Comparison between the cloned and the revised DNA sequences

Cloned DNA sequence, length = 3541 bp
Revised DNA sequence, length = 3412 bp

<< Positions of primers used in RT-PCR experiment(s) >>

 1 : f NN04989  1110 -  1130     GCA ATG GTT CTT CTC AGT TCT
     r NN04990  1820 -  1800     CTC CGT ATC CTT TAG TCT CAC
<< Positions of inserion/deletion/mutation(s) in the aligned sequence >>
 1 :  1351 -  1479      129-bp deletion  (in the revised sequence)
Predicted coding region: colored in green ( 2 - 2110 in the revised sequence).


*- Clone Name -*      1          .         .         .         .         . 50
ha00117               1 TCAGGGCTATGTGGAGGGAGTTCATAATTCATCCATTGCTCTTAGCGACT 50
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)      1 TCAGGGCTATGTGGAGGGAGTTCATAATTCATCCATTGCTCTTAGCGACT 50

                     51          .         .         .         .         . 100
ha00117              51 GTTTTGGACTCAGAGGATTGCTGCATTTAGAGAATGCGAGTTATGGGATT 100
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)     51 GTTTTGGACTCAGAGGATTGCTGCATTTAGAGAATGCGAGTTATGGGATT 100

                    101          .         .         .         .         . 150
ha00117             101 GAACCCCTGCAGAACAGCTCTCATTTTGAGCACATCATTTATCGAATGGA 150
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    101 GAACCCCTGCAGAACAGCTCTCATTTTGAGCACATCATTTATCGAATGGA 150

                    151          .         .         .         .         . 200
ha00117             151 TGATGTCTACAAAGAGCCTCTGAAATGTGGAGTTTCCAACAAGGATATAG 200
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    151 TGATGTCTACAAAGAGCCTCTGAAATGTGGAGTTTCCAACAAGGATATAG 200

                    201          .         .         .         .         . 250
ha00117             201 AGAAAGAAACTGCAAAGGATGAAGAGGAAGAGCCTCCCAGCATGACTCAG 250
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    201 AGAAAGAAACTGCAAAGGATGAAGAGGAAGAGCCTCCCAGCATGACTCAG 250

                    251          .         .         .         .         . 300
ha00117             251 CTACTTCGAAGAAGAAGAGCTGTCTTGCCACAGACCCGGTATGTGGAGCT 300
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    251 CTACTTCGAAGAAGAAGAGCTGTCTTGCCACAGACCCGGTATGTGGAGCT 300

                    301          .         .         .         .         . 350
ha00117             301 GTTCATTGTCGTAGACAAGGAAAGGTATGACATGATGGGAAGAAATCAGA 350
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    301 GTTCATTGTCGTAGACAAGGAAAGGTATGACATGATGGGAAGAAATCAGA 350

                    351          .         .         .         .         . 400
ha00117             351 CTGCTGTGAGAGAAGAGATGATTCTCCTGGCAAACTACTTGGATAGTATG 400
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    351 CTGCTGTGAGAGAAGAGATGATTCTCCTGGCAAACTACTTGGATAGTATG 400

                    401          .         .         .         .         . 450
ha00117             401 TATATTATGTTAAATATTCGAATTGTGCTAGTTGGACTGGAGATTTGGAC 450
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    401 TATATTATGTTAAATATTCGAATTGTGCTAGTTGGACTGGAGATTTGGAC 450

                    451          .         .         .         .         . 500
ha00117             451 CAATGGAAACCTGATCAACATAGTTGGGGGTGCTGGTGATGTGCTGGGGA 500
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    451 CAATGGAAACCTGATCAACATAGTTGGGGGTGCTGGTGATGTGCTGGGGA 500

                    501          .         .         .         .         . 550
ha00117             501 ACTTCGTGCAGTGGCGGGAAAAGTTTCTTATCACACGTCGGAGACATGAC 550
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    501 ACTTCGTGCAGTGGCGGGAAAAGTTTCTTATCACACGTCGGAGACATGAC 550

                    551          .         .         .         .         . 600
ha00117             551 AGTGCACAGCTAGTTCTAAAGAAAGGTTTTGGTGGAACTGCAGGAATGGC 600
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    551 AGTGCACAGCTAGTTCTAAAGAAAGGTTTTGGTGGAACTGCAGGAATGGC 600

                    601          .         .         .         .         . 650
ha00117             601 ATTTGTGGGAACAGTGTGTTCAAGGAGCCACGCAGGCGGGATTAATGTGT 650
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    601 ATTTGTGGGAACAGTGTGTTCAAGGAGCCACGCAGGCGGGATTAATGTGT 650

