KCC001862A_c01
[Fasta Sequence]   [Nr Search]   [EST assemble image]  

Fasta Sequence
>KCC001862A_C01 KCC001862A_c01
CAATTTGTTATCATAAGACGCAGCGTTGGATTTGGACGCAGCGTTGGAGTTGAGCCGAAC
ACAAAGCGCACATTACCGGCAGCTCTTTCGGAGCTCGACCTTTCCCTGTCTTCGCTACTG
ATAGAATGAAGATCGACAAGGCACTCGAGCATGCTGTCAAGGCCGTCGGCGCAGTGCAGG
ATGCAGTAAAAGCCGGGCGCGTGCATGCGCCCCCCGTCCCTGTTGCCGACGAGCTGAAGG
GGTTCCTCGTGCTCCACAGCGTCAAGGGAGCTGCGCTGGTTGGCTTCGAGCGCGGCTACG
GCCTGGCGTTCTCAGTGCTGGAGTGGCTGCCGGATGGTGCGCCAAAGCTGTCGGCACCGC
TCATTGTCAAGGTGTCCAAGCTGGCTGTGGGCATGGCGATCGGCTACAACGAGGTGTTCA
GTGTGGCGCTGCTGCGCGACCTGTCCCCGCTGGAGGCCGTGGCAGAGGGCTCAGAGACCA
TCATGGG


Nr search


BLASTX 2.2.2 [Dec-14-2001]

Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, 
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), 
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= KCC001862A_C01 KCC001862A_c01
         (487 letters)

Database: nr 
           1,537,769 sequences; 498,525,298 total letters

Searching..................................................done

                                                                   Score     E
Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value

ref|NP_872435.1| hypothetical protein FLJ35107 [Homo sapiens] gi...    46  2e-04
ref|XP_300853.1| hypothetical protein XP_300853 [Homo sapiens]         46  2e-04
ref|XP_304245.1| hypothetical protein XP_304245 [Homo sapiens]         43  0.002
ref|XP_305842.1| hypothetical protein XP_305842 [Homo sapiens]         43  0.002
pir||T34649 hypothetical protein SC1A11.02c SC1A11.02c - Strepto...    43  0.002

>ref|NP_872435.1| hypothetical protein FLJ35107 [Homo sapiens]
           gi|21751020|dbj|BAC03887.1| unnamed protein product
           [Homo sapiens] gi|33872427|gb|AAH16304.1| FLJ35107
           protein [Homo sapiens]
          Length = 258

 Score = 46.2 bits (108), Expect = 2e-04
 Identities = 33/118 (27%), Positives = 69/118 (57%), Gaps = 3/118 (2%)
 Frame = -1

Query: 478 VSEPSATASSGDRSRSSAT---LNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTEN 308
           ++ P+A  S G RS SS++   L++S+   ++P++S  + + S + S  +PS SHSS+  
Sbjct: 24  IAGPNALGSGGSRSSSSSSRSILSSSILSSSIPSSSSSSSSPSSSHSSSSPSSSHSSSSP 83

Query: 307 ARP*PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSSALS 134
           +     S P+S++  +  S+ +P SSS + +  + + P+ ++S ++ +  ++ SS  S
Sbjct: 84  SSSSSTSSPSSSSSSS--SSSSP-SSSNSSSSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSS 138

 Score = 44.3 bits (103), Expect = 8e-04
 Identities = 29/111 (26%), Positives = 62/111 (55%)
 Frame = -1

Query: 475 SEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTENARP* 296
           S PS+++SS   S  S++ ++S    + P++S  + + S + S  +PS S SS+ ++   
Sbjct: 90  SSPSSSSSSSSSSSPSSSNSSSSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSPSS 149

Query: 295 PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSS 143
             S P+S++  +  S+ +P SSS + +G + +    + S ++ +  ++ SS
Sbjct: 150 SSSSPSSSSSSSSSSSSSPSSSSPSSSGSSPSSSNSSPSSSSSSPSSSSSS 200

 Score = 40.0 bits (92), Expect = 0.015
 Identities = 30/112 (26%), Positives = 62/112 (54%)
 Frame = -1

Query: 475 SEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTENARP* 296
           S PS+++SS   S SS++ + S    +  ++S    + S + S  +PS S+SS  ++   
Sbjct: 134 SSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSSSSPSSSSPSSSGSSPSSSNSSPSSSSSS 193

Query: 295 PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSSA 140
           P S  +S +P     + +P SSS++ +  + + P+ ++S ++ +  ++C SA
Sbjct: 194 PSSSSSSPSP----RSSSPSSSSSSTSSPSTSSPS-SSSPSSSSPSSSCPSA 240

 Score = 39.7 bits (91), Expect = 0.019
 Identities = 33/129 (25%), Positives = 64/129 (49%)
 Frame = -1

Query: 475 SEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTENARP* 296
           S PS++ SS   S SS+T + S              + S + S  +PS S+SS+ ++   
Sbjct: 72  SSPSSSHSSSSPSSSSSTSSPS--------------SSSSSSSSSSPSSSNSSSSSSSSS 117

