Nr search
BLASTX 2.2.2 [Dec-14-2001]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= KMC004561A_C02 KMC004561A_c02
(854 letters)
Database: nr
1,393,205 sequences; 448,689,247 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
ref|NP_193873.1| hypothetical protein; protein id: At4g21420.1 [... 64 3e-09
gb|EAA13112.1| ebiP1409 [Anopheles gambiae str. PEST] 57 3e-07
ref|XP_159923.1| hypothetical protein XP_159923 [Mus musculus] g... 55 2e-06
gb|EAA01624.1| ebiP4168 [Anopheles gambiae str. PEST] 54 2e-06
ref|NP_189754.1| non-LTR reverse transcriptase, putative; protei... 54 4e-06
>ref|NP_193873.1| hypothetical protein; protein id: At4g21420.1 [Arabidopsis
thaliana] gi|7485719|pir||T05150 hypothetical protein
F18E5.40 - Arabidopsis thaliana
gi|3080386|emb|CAA18706.1| hypothetical protein
[Arabidopsis thaliana] gi|3402761|emb|CAA20207.1|
hypothetical protein [Arabidopsis thaliana]
gi|7268939|emb|CAB81249.1| hypothetical protein
[Arabidopsis thaliana]
Length = 229
Score = 63.9 bits (154), Expect = 3e-09
Identities = 37/113 (32%), Positives = 61/113 (53%), Gaps = 1/113 (0%)
Frame = -1
Query: 854 GRCGIGGIFRNSDNEILGFFSKHVGEGFAFEAEVWAIFEALTICVNRQLRNLTIESDSSL 675
G+ IGG+FRN E L +S+ +GE + AE A+ L + + L +L +E D+ +
Sbjct: 83 GQASIGGVFRNHKAEFLLGYSESIGEATSTMAEFAALKRGLELALENGLTDLWLEGDAKI 142
Query: 674 AVGWVNNRSXRPWKLLNK-LNQIDLWVAEVNCLSVKHIFREANGEVDKLAKRG 519
+ ++ R + NK +N I + + E+N + H++RE N DKLAK G
Sbjct: 143 IMDIISRRGRLRCEKTNKHVNYIKVVMPELNNCVLSHVYREGNRVADKLAKLG 195
>gb|EAA13112.1| ebiP1409 [Anopheles gambiae str. PEST]
Length = 104
Score = 57.0 bits (136), Expect = 3e-07
Identities = 26/44 (59%), Positives = 32/44 (72%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISCFSKKKKTIKLF 6
+ + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI +S I+LF
Sbjct: 49 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYSTLMFFIQLF 92
Score = 55.1 bits (131), Expect = 1e-06
Identities = 24/44 (54%), Positives = 30/44 (67%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISCFSKKKKTIKLF 6
+ + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI + T+ F
Sbjct: 45 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYSTLMFF 88
Score = 53.5 bits (127), Expect = 4e-06
Identities = 22/35 (62%), Positives = 29/35 (82%)
Frame = -1
Query: 149 HERIVLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+++ + + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 35 NKKDIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 69
Score = 53.1 bits (126), Expect = 5e-06
Identities = 22/31 (70%), Positives = 26/31 (82%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+ + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 41 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 71
Score = 53.1 bits (126), Expect = 5e-06
Identities = 22/31 (70%), Positives = 26/31 (82%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+ + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 43 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 73
Score = 52.4 bits (124), Expect = 9e-06
Identities = 23/45 (51%), Positives = 34/45 (75%)
Frame = -2
Query: 169 FVRLFVHMRGLFSWLYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISVVS 35
++ +++++ ++ ++Y IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI S
Sbjct: 40 YIYIYIYIY-IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYS 83
Score = 52.4 bits (124), Expect = 9e-06
Identities = 22/35 (62%), Positives = 28/35 (79%)
Frame = -2
Query: 145 RGLFSWLYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISV 41
+ ++ ++Y IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI +
Sbjct: 37 KDIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 71
Score = 51.6 bits (122), Expect = 1e-05
Identities = 22/29 (75%), Positives = 25/29 (85%)
Frame = -2
Query: 127 LYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISV 41
+Y+ IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI +
Sbjct: 33 IYNKKDIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 61
Score = 50.8 bits (120), Expect = 3e-05
Identities = 22/22 (100%), Positives = 22/22 (100%)
Frame = +3
Query: 45 DIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 110
DIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 38 DIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 59
Score = 50.1 bits (118), Expect = 4e-05