                    651          .         .         .         .         . 700
ha00117             651 TTGGACAAATCACTGTGGAGACATTTGCTTCCATTGTTGCTCATGAATTG 700
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    651 TTGGACAAATCACTGTGGAGACATTTGCTTCCATTGTTGCTCATGAATTG 700

                    701          .         .         .         .         . 750
ha00117             701 GGTCATAATCTTGGAATGAATCACGATGATGGGAGAGATTGTTCCTGTGG 750
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    701 GGTCATAATCTTGGAATGAATCACGATGATGGGAGAGATTGTTCCTGTGG 750

                    751          .         .         .         .         . 800
ha00117             751 AGCAAAGAGCTGCATCATGAATTCAGGAGCATCGGGTTCCAGAAACTTTA 800
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    751 AGCAAAGAGCTGCATCATGAATTCAGGAGCATCGGGTTCCAGAAACTTTA 800

                    801          .         .         .         .         . 850
ha00117             801 GCAGTTGCAGTGCAGAGGACTTTGAGAAGTTAACTTTAAATAAAGGAGGA 850
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    801 GCAGTTGCAGTGCAGAGGACTTTGAGAAGTTAACTTTAAATAAAGGAGGA 850

                    851          .         .         .         .         . 900
ha00117             851 AACTGCCTTCTTAATATTCCAAAGCCTGATGAAGCCTATAGTGCTCCCTC 900
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    851 AACTGCCTTCTTAATATTCCAAAGCCTGATGAAGCCTATAGTGCTCCCTC 900

                    901          .         .         .         .         . 950
ha00117             901 CTGTGGTAATAAGTTGGTGGACGCTGGGGAAGAGTGTGACTGTGGTACTC 950
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    901 CTGTGGTAATAAGTTGGTGGACGCTGGGGAAGAGTGTGACTGTGGTACTC 950

                    951          .         .         .         .         . 1000
ha00117             951 CAAAGGAATGTGAATTGGACCCTTGCTGCGAAGGAAGTACCTGTAAGCTT 1000
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)    951 CAAAGGAATGTGAATTGGACCCTTGCTGCGAAGGAAGTACCTGTAAGCTT 1000

                   1001          .         .         .         .         . 1050
ha00117            1001 AAATCATTTGCTGAGTGTGCATATGGTGACTGTTGTAAAGACTGTCGGTT 1050
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1001 AAATCATTTGCTGAGTGTGCATATGGTGACTGTTGTAAAGACTGTCGGTT 1050

                   1051          .         .         .         .         . 1100
ha00117            1051 CCTTCCAGGAGGTACTTTATGCCGAGGAAAAACCAGTGAGTGTGATGTTC 1100
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1051 CCTTCCAGGAGGTACTTTATGCCGAGGAAAAACCAGTGAGTGTGATGTTC 1100

                   1101          .         .         .         .         . 1150
ha00117            1101 CAGAGTACTGCAATGGTTCTTCTCAGTTCTGTCAGCCAGATGTTTTTATT 1150
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1101 CAGAGTACTGCAATGGTTCTTCTCAGTTCTGTCAGCCAGATGTTTTTATT 1150

                   1151          .         .         .         .         . 1200
ha00117            1151 CAGAATGGATATCCTTGCCAGAATAACAAAGCCTATTGCTACAACGGCAT 1200
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1151 CAGAATGGATATCCTTGCCAGAATAACAAAGCCTATTGCTACAACGGCAT 1200

                   1201          .         .         .         .         . 1250
ha00117            1201 GTGCCAGTATTATGATGCTCAATGTCAAGTCATCTTTGGCTCAAAAGCCA 1250
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1201 GTGCCAGTATTATGATGCTCAATGTCAAGTCATCTTTGGCTCAAAAGCCA 1250

                   1251          .         .         .         .         . 1300
ha00117            1251 AGGCTGCCCCCAAAGATTGTTTCATTGAAGTGAATTCTAAAGGTGACAGA 1300
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1251 AGGCTGCCCCCAAAGATTGTTTCATTGAAGTGAATTCTAAAGGTGACAGA 1300

                   1301          .         .         .         .         . 1350
ha00117            1301 TTTGGCAATTGTGGTTTCTCTGGCAATGAATACAAGAAGTGTGCCACTGG 1350
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1301 TTTGGCAATTGTGGTTTCTCTGGCAATGAATACAAGAAGTGTGCCACTGG 1350