Query: 295 PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSSALSIFILSV 116
           P S  +S++     S+ +P SSS++ +         ++S ++P++ ++ SS+ S    S 
Sbjct: 118 PSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSP------SSSSSSPSSSSSSSSSSSSSPSSS 171

Query: 115 AKTGKGRAP 89
           + +  G +P
Sbjct: 172 SPSSSGSSP 180

 Score = 39.7 bits (91), Expect = 0.019
 Identities = 35/132 (26%), Positives = 70/132 (52%), Gaps = 2/132 (1%)
 Frame = -1

Query: 475 SEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPS--GSHSSTENAR 302
           S PS+++SS   S SS++ + S    +  ++S  + + S + S  +PS  GS  S+ N+ 
Sbjct: 127 SSPSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSSSSPSSSSPSSSGSSPSSSNSS 186

Query: 301 P*PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSSALSIFIL 122
           P      +S++P +  S+ +P SSS + +  + + P    S ++P++ +  SS+ S    
Sbjct: 187 P----SSSSSSPSSSSSSPSPRSSSPSSSSSSTSSP----STSSPSSSSPSSSSPSSSCP 238

Query: 121 SVAKTGKGRAPK 86
           S A   + ++P+
Sbjct: 239 SAALGRRPQSPQ 250

 Score = 38.9 bits (89), Expect = 0.033
 Identities = 30/118 (25%), Positives = 63/118 (52%)
 Frame = -1

Query: 487 PMMVSEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTEN 308
           P   +  S+++SS   S SS++ ++     + P++S  + + S + S  +PS S SS+ +
Sbjct: 104 PSSSNSSSSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSS 163

Query: 307 ARP*PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSSALS 134
           +     S P+S++P +  S+    SSS +    + + P+ ++S  +P + +  SS+ S
Sbjct: 164 S----SSSPSSSSPSSSGSSP---SSSNSSPSSSSSSPSSSSSSPSPRSSSPSSSSSS 214

>ref|XP_300853.1| hypothetical protein XP_300853 [Homo sapiens]
          Length = 252

 Score = 46.2 bits (108), Expect = 2e-04
 Identities = 31/118 (26%), Positives = 66/118 (55%), Gaps = 3/118 (2%)
 Frame = -1

Query: 478 VSEPSATASSGDRSRSSAT---LNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTEN 308
           ++ P+A  S G RS SS++   L++S+   ++P++S  + + S + S  +PS SHSS+  
Sbjct: 24  IAGPNALGSGGSRSSSSSSRSILSSSILSSSIPSSSSSSSSPSSSPSSSSPSSSHSSSSP 83

Query: 307 ARP*PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSSALS 134
           +     S P+S++  +  S  +  SSS++ +    +  + ++S  + ++ +  SS+ S
Sbjct: 84  SSSSSTSSPSSSSSSSSSSPSSSNSSSSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSS 141

 Score = 42.7 bits (99), Expect = 0.002
 Identities = 30/111 (27%), Positives = 62/111 (55%)
 Frame = -1

Query: 475 SEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTENARP* 296
           S PS+++SS   S SS+  ++S    + P++S  + + S + S  +PS S SS+ ++   
Sbjct: 90  SSPSSSSSSSSSSPSSSNSSSSS-SSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSPSS 148

Query: 295 PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSS 143
             S P+S++  +  S+ +P SSS + +G + +    + S ++ +  ++ SS
Sbjct: 149 SSSSPSSSSSSSSSSSSSPSSSSPSSSGSSPSSSNSSPSSSSSSPSSSSSS 199

 Score = 40.4 bits (93), Expect = 0.011
 Identities = 32/129 (24%), Positives = 67/129 (51%)
 Frame = -1

Query: 475 SEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTENARP* 296
           S PS++ SS   S S ++ + S       ++S  + + S + S  +PS S+SS+ ++   
Sbjct: 63  SSPSSSPSSSSPSSSHSSSSPS------SSSSTSSPSSSSSSSSSSPSSSNSSSSSSSSS 116

Query: 295 PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSSALSIFILSV 116
           P S  +S++     S+ +P SSS++ +         ++S ++P++ ++ SS+ S    S 
Sbjct: 117 PSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSP------SSSSSSPSSSSSSSSSSSSSPSSS 170

Query: 115 AKTGKGRAP 89
           + +  G +P
Sbjct: 171 SPSSSGSSP 179

 Score = 39.3 bits (90), Expect = 0.025
 Identities = 33/142 (23%), Positives = 73/142 (51%), Gaps = 8/142 (5%)
 Frame = -1

Query: 487 PMMVSEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTEN 308
           P   +  S+++SS   S SS++ ++     + P++S  + + S + S  +PS S SS+ +
Sbjct: 103 PSSSNSSSSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSSSSS 162

Query: 307 ARP*PR--------SKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTA 152
           +   P         S P+S+      S+ +P SSS++ +  + +  + ++S ++P++ + 
Sbjct: 163 SSSSPSSSSPSSSGSSPSSSNSSPSSSSSSPSSSSSSPSPRSSSPSSSSSSTSSPSSSSP 222