Identities = 22/34 (64%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 43 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 76
Score = 50.1 bits (118), Expect = 4e-05
Identities = 22/34 (64%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 39 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 72
Score = 50.1 bits (118), Expect = 4e-05
Identities = 22/34 (64%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 47 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 80
Score = 50.1 bits (118), Expect = 4e-05
Identities = 22/34 (64%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 41 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 74
Score = 50.1 bits (118), Expect = 4e-05
Identities = 22/34 (64%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 45 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 78
Score = 48.9 bits (115), Expect = 1e-04
Identities = 20/44 (45%), Positives = 34/44 (76%)
Frame = -2
Query: 169 FVRLFVHMRGLFSWLYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISVV 38
++ +++++ ++ ++Y IYIYIYIYIYIYIYIYIY Y +++
Sbjct: 44 YIYIYIYIY-IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYSTLM 86
Score = 48.1 bits (113), Expect = 2e-04
Identities = 21/34 (61%), Positives = 25/34 (72%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIY Y
Sbjct: 49 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTY 82
Score = 43.9 bits (102), Expect = 0.003
Identities = 22/46 (47%), Positives = 30/46 (64%), Gaps = 2/46 (4%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIY--IYIYISCFSKKKKTIKLF 6
+ + ++ YIYIYIYIYIYIYIY Y + +I F K K+I +F
Sbjct: 57 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYSTLMFFIQLF--KIKSISIF 100
Score = 40.0 bits (92), Expect = 0.044
Identities = 19/41 (46%), Positives = 25/41 (60%)
Frame = -3
Query: 126 FILHFLYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYQLFLKKKKNNKIIL 4
+I ++YIYIYIYIYIYIY Y + + K K + IL
Sbjct: 62 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYSTLMFFIQLFKIKSISIFIL 102
Score = 38.9 bits (89), Expect = 0.098
Identities = 19/32 (59%), Positives = 23/32 (71%), Gaps = 4/32 (12%)
Frame = -2
Query: 124 YSSFSIYIYIY----IYIYIYIYIYIYIYISV 41
Y + +I+ IY IYIYIYIYIYIYIYI +
Sbjct: 24 YRNINIHTNIYNKKDIYIYIYIYIYIYIYIYI 55
Score = 38.1 bits (87), Expect = 0.17
Identities = 16/47 (34%), Positives = 30/47 (63%)
Frame = -2
Query: 169 FVRLFVHMRGLFSWLYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISVVSQK 29
++ +++++ ++ ++Y IYIYIYIYIYIY Y + +I + K
Sbjct: 50 YIYIYIYIY-IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYSTLMFFIQLFKIK 95
Score = 38.1 bits (87), Expect = 0.17
Identities = 18/23 (78%), Positives = 19/23 (82%)
Frame = +3
Query: 42 TDIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 110
T+IY IYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 31 TNIYNKKDIYIYIYIYIYIYIYI 53
Score = 36.2 bits (82), Expect = 0.64
Identities = 17/40 (42%), Positives = 24/40 (59%)
Frame = +1
Query: 13 FIVFFFFEKQLIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI*KMKNKAM 132
+I + + IYIYIYIYIYIY Y + +I K K++
Sbjct: 58 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYSTLMFFIQLFKIKSI 97
Score = 32.7 bits (73), Expect = 7.1
Identities = 14/33 (42%), Positives = 20/33 (60%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 106
I + + ++ YIYIYIYIYIY Y + +I
Sbjct: 57 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYTYSTLMFFI 89
>ref|XP_159923.1| hypothetical protein XP_159923 [Mus musculus]
gi|28490145|ref|XP_289151.1| hypothetical protein
XP_289151 [Mus musculus]
Length = 415
Score = 54.7 bits (130), Expect = 2e-06
Identities = 23/29 (79%), Positives = 26/29 (89%)
Frame = -3
Query: 135 SHGFILHFLYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 49
SH +I ++YIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 371 SHNYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 399
Score = 52.0 bits (123), Expect = 1e-05
Identities = 22/26 (84%), Positives = 23/26 (87%)
Frame = -1
Query: 122 FFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 374 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 399
Score = 52.0 bits (123), Expect = 1e-05
Identities = 21/24 (87%), Positives = 24/24 (99%)
Frame = -3
Query: 117 HFLYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 46
