQ : . :. . . : .. :.::.: :: ..: :.:: :: :::. :.:.:.. KIAA04 LENPAERVHQIQQILVTLPRVVIVVMRYLFAFLNHLSQYSDENMMDPYNLAICFGPTLMH 570 580 590 600 610 620 270 280 290 300 310 320 KIAA00 TSEGHEKMSSNTEKKLRLQAAVVQTLIDYASDIGRVPDFILEKIPAMLGIDGLCATPSLE .:.. .: ... . ... ... . : .. . :: : : . : .: : KIAA04 IPDGQDPVSCQAHINEVIKTIIIHHEAIFPSP-RELEGPVYEK--CMAGGEEYCDSPHSE 630 640 650 660 670 680 330 340 350 360 370 380 KIAA00 GFEEGEYETPGEYKRKRRQSVGDFVSGALNKFKPNRTPSITPQEERIAQLSESPVILTPN KIAA04 PGAIDEVDHDNGTEPHTSDEEVEQIEAIAKFDYMGRSPRELSFKKGASLLLYHRASEDWW 690 700 710 720 730 740 >>KIAA1391 ( 1194 res) hh12985 (1194 aa) initn: 205 init1: 113 opt: 250 Z-score: 217.6 bits: 52.2 E(): 5.3e-07 Smith-Waterman score: 250; 30.348% identity (64.179% similar) in 201 aa overlap (100-296:356-548) 70 80 90 100 110 120 KIAA00 VRLALLQHLRAFYGIKVKGVRGQCDRRRHETAATEIGGKIFGVPFNALPHSAVPEYGHIP . .. . :..::. .::. . : ..: KIAA13 SGHKTFKRRRSIINWAFWRGSSTHLDNLPSSPTSPMPGQLFGI---SLPN--ICENDNLP 330 340 350 360 370 380 130 140 150 160 170 180 KIAA00 SFLVDACTSLEDHIH-TEGLFRKSGSVIRLKALKNKVDHG-EGCLSSAPPCDIAGLLKQF . ..: :... :.:.::.:..: . ::.:.. : : :. ::..::.: KIAA13 KPVLDMLFFLNQKGPLTKGIFRQSANVKSCRELKEKLNSGVEVHLDCESIFVIASVLKDF 390 400 410 420 430 440 190 200 210 220 230 240 KIAA00 FRELPEPILPADLHEALLKAQQLGT-EEKNKATLLLSCLLADHTVHVLRYFFNFLRNVSL .:..: :. .::.. ..... :. ::: ... : : .: .:::.:. :.:. 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