Query: 151 CSSALSIFILSVAKTGKGRAPK 86
            SS+ S    S A   + ++P+
Sbjct: 223 SSSSPSSSCPSAALGRRPQSPQ 244

 Score = 38.1 bits (87), Expect = 0.056
 Identities = 30/114 (26%), Positives = 59/114 (51%)
 Frame = -1

Query: 475 SEPSATASSGDRSRSSATLNTSL*PIAMPTASLDTLTMSGADSFGAPSGSHSSTENARP* 296
           S PS++ SS   S SS + ++S    + P++S  + + S + S  +PS S SS  ++   
Sbjct: 101 SSPSSSNSSSSSSSSSPSSSSSS-SSSSPSSSSSSPSSSSSSSSSSPSSSSSSPSSSSSS 159

Query: 295 PRSKPTSAAPLTLWSTRNPFSSSATGTGGACTRPAFTASCTAPTALTACSSALS 134
             S  +S +  +  S+ +  SSS +    + + P+ ++S  +P + +  SS+ S
Sbjct: 160 SSSSSSSPSSSSPSSSGSSPSSSNSSPSSSSSSPSSSSSSPSPRSSSPSSSSSS 213

>ref|XP_304245.1| hypothetical protein XP_304245 [Homo sapiens]
          Length = 208

 Score = 43.1 bits (100), Expect = 0.002
 Identities = 36/106 (33%), Positives = 40/106 (36%), Gaps = 14/106 (13%)
 Frame = -2

Query: 468 PLPRPPAGTGRAAA-PH*TPRCSRSPCPQPAWTP*Q*AVPT-------------ALAHHP 331
           P PRP A        P   PRC  +P P PAW P     PT                H P
Sbjct: 25  PRPRPCARVASTCCRPRAAPRCPPTPPPGPAWPP---RTPTCCWGPGGPQHRCAGCRHRP 81

Query: 330 AATPALRTPGRSRARSQPAQLP*RCGARGTPSARRQQGRGAHARAR 193
           A TP   TP  +R RS+P      C       A    GR + ARAR
Sbjct: 82  ACTPTTTTPCTAR-RSRPG-----CPTPAGAGAHWPAGRPSSARAR 121

>ref|XP_305842.1| hypothetical protein XP_305842 [Homo sapiens]
          Length = 428

 Score = 42.7 bits (99), Expect = 0.002
 Identities = 37/103 (35%), Positives = 42/103 (39%), Gaps = 4/103 (3%)
 Frame = -2

Query: 462 PRPPAGTGRAAAPH*TPRCSRSPCPQPAWTP*Q*AVPTALAHHPAATPALRTPGRSRARS 283
           P   A   RA+A      C  + C +   T      PT  A HP  TPA RT GR   R 
Sbjct: 147 PSRGAPPSRASASAAAENCKTASCTRAEMTE---QPPTLRATHPTCTPAARTLGRVPGR- 202

Query: 282 QPAQLP*RCGARGTPSARRQQ----GRGAHARARLLLHPALRR 166
            P+Q      A G PSAR Q      RGA   AR  +  A  R
Sbjct: 203 -PSQAVRTAVAPGVPSARAQDPERCPRGADLEARWAVRSAALR 244

>pir||T34649 hypothetical protein SC1A11.02c SC1A11.02c - Streptomyces
           coelicolor (fragment)
          Length = 152

 Score = 42.7 bits (99), Expect = 0.002
 Identities = 37/91 (40%), Positives = 45/91 (48%), Gaps = 10/91 (10%)
 Frame = +1

Query: 244 SSCSTASRELRWLASSAAT---AWRSQCWSGC--RMV--RQSCRHRSLSRCPS-WLWAWR 399
           S+C +A    RW   +      +WR+   +GC  R +  R  CR RS   CP  W  A  
Sbjct: 59  STCGSAGCS-RWTGRTGRAGPRSWRTCTTAGCCRRTISRRSGCRRRSC--CPGGWCRARN 115

Query: 400 SATTRCSVWRCCATC-PRWRPWQRA-QRPSW 486
           SA T CSV  C A C PRW  W+ A  RPSW
Sbjct: 116 SAPT-CSV-PCTAGCWPRWTSWRTAPARPSW 144

 Score = 31.6 bits (70), Expect = 5.3
 Identities = 19/66 (28%), Positives = 24/66 (35%), Gaps = 1/66 (1%)
 Frame = +2

Query: 140 GTRACCQGRRRSAGCSKSRARACAPRPCCRRAEGVPRAPQRQGSC-AGWLRARLRPGVLS 316
           G+  C +   R+        R C    CCRR        +R+  C  GW RAR      S
Sbjct: 62  GSAGCSRWTGRTGRAGPRSWRTCTTAGCCRRTISRRSGCRRRSCCPGGWCRARNSAPTCS 121

Query: 317 AGVAAG 334
               AG
Sbjct: 122 VPCTAG 127



EST assemble image


clone accession position
1 MX211g03_r BP089664 1 397
2 HC012a11_r AV632746 114 596
3 MX004h06_r BP086244 116 506




Chlamydomonas reinhardtii
Kazusa DNA Research Institute