                   1351          .         .         .         .         . 1400
ha00117            1351 GCTGTCACTGAAATTTCATGCTCCATTCTGAGCACTATGCTTCAAGAGGC 1400
                                                                          
ha00117(revised)   1351 -------------------------------------------------- 1351

                   1401          .         .         .         .         . 1450
ha00117            1401 AGTGAGGCAAACTGGAACATATTTAGGAGGGAGCGTCCTTGTTGCATGAA 1450
                                                                          
ha00117(revised)   1351 -------------------------------------------------- 1351

                   1451          .         .         .         .         . 1500
ha00117            1451 AAGTGATTGTAGGATAGTGACCTGGTGAAGAATGCTTTGTGTGGAAAGCT 1500
                                                     |||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1351 -----------------------------GAATGCTTTGTGTGGAAAGCT 1371

                   1501          .         .         .         .         . 1550
ha00117            1501 TCAGTGTGAGAATGTACAAGAGATACCTGTATTTGGAATTGTGCCTGCTA 1550
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1372 TCAGTGTGAGAATGTACAAGAGATACCTGTATTTGGAATTGTGCCTGCTA 1421

                   1551          .         .         .         .         . 1600
ha00117            1551 TTATTCAAACGCCTAGTCGAGGCACCAAATGTTGGGGTGTGGATTTCCAG 1600
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1422 TTATTCAAACGCCTAGTCGAGGCACCAAATGTTGGGGTGTGGATTTCCAG 1471

                   1601          .         .         .         .         . 1650
ha00117            1601 CTAGGATCAGATGTTCCAGATCCTGGGATGGTTAACGAAGGCACAAAATG 1650
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1472 CTAGGATCAGATGTTCCAGATCCTGGGATGGTTAACGAAGGCACAAAATG 1521

                   1651          .         .         .         .         . 1700
ha00117            1651 TGGTGCTGGAAAGATCTGTAGAAACTTCCAGTGTGTAGATGCTTCTGTTC 1700
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1522 TGGTGCTGGAAAGATCTGTAGAAACTTCCAGTGTGTAGATGCTTCTGTTC 1571

                   1701          .         .         .         .         . 1750
ha00117            1701 TGAATTATGACTGTGATGTTCAGAAAAAGTGTCATGGACATGGGGTATGT 1750
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1572 TGAATTATGACTGTGATGTTCAGAAAAAGTGTCATGGACATGGGGTATGT 1621

                   1751          .         .         .         .         . 1800
ha00117            1751 AATAGCAATAAGAATTGTCACTGTGAAAATGGCTGGGCTCCCCCAAATTG 1800
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1622 AATAGCAATAAGAATTGTCACTGTGAAAATGGCTGGGCTCCCCCAAATTG 1671

                   1801          .         .         .         .         . 1850
ha00117            1801 TGAGACTAAAGGATACGGAGGAAGTGTGGACAGTGGACCTACATACAATG 1850
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1672 TGAGACTAAAGGATACGGAGGAAGTGTGGACAGTGGACCTACATACAATG 1721

                   1851          .         .         .         .         . 1900
ha00117            1851 AAATGAATACTGCATTGAGGGACGGACTTCTGGTCTTCTTCTTCCTAATT 1900
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1722 AAATGAATACTGCATTGAGGGACGGACTTCTGGTCTTCTTCTTCCTAATT 1771

                   1901          .         .         .         .         . 1950
ha00117            1901 GTTCCCCTTATTGTCTGTGCTATTTTTATCTTCATCAAGAGGGATCAACT 1950
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1772 GTTCCCCTTATTGTCTGTGCTATTTTTATCTTCATCAAGAGGGATCAACT 1821

                   1951          .         .         .         .         . 2000
ha00117            1951 GTGGAGAAGCTACTTCAGAAAGAAGAGATCACAAACATATGAGTCAGATG 2000
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1822 GTGGAGAAGCTACTTCAGAAAGAAGAGATCACAAACATATGAGTCAGATG 1871

                   2001          .         .         .         .         . 2050
ha00117            2001 GCAAAAATCAAGCAAACCCTTCTAGACAGCCGGGGAGTGTTCCTCGACAT 2050
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1872 GCAAAAATCAAGCAAACCCTTCTAGACAGCCGGGGAGTGTTCCTCGACAT 1921

                   2051          .         .         .         .         . 2100
ha00117            2051 GTTTCTCCAGTGACACCTCCCAGAGAAGTTCCTATATATGCAAACAGATT 2100
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1922 GTTTCTCCAGTGACACCTCCCAGAGAAGTTCCTATATATGCAAACAGATT 1971