+++YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 373 NYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 396
Score = 51.2 bits (121), Expect = 2e-05
Identities = 25/39 (64%), Positives = 27/39 (69%)
Frame = -1
Query: 161 TFCPHERIVLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
T P RI ++ YIYIYIYIYIYIYIYIYIYI I
Sbjct: 363 TVDPKLRISHNYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYILI 401
Score = 50.1 bits (118), Expect = 4e-05
Identities = 22/28 (78%), Positives = 24/28 (85%)
Frame = -2
Query: 109 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISVVSQKK 26
IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI ++ K
Sbjct: 377 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYILIDMK 404
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/21 (100%), Positives = 21/21 (100%)
Frame = +2
Query: 47 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 378 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 398
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/21 (100%), Positives = 21/21 (100%)
Frame = +2
Query: 47 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 376 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 396
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/21 (100%), Positives = 21/21 (100%)
Frame = +2
Query: 47 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 374 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 394
Score = 49.3 bits (116), Expect = 7e-05
Identities = 22/28 (78%), Positives = 23/28 (81%)
Frame = -2
Query: 124 YSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISV 41
Y IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI +
Sbjct: 374 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYILI 401
Score = 48.5 bits (114), Expect = 1e-04
Identities = 21/21 (100%), Positives = 21/21 (100%)
Frame = +1
Query: 46 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 108
IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 379 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 399
Score = 48.5 bits (114), Expect = 1e-04
Identities = 21/21 (100%), Positives = 21/21 (100%)
Frame = +3
Query: 48 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 110
IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 375 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 395
Score = 48.5 bits (114), Expect = 1e-04
Identities = 21/21 (100%), Positives = 21/21 (100%)
Frame = +3
Query: 48 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 110
IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 377 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 397
Score = 48.1 bits (113), Expect = 2e-04
Identities = 21/31 (67%), Positives = 25/31 (79%)
Frame = -2
Query: 133 SWLYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISV 41
+++Y IYIYIYIYIYIYIYIYIYI I +
Sbjct: 373 NYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYILIDM 403
Score = 47.8 bits (112), Expect = 2e-04
Identities = 23/38 (60%), Positives = 26/38 (67%)
Frame = -1
Query: 116 IFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISCFSKKKKTIKLFC 3
I + YIYIYIYIYIYIYIYIYIYI + +K C
Sbjct: 370 ISHNYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYILIDMKYIC 407
Score = 46.2 bits (108), Expect = 6e-04
Identities = 20/22 (90%), Positives = 21/22 (94%)
Frame = +3
Query: 48 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIE 113
IYIYIYIYIYIYIYIYIYI I+
Sbjct: 381 IYIYIYIYIYIYIYIYIYILID 402
Score = 44.3 bits (103), Expect = 0.002
Identities = 20/41 (48%), Positives = 27/41 (65%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISCFSKKKKTI 15
+ + ++ YIYIYIYIYIYIYIYI I + C + + TI
Sbjct: 375 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYILIDMKYICTLETEMTI 415
Score = 44.3 bits (103), Expect = 0.002
Identities = 20/23 (86%), Positives = 20/23 (86%)
Frame = +2
Query: 47 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYRK 115
YIYIYIYIYIYIYIYIYI I K
Sbjct: 382 YIYIYIYIYIYIYIYIYILIDMK 404
Score = 40.8 bits (94), Expect = 0.026
Identities = 18/30 (60%), Positives = 22/30 (73%)
Frame = +1
Query: 7 NNFIVFFFFEKQLIYIYIYIYIYIYIYIYI 96
+N+I + + IYIYIYIYIYIYIYI I
Sbjct: 372 HNYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYILI 401
>gb|EAA01624.1| ebiP4168 [Anopheles gambiae str. PEST]
Length = 56
Score = 54.3 bits (129), Expect = 2e-06
Identities = 21/33 (63%), Positives = 28/33 (84%)
Frame = -1
Query: 125 LFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISCFSKK 27
++ YIYIYIYIY+YIYIYIYIYIYI ++++
Sbjct: 23 IYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYIYIYIYNRR 55
Score = 54.3 bits (129), Expect = 2e-06
Identities = 22/31 (70%), Positives = 26/31 (82%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+ M ++ YIYIYIYIYIY+YIYIYIYIYI
Sbjct: 17 IYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYI 47
Score = 53.9 bits (128), Expect = 3e-06
Identities = 22/47 (46%), Positives = 36/47 (75%)
Frame = -2
Query: 169 FVRLFVHMRGLFSWLYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISVVSQK 29
++ ++++M + ++Y IYIYIYIY+YIYIYIYIYIYI + +++
Sbjct: 12 YIYIYIYM---YIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYIYIYIYNRR 55
Score = 53.1 bits (126), Expect = 5e-06
Identities = 22/29 (75%), Positives = 26/29 (88%)
Frame = -3
Query: 132 HGFILHFLYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 46
H +I ++YIY+YIYIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 8 HIYIYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIY 36
Score = 52.8 bits (125), Expect = 7e-06
Identities = 21/31 (67%), Positives = 26/31 (83%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+ + ++ YIYIYIY+YIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 21 IYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYIYIYI 51
Score = 52.8 bits (125), Expect = 7e-06
Identities = 22/43 (51%), Positives = 33/43 (76%)
Frame = -2
Query: 169 FVRLFVHMRGLFSWLYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISV 41
++ ++H+ ++ ++Y IYIYIYIYIYIYIYIY+YIYI +
Sbjct: 2 YIYKYIHIY-IYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYI 43
Score = 52.8 bits (125), Expect = 7e-06
Identities = 21/31 (67%), Positives = 26/31 (83%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+ + ++ YIYIYIYIYIYIYIY+YIYIYI
Sbjct: 13 IYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYI 43
Score = 52.8 bits (125), Expect = 7e-06
Identities = 21/31 (67%), Positives = 26/31 (83%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+ + ++ YIYIYIYIYIYIYIYIY+YIYI
Sbjct: 11 IYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYI 41
Score = 52.8 bits (125), Expect = 7e-06
Identities = 21/31 (67%), Positives = 26/31 (83%)
Frame = -1
Query: 137 VLMALFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
+ + ++ YIYIYIYIYIYIY+YIYIYIYI
Sbjct: 15 IYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYI 45
Score = 51.6 bits (122), Expect = 1e-05
Identities = 21/27 (77%), Positives = 24/27 (88%)
Frame = -1
Query: 125 LFFIFYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 45
++ YIYIY+YIYIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 9 IYIYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYI 35
Score = 50.4 bits (119), Expect = 3e-05
Identities = 21/32 (65%), Positives = 25/32 (77%)
Frame = +1
Query: 13 FIVFFFFEKQLIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 108
+I + + IYIYIYIYIYIYIYIY+YIYI
Sbjct: 10 YIYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYI 41
Score = 50.1 bits (118), Expect = 4e-05
Identities = 21/34 (61%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIYIYIY+YIYIY
Sbjct: 9 IYIYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIY 42
Score = 50.1 bits (118), Expect = 4e-05
Identities = 20/23 (86%), Positives = 22/23 (94%)
Frame = +2
Query: 47 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYRK 115
YIYIY+YIYIYIYIYIYIYIY +
Sbjct: 32 YIYIYVYIYIYIYIYIYIYIYNR 54
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/34 (61%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIY+YIYIYIYIY
Sbjct: 13 IYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIY 46
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/34 (61%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIY+YIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 17 IYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYIYIY 50
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/33 (63%), Positives = 26/33 (78%)
Frame = -2
Query: 139 LFSWLYSSFSIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYISV 41
++ + Y IYIYIYIY+YIYIYIYIYIYI +
Sbjct: 1 IYIYKYIHIYIYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYI 33
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/34 (61%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIYIYIY+YIYIYIY
Sbjct: 11 IYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIY 44
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/32 (65%), Positives = 25/32 (77%)
Frame = +1
Query: 13 FIVFFFFEKQLIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 108
+I + + IYIYIYIYIYIYIY+YIYIYI
Sbjct: 12 YIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYI 43
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/23 (91%), Positives = 22/23 (95%)
Frame = +3
Query: 48 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYIEN 116
IYIYIY+YIYIYIYIYIYIYI N
Sbjct: 31 IYIYIYVYIYIYIYIYIYIYIYN 53
Score = 49.7 bits (117), Expect = 6e-05
Identities = 21/34 (61%), Positives = 26/34 (75%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
I + + ++ YIYIYIYIY+YIYIYIYIYIY
Sbjct: 15 IYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYIY 48
Score = 49.3 bits (116), Expect = 7e-05
Identities = 21/32 (65%), Positives = 25/32 (77%)
Frame = +1
Query: 13 FIVFFFFEKQLIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 108
+I + + IYIYIY+YIYIYIYIYIYIYI
Sbjct: 20 YIYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYIYIYI 51
Score = 47.8 bits (112), Expect = 2e-04
Identities = 20/31 (64%), Positives = 24/31 (76%)
Frame = +1
Query: 13 FIVFFFFEKQLIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 105
+I + + IYIY+YIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 22 YIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYIYIYIY 52
Score = 47.4 bits (111), Expect = 3e-04
Identities = 20/32 (62%), Positives = 25/32 (77%)
Frame = +1
Query: 13 FIVFFFFEKQLIYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 108
+I + + IY+YIYIYIYIYIYIYIYIY+
Sbjct: 6 YIHIYIYIYIYIYMYIYIYIYIYIYIYIYIYV 37
Score = 45.4 bits (106), Expect = 0.001
Identities = 19/32 (59%), Positives = 24/32 (74%)
Frame = +2
Query: 8 IILLFFFFLRNN*YIYIYIYIYIYIYIYIYIY 103
I + + ++ YIY+YIYIYIYIYIYIYIY
Sbjct: 21 IYIYIYIYIYIYIYIYVYIYIYIYIYIYIYIY 52
Score = 43.9 bits (102), Expect = 0.003
Identities = 18/21 (85%), Positives = 20/21 (94%)
Frame = +2
Query: 47 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
Y YI+IYIYIYIYIY+YIYIY
Sbjct: 4 YKYIHIYIYIYIYIYMYIYIY 24
Score = 43.9 bits (102), Expect = 0.003
Identities = 18/21 (85%), Positives = 20/21 (94%)
Frame = +2
Query: 47 YIYIYIYIYIYIYIYIYIYIY 109
YIY YI+IYIYIYIYIY+YIY
Sbjct: 2 YIYKYIHIYIYIYIYIYMYIY 22
Score = 42.7 bits (99), Expect = 0.007
Identities = 18/21 (85%), Positives = 20/21 (94%)
Frame = +3
Query: 48 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 110
IY YI+IYIYIYIYIY+YIYI
Sbjct: 3 IYKYIHIYIYIYIYIYMYIYI 23
Score = 42.7 bits (99), Expect = 0.007
Identities = 18/21 (85%), Positives = 20/21 (94%)
Frame = +1
Query: 46 IYIYIYIYIYIYIYIYIYIYI 108
IYIY YI+IYIYIYIYIY+YI
Sbjct: 1 IYIYKYIHIYIYIYIYIYMYI 21
>ref|NP_189754.1| non-LTR reverse transcriptase, putative; protein id: At3g32110.1
[Arabidopsis thaliana]
Length = 1911
Score = 53.5 bits (127), Expect = 4e-06
Identities = 33/122 (27%), Positives = 57/122 (46%)
Frame = -1
Query: 854 GRCGIGGIFRNSDNEILGFFSKHVGEGFAFEAEVWAIFEALTICVNRQLRNLTIESDSSL 675
G GG+ RNS G F+ ++G A AE+W ++ L + +QL +L +E DS +
Sbjct: 1764 GLASAGGVLRNSAGAWCGGFAVNIGRCSAPLAELWGVYYGLYMAWAKQLTHLELEVDSEV 1823
Query: 674 AVGWVNNRSXRPWKLLNKLNQIDLWVAEVNCLSVKHIFREANGEVDKLAKRGADHPRDLY 495
VG++ L + ++++ + + H++REAN D LA L+
Sbjct: 1824 VVGFLKTGIGETHPLSFLVRLCHNFLSKDWTVRISHVYREANSLADGLANHAFSLSLGLH 1883
Query: 494 YF 489
F
Sbjct: 1884 VF 1885
Database: nr
Posted date: Apr 1, 2003 2:05 AM
Number of letters in database: 448,689,247
Number of sequences in database: 1,393,205
Lambda K H
0.318 0.135 0.401
Gapped
Lambda K H
0.267 0.0410 0.140
Matrix: BLOSUM62
Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
Number of Hits to DB: 749,254,068
Number of Sequences: 1393205
Number of extensions: 17345027
Number of successful extensions: 112980
Number of sequences better than 10.0: 249
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 59330
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 82953
length of database: 448,689,247
effective HSP length: 122
effective length of database: 278,718,237
effective search space used: 45152354394
frameshift window, decay const: 50, 0.1
T: 12
A: 40
X1: 16 ( 7.3 bits)
X2: 38 (14.6 bits)
X3: 64 (24.7 bits)
S1: 41 (21.7 bits)