                   2101          .         .         .         .         . 2150
ha00117            2101 TGCAGTACCAACCTATGCAGCCAAGCAACCTCAGCAGTTCCCATCAAGGC 2150
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   1972 TGCAGTACCAACCTATGCAGCCAAGCAACCTCAGCAGTTCCCATCAAGGC 2021

                   2151          .         .         .         .         . 2200
ha00117            2151 CACCTCCACCACAACCGAAAGTATCATCTCAGGGAAACTTAATTCCTGCC 2200
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2022 CACCTCCACCACAACCGAAAGTATCATCTCAGGGAAACTTAATTCCTGCC 2071

                   2201          .         .         .         .         . 2250
ha00117            2201 CGTCCTGCTCCTGCACCTCCTTTATATAGTTCCCTCACTTGATTTTTTTA 2250
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2072 CGTCCTGCTCCTGCACCTCCTTTATATAGTTCCCTCACTTGATTTTTTTA 2121

                   2251          .         .         .         .         . 2300
ha00117            2251 ACCTTCTTTTTGCAAATGTCTTCAGGGAACTGAGCTAATACTTTTTTTTT 2300
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2122 ACCTTCTTTTTGCAAATGTCTTCAGGGAACTGAGCTAATACTTTTTTTTT 2171

                   2301          .         .         .         .         . 2350
ha00117            2301 TTCTTGATGTTTTCTTGAAAAGCCTTTCTGTTGCAACTATGAATGAAAAC 2350
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2172 TTCTTGATGTTTTCTTGAAAAGCCTTTCTGTTGCAACTATGAATGAAAAC 2221

                   2351          .         .         .         .         . 2400
ha00117            2351 AAAACACCACAAAACAGACTTCACTAACACAGAAAAACAGAAACTGAGTG 2400
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2222 AAAACACCACAAAACAGACTTCACTAACACAGAAAAACAGAAACTGAGTG 2271

                   2401          .         .         .         .         . 2450
ha00117            2401 TGAGAGTTGTGAAATACAAGGAAATGCAGTAAAGCCAGGGAATTTACAAT 2450
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2272 TGAGAGTTGTGAAATACAAGGAAATGCAGTAAAGCCAGGGAATTTACAAT 2321

                   2451          .         .         .         .         . 2500
ha00117            2451 AACATTTCCGTTTCCATCATTGAATAAGTCTTATTCAGTCATCGGTGAGG 2500
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2322 AACATTTCCGTTTCCATCATTGAATAAGTCTTATTCAGTCATCGGTGAGG 2371

                   2501          .         .         .         .         . 2550
ha00117            2501 TTAATGCACTAATCATGGATTTTTTGAACATGTTATTGCAGTGATTCTCA 2550
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2372 TTAATGCACTAATCATGGATTTTTTGAACATGTTATTGCAGTGATTCTCA 2421

                   2551          .         .         .         .         . 2600
ha00117            2551 AATTAACTGTATTGGTGTAAGATTTTTGTCATTAAGTGTTTAAGTGTTAT 2600
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2422 AATTAACTGTATTGGTGTAAGATTTTTGTCATTAAGTGTTTAAGTGTTAT 2471

                   2601          .         .         .         .         . 2650
ha00117            2601 TCTGAATTTTCTACCTTAGTTATCATTAATGTAGTTCCTCATTGAACATG 2650
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2472 TCTGAATTTTCTACCTTAGTTATCATTAATGTAGTTCCTCATTGAACATG 2521

                   2651          .         .         .         .         . 2700
ha00117            2651 TGATAATCTAATACCTGTGAAAACTGACTAATCAGCTGCCAATAATATCT 2700
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2522 TGATAATCTAATACCTGTGAAAACTGACTAATCAGCTGCCAATAATATCT 2571

                   2701          .         .         .         .         . 2750
ha00117            2701 AATATTTTTCATCATGCACGAATTAATAATCATCATACTCTAGAATCTTG 2750
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2572 AATATTTTTCATCATGCACGAATTAATAATCATCATACTCTAGAATCTTG 2621

                   2751          .         .         .         .         . 2800
ha00117            2751 TCTGTCACTCACTACATGAATAAGCAAATATTGTCTTCAAAAGAATGCAC 2800
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2622 TCTGTCACTCACTACATGAATAAGCAAATATTGTCTTCAAAAGAATGCAC 2671

                   2801          .         .         .         .         . 2850
ha00117            2801 AAGAACCACAATTAAGATGTCATATTATTTTGAAAGTACAAAATATACTA 2850
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2672 AAGAACCACAATTAAGATGTCATATTATTTTGAAAGTACAAAATATACTA 2721

                   2851          .         .         .         .         . 2900
ha00117            2851 AAAGAGTGTGTGTGTATTCACGCAGTTACTCGCTTCCATTTTTATGACCT 2900
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2722 AAAGAGTGTGTGTGTATTCACGCAGTTACTCGCTTCCATTTTTATGACCT 2771

                   2901          .         .         .         .         . 2950
ha00117            2901 TTCAACTATAGGTAATAACTCTTAGAGAAATTAATTTAATATTAGAATTT 2950
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2772 TTCAACTATAGGTAATAACTCTTAGAGAAATTAATTTAATATTAGAATTT 2821

                   2951          .         .         .         .         . 3000
ha00117            2951 CTATTATGAATCATGTGAAAGCATGACATTCGTTCACAATAGCACTATTT 3000
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2822 CTATTATGAATCATGTGAAAGCATGACATTCGTTCACAATAGCACTATTT 2871

                   3001          .         .         .         .         . 3050
ha00117            3001 TAAATAAATTATAAGCTTTAAGGTACGAAGTATTTAATAGATCTAATCAA 3050
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2872 TAAATAAATTATAAGCTTTAAGGTACGAAGTATTTAATAGATCTAATCAA 2921

                   3051          .         .         .         .         . 3100
ha00117            3051 ATATGTTGATTCATGGCTATAATAAAGCAGGAGCAATTATAAAATCTTCA 3100
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2922 ATATGTTGATTCATGGCTATAATAAAGCAGGAGCAATTATAAAATCTTCA 2971

                   3101          .         .         .         .         . 3150
ha00117            3101 ATCAATTGAACTTTTACAAAACCACTTGAGAATTTCATGAGCACTTTAAA 3150
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   2972 ATCAATTGAACTTTTACAAAACCACTTGAGAATTTCATGAGCACTTTAAA 3021

                   3151          .         .         .         .         . 3200
ha00117            3151 ATCTGAACTTTCAAAGCTTGCTATTAAATCATTTAGAATGTTTACATTTA 3200
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   3022 ATCTGAACTTTCAAAGCTTGCTATTAAATCATTTAGAATGTTTACATTTA 3071

                   3201          .         .         .         .         . 3250
ha00117            3201 CTAAGGTGTGCTGGGTCATGTAAAATATTAGACACTAATATTTTCATAGA 3250
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   3072 CTAAGGTGTGCTGGGTCATGTAAAATATTAGACACTAATATTTTCATAGA 3121

                   3251          .         .         .         .         . 3300
ha00117            3251 AATTAGGCTGGAGAAAGAAGGAAGAAATGGTTTTCTTAAATACCTACAAA 3300
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   3122 AATTAGGCTGGAGAAAGAAGGAAGAAATGGTTTTCTTAAATACCTACAAA 3171

                   3301          .         .         .         .         . 3350
ha00117            3301 AAAGTTACTGTGGTATCTATGAGTTATCATCTTAGCTGTGTTAAAAATGA 3350
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   3172 AAAGTTACTGTGGTATCTATGAGTTATCATCTTAGCTGTGTTAAAAATGA 3221

                   3351          .         .         .         .         . 3400
ha00117            3351 ATTTTTACTATGGCAGATATGGTATGGATCGTAAAATTTTAAGCACTAAA 3400
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   3222 ATTTTTACTATGGCAGATATGGTATGGATCGTAAAATTTTAAGCACTAAA 3271

                   3401          .         .         .         .         . 3450
ha00117            3401 AATTTTTTCATAACCTTTCATAATAAAGTTTAATAATAGGTTTATTAACT 3450
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   3272 AATTTTTTCATAACCTTTCATAATAAAGTTTAATAATAGGTTTATTAACT 3321

                   3451          .         .         .         .         . 3500
ha00117            3451 GAATTTCATTAGTTTTTTAAAAGTGTTTTTGGTTTGTGTATATATACATA 3500
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   3322 GAATTTCATTAGTTTTTTAAAAGTGTTTTTGGTTTGTGTATATATACATA 3371

                   3501          .         .         .         .  3541
ha00117            3501 TACAAATACAACATTTACAATAAATAAAATACTTGAAATTC 3541
                        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha00117(revised)   3372 TACAAATACAACATTTACAATAAATAAAATACTTGAAATTC 